ಹೈ ಥ್ರೋಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (ATAC-seq) ನೊಂದಿಗೆ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಪೋಸೇಸ್-ಆಕ್ಸೆಸಿಬಲ್ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ಗಾಗಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೇವಾ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಸೇವೆಯು ಡಿಎನ್ಎ-ಪ್ರೋಟೀನ್ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಗಳನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲು, ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳ ಬದಲಿಗೆ ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ.
● ATAC ವಿಧಾನವು ಅಂಗಾಂಶ ವಿಘಟನೆ, ನಂತರ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ, Tn5 ಚಿಕಿತ್ಸೆ ಮತ್ತು ಶುದ್ಧೀಕರಣ, PCR ವರ್ಧನೆ, ಗಾತ್ರ ಆಯ್ಕೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
● ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
● ● ದೃಷ್ಟಾಂತಗಳುಹೆಚ್ಚಿನ ಸೂಕ್ಷ್ಮತೆ:ಗ್ರಂಥಾಲಯ ಸಿದ್ಧತೆ ಮತ್ತು ಅನುಕ್ರಮಕ್ಕೆ ಕಡಿಮೆ ಆರಂಭಿಕ ಕೋಶ ಪ್ರಮಾಣವು ಸಾಕಾಗುತ್ತದೆ.
● ● ದೃಷ್ಟಾಂತಗಳುಹೆಚ್ಚು ಮಾಹಿತಿಯುಕ್ತ ತಂತ್ರ: ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ತೆರೆದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ನ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶ ಬಂಧಿಸುವ ತಾಣಗಳಂತಹ ಸಕ್ರಿಯ ನಿಯಂತ್ರಕ ಅಂಶಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
● ● ದೃಷ್ಟಾಂತಗಳುಉತ್ತಮ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಪುನರುತ್ಪಾದನೆ: ತಾಂತ್ರಿಕ ಪ್ರತಿಕೃತಿಗಳು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಪುನರಾವರ್ತನೀಯತೆಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತವೆ.
● ● ದೃಷ್ಟಾಂತಗಳುವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ: ನೂರಾರು ATAC ಅನುಕ್ರಮ ಯೋಜನೆಗಳು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡಿದ್ದು, BMKGENE ಒಂದು ದಶಕದ ಅನುಭವ, ಹೆಚ್ಚು ಕೌಶಲ್ಯಪೂರ್ಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ತಂಡ, ಸಮಗ್ರ ವಿಷಯ ಮತ್ತು ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲವನ್ನು ತರುತ್ತದೆ.
● ● ದೃಷ್ಟಾಂತಗಳುಟ್ರಾನ್ಸ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಸೇರುವ ಸಾಧ್ಯತೆ: RNA-seq ನಂತಹ ಇತರ ಓಮಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾದೊಂದಿಗೆ ATAC ಅನುಕ್ರಮದ ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ.
● ಸಮಗ್ರ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ನ ತೆರೆದ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಅನುಗುಣವಾದ ಕಾರ್ಯವನ್ನು (ಪ್ರವರ್ತಕಗಳು, UTಗಳು, ಎಕ್ಸಾನ್ಗಳು, ಇಂಟ್ರಾನ್ಗಳು) ಗುರುತಿಸುವುದನ್ನು ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ತೆರೆದ ಪ್ರದೇಶಗಳ ನಡುವಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಸಹ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವಾ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ ಔಟ್ಪುಟ್ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| ATAC-ಸೀಕ್ | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 | > 20 ಮಿಲಿಯನ್ ಓದುವಿಕೆಗಳು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಅವಲಂಬಿಸಿ (ಮಾನವ: 50 M ಓದುವಿಕೆಗಳು) | ಕ್ಯೂ30≥85% |
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
ಮಾದರಿಗಳ ಪ್ರಕಾರ: ಅಂಗಾಂಶಗಳು, ಜೀವಂತ ಅಥವಾ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಜೀವಕೋಶಗಳು, ರಕ್ತ
● ಸೆಲ್ ಸಂಖ್ಯೆ: ≥ 106ಜೀವಕೋಶಗಳು
● ಅಂಗಾಂಶದ ತೂಕ: ≥ 200 ಮಿಗ್ರಾಂ ತಾಜಾ ಅಂಗಾಂಶ
● ರಕ್ತ: ≥ 4 ಮಿ.ಲೀ.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಈ ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
● ಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ;
● ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್ಗೆ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಆಧಾರಿತ ಪೀಕ್ ಕಾಲಿಂಗ್;
● ಶಿಖರ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ;
● ಮೋಟಿಫ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅಂಶ ಬಂಧಕ ತಾಣಗಳ (TFBS) ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ;
● ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಪೀಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ.
1. ATAC ನಲ್ಲಿನ ಹೀಟ್ಮ್ಯಾಪ್ TSS ಮತ್ತು ಪಕ್ಕದ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ (±3 kb)
2.ವಿವಿಧ ಜೀನೋಮ್ ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿ ತೆರೆದ ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಪ್ರದೇಶದ ವಿತರಣೆ
3. ಗುಂಪುಗಳ ನಡುವಿನ ಭೇದಾತ್ಮಕ ಗರಿಷ್ಠ ಕರೆ
BMKGene ನ ATAC ಅನುಕ್ರಮ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಸಂಶೋಧನಾ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹದ ಮೂಲಕ ಅನ್ವೇಷಿಸಿ.
ಫೂ, ಎ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಹಾಗಿರ ಕಲ್ಲಂಗಡಿಯ ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ (ಮೊಮೊರ್ಡಿಕಾ ಚರಂತಿಯಾ ಎಲ್. ವರ್. ಅಬ್ರೆವಿಯಾಟಾ ಸೆರ್.) ಹಣ್ಣಿನ ಬೆಳವಣಿಗೆ, ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಮಾಗಿದ ಆನುವಂಶಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ',ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ಗಾಂಗ್, ಬಿ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಗ್ಲಿಯೋಮಾದಲ್ಲಿ ಆಂಕೊಜೀನ್ ಆಗಿ ಸ್ರವಿಸುವ ಕೈನೇಸ್ FAM20C ಯ ಎಪಿಜೆನೆಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವಿಕೆ',ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಜರ್ನಲ್, 50(6), ಪುಟಗಳು. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ಅವನು, ವೈ.ಮತ್ತು ಇತರರು.(2023) 'ಬ್ಯುಟೈರೇಟ್ ಸಿ-ಫಾಸ್-ಅವಲಂಬಿತ xCT ನಿಗ್ರಹವನ್ನು ಪ್ರೇರೇಪಿಸುವ ಮೂಲಕ ಕೊಲೊರೆಕ್ಟಲ್ ಕ್ಯಾನ್ಸರ್ನಲ್ಲಿ ಫೆರೋಪ್ಟೋಸಿಸ್ ಪ್ರತಿರೋಧವನ್ನು ಹಿಮ್ಮೆಟ್ಟಿಸುತ್ತದೆ',ರೆಡಾಕ್ಸ್ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ, 65, ಪುಟ 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
