ಹೈ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ATAC-seq) ಜೊತೆಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಪೋಸೇಸ್-ಆಕ್ಸೆಸ್ಬಲ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್‌ಗಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೇವೆಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಸೇವೆಗೆ ಡಿಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಸಂವಹನಗಳನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲು ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳ ಬದಲಿಗೆ ಅಂಗಾಂಶದ ಮಾದರಿಗಳ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
● ATAC ವಿಧಾನವು ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಜನೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ, ನಂತರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ, Tn5 ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಣ, PCR ವರ್ಧನೆ, ಗಾತ್ರ ಆಯ್ಕೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮ.
● ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್‌ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
●ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂವೇದನೆ:ಲೈಬ್ರರಿ ತಯಾರಿಕೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಕಡಿಮೆ ಆರಂಭಿಕ ಕೋಶದ ಪ್ರಮಾಣವು ಸಾಕಾಗುತ್ತದೆ.
●ಹೆಚ್ಚು ಮಾಹಿತಿಯುಕ್ತ ತಂತ್ರ: ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ತೆರೆದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ಗಳಂತಹ ಸಕ್ರಿಯ ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
●ಉತ್ತಮ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಪುನರುತ್ಪಾದನೆ: ತಾಂತ್ರಿಕ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಪುನರಾವರ್ತನೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.
●ವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ: ನೂರಾರು ATAC ಅನುಕ್ರಮ ಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸುವುದರೊಂದಿಗೆ, BMKGENE ಒಂದು ದಶಕದ ಅನುಭವ, ಹೆಚ್ಚು ನುರಿತ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ತಂಡ, ಸಮಗ್ರ ವಿಷಯ ಮತ್ತು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ತರುತ್ತದೆ.
●ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸೇರುವ ಸಾಧ್ಯತೆ: RNA-seq ನಂತಹ ಇತರ ಓಮಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ATAC seq ನ ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅವಕಾಶ ನೀಡುತ್ತದೆ.
● ಸಮಗ್ರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್‌ನ ತೆರೆದ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಅನುಗುಣವಾದ ಕಾರ್ಯವನ್ನು (ಪ್ರವರ್ತಕರು, ಯುಟಿಗಳು, ಎಕ್ಸಾನ್‌ಗಳು, ಇಂಟ್ರಾನ್‌ಗಳು) ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವೆ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಮುಕ್ತ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ ಔಟ್‌ಪುಟ್ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| ATAC-seq | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 | > 20M ಓದುತ್ತದೆ ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ (ಮಾನವ: 50 M ಓದುತ್ತದೆ) | Q30≥85% |
ಮಾದರಿ ಅಗತ್ಯತೆಗಳು
ಮಾದರಿಗಳ ಪ್ರಕಾರ: ಅಂಗಾಂಶಗಳು, ಜೀವಂತ ಅಥವಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಜೀವಕೋಶಗಳು, ರಕ್ತ
● ಸೆಲ್ ಸಂಖ್ಯೆ: ≥ 106ಜೀವಕೋಶಗಳು
● ಅಂಗಾಂಶ ತೂಕ: ≥ 200mg ತಾಜಾ ಅಂಗಾಂಶ
● ರಕ್ತ: ≥ 4 ಮಿಲಿ
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
● ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ;
● ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಆಧಾರಿತ ಗರಿಷ್ಠ ಕರೆ;
● ಗರಿಷ್ಠ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ;
● ಮೋಟಿಫ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್: ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಷನ್ ಫ್ಯಾಕ್ಟರ್ ಬೈಂಡಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (TFBS);
● ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಪೀಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ.
1.ATAC ಮೇಲಿನ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್ TSS ಮತ್ತು ಪಕ್ಕದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ (±3 kb)
2.ವಿವಿಧ ಜೀನೋಮ್ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ತೆರೆದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪ್ರದೇಶದ ವಿತರಣೆ
3.ಗುಂಪುಗಳ ನಡುವೆ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಗರಿಷ್ಠ ಕರೆ
BMKGene ನ ATAC ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಕ್ಯುರೇಟೆಡ್ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಮೂಲಕ ಅನ್ವೇಷಿಸಿ.
ಫೂ, ಎ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಆಫ್ ಹಾಗಲಕಾಯಿ (ಮೊಮೊರ್ಡಿಕಾ ಚರಂಟಿಯಾ ಎಲ್. ವರ್. ಅಬ್ರೆವಿಯಾಟಾ ಸೆರ್.) ಹಣ್ಣಿನ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಪಕ್ವವಾಗುತ್ತಿರುವ ಆನುವಂಶಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ಗಾಂಗ್, ಬಿ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಗ್ಲಿಯೋಮಾದಲ್ಲಿ ಆಂಕೊಜೀನ್ ಆಗಿ ಸ್ರವಿಸುವ ಕೈನೇಸ್ FAM20C ಯ ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಷನಲ್ ಆಕ್ಟಿವೇಶನ್',ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಜರ್ನಲ್, 50(6), ಪುಟಗಳು. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ಅವರು, ವೈ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಸಿ-ಫಾಸ್-ಅವಲಂಬಿತ xCT ನಿಗ್ರಹವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್‌ನಲ್ಲಿ ಫೆರೋಪ್ಟೋಸಿಸ್ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ಬ್ಯುಟೈರೇಟ್ ಹಿಮ್ಮೆಟ್ಟಿಸುತ್ತದೆ',ರೆಡಾಕ್ಸ್ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ, 65, ಪು. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
