ಉಲ್ಲೇಖಿತವಲ್ಲದ mRNA ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್-ಇಲ್ಯುಮಿನಾ
ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಯಾವುದೇ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ನಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರ,
● ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳ ರಚನೆ ಮತ್ತು ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸಲು ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು
● ವೇರಿಯಬಲ್ ಕ್ಲಿಪ್ಪಿಂಗ್ ಸೈಟ್‌ಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಿ
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
● BMKCloud-ಆಧಾರಿತ ಫಲಿತಾಂಶ ವಿತರಣೆ: BMKCloud ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್ ಮೂಲಕ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಮತ್ತು ಸಂವಾದಾತ್ಮಕ ವರದಿಯಾಗಿ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ತಲುಪಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಸಂಕೀರ್ಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಔಟ್‌ಪುಟ್‌ಗಳ ಬಳಕೆದಾರ ಸ್ನೇಹಿ ಓದುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣಿತ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಕಸ್ಟಮೈಸ್ ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾ ಮೈನಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ.
● ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು: ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್‌ಗಳ ಅನುಸರಣೆ, ತೊಂದರೆ-ಶೂಟಿಂಗ್, ಫಲಿತಾಂಶಗಳು ಪ್ರಶ್ನೋತ್ತರ, ಇತ್ಯಾದಿ ಸೇರಿದಂತೆ ಯೋಜನೆ ಪೂರ್ಣಗೊಂಡ ನಂತರ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು 3 ತಿಂಗಳವರೆಗೆ ಮಾನ್ಯವಾಗಿರುತ್ತವೆ.
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು:
| Conc.(ng/μl) | ಮೊತ್ತ (μg) | ಶುದ್ಧತೆ | ಸಮಗ್ರತೆ |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ಜೆಲ್‌ನಲ್ಲಿ ತೋರಿಸಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅಥವಾ ಡಿಎನ್‌ಎ ಮಾಲಿನ್ಯವನ್ನು ಸೀಮಿತಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲ. | ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ: RIN≥6.5; ಪ್ರಾಣಿಗಳಿಗೆ: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಬೇಸ್‌ಲೈನ್ ಎತ್ತರವಿಲ್ಲ |
ಅಂಗಾಂಶ: ತೂಕ(ಶುಷ್ಕ): ≥1 ಗ್ರಾಂ
*5 ಮಿಗ್ರಾಂಗಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿರುವ ಅಂಗಾಂಶಗಳಿಗೆ, ಫ್ಲ್ಯಾಶ್ ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ (ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ) ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿಯನ್ನು ಕಳುಹಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.
ಸೆಲ್ ಅಮಾನತು: ಸೆಲ್ ಎಣಿಕೆ = 3×107
*ಹೆಪ್ಪುಗಟ್ಟಿದ ಕೋಶ ಲೈಸೇಟ್ ಅನ್ನು ಸಾಗಿಸಲು ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.ಆ ಕೋಶವು 5×10 ಕ್ಕಿಂತ ಚಿಕ್ಕದಾಗಿದ್ದರೆ5, ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ ಘನೀಕರಿಸಿದ ಫ್ಲಾಶ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ.
ರಕ್ತದ ಮಾದರಿಗಳು:
PA×ಜೀನ್ ಬ್ಲಡ್ ಆರ್ಎನ್ಎಟ್ಯೂಬ್;
6mLTRIzol ಮತ್ತು 2mL ರಕ್ತ(TRIzol:Blood=3:1)
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್:
2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಗುಂಪು+ಪ್ರತಿಕೃತಿ ಉದಾ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
ಸಾಗಣೆ:
1.ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಸ್ಯಾಂಪಲ್‌ಗಳನ್ನು ಬ್ಯಾಗ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಡ್ರೈ ಐಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
2.ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳು: ಆರ್ಎನ್ಎ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಥಿರೀಕರಣ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಒಣಗಿಸಬಹುದು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಆರ್ಎನ್ಎ ಸ್ಟೇಬಲ್®) ಮತ್ತು ಕೋಣೆಯ ಉಷ್ಣಾಂಶದಲ್ಲಿ ರವಾನಿಸಬಹುದು.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಆರ್ಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್
1.mRNA(denovo) ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ತತ್ವ
ಟ್ರಿನಿಟಿಯಿಂದ, ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಸಣ್ಣ ತುಂಡುಗಳಾಗಿ ವಿಭಜಿಸಲಾಗಿದೆ, ಇದನ್ನು ಕೆ-ಮರ್ ಎಂದು ಕರೆಯಲಾಗುತ್ತದೆ.ಈ ಕೆ-ಮರ್‌ಗಳನ್ನು ನಂತರ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳಾಗಿ ವಿಸ್ತರಿಸಲು ಬೀಜಗಳಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ನಂತರ ಕಾಂಟಿಗ್ ಅತಿಕ್ರಮಣಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಘಟಕಗಳನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಘಟಕಗಳಲ್ಲಿನ ಪ್ರತಿಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು De Bruijn ಅನ್ನು ಇಲ್ಲಿ ಅನ್ವಯಿಸಲಾಗಿದೆ.
mRNA (De novo) ಟ್ರಿನಿಟಿಯ ಅವಲೋಕನ
2.mRNA (De novo) ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟದ ವಿತರಣೆ
RNA-Seq ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ಅತ್ಯಂತ ಸೂಕ್ಷ್ಮವಾದ ಅಂದಾಜನ್ನು ಸಾಧಿಸಲು ಸಾಧ್ಯವಾಗುತ್ತದೆ.ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ, ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಕ್ರಿಪ್ಟ್‌ಗಳ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ FPKM 10^-2 ರಿಂದ 10^6 ವರೆಗೆ ಪತ್ತೆಹಚ್ಚಬಹುದಾದ ವ್ಯಾಪ್ತಿಯು
mRNA (De novo) ಪ್ರತಿ ಮಾದರಿಯಲ್ಲಿ FPKM ಸಾಂದ್ರತೆಯ ವಿತರಣೆ
3.mRNA (De novo) DEG ಗಳ GO ಎನ್‌ರಿಚ್‌ಮೆಂಟ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್
GO (ಜೀನ್ ಒಂಟಾಲಜಿ) ಡೇಟಾಬೇಸ್ ಜೀನ್ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಉತ್ಪನ್ನಗಳ ಕಾರ್ಯಗಳ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಶಬ್ದಕೋಶವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ರಚನಾತ್ಮಕ ಜೈವಿಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯಾಗಿದೆ.ಇದು ಬಹು ಹಂತಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಅಲ್ಲಿ ಮಟ್ಟವು ಕಡಿಮೆಯಿದ್ದರೆ, ಕಾರ್ಯಗಳು ಹೆಚ್ಚು ನಿರ್ದಿಷ್ಟವಾಗಿರುತ್ತವೆ.
ಎರಡನೇ ಹಂತದಲ್ಲಿ DEG ಗಳ mRNA (De novo) GO ವರ್ಗೀಕರಣ
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಈರುಳ್ಳಿಯಲ್ಲಿ ಬಲ್ಬ್ ಊತ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸುಕ್ರೋಸ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಆಲಿಯಮ್ ಸಿಪಾ ಎಲ್.)
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಸಸ್ಯ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಗಡಿಗಳು,2016
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ
ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಹೈಸೆಕ್2500
ಮಾದರಿ ಸಂಗ್ರಹ
ಉತಾಹ್ ಹಳದಿ ಸ್ವೀಟ್ ಸ್ಪೇನ್ ತಳಿ "Y1351" ಅನ್ನು ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ ಬಳಸಲಾಗಿದೆ.ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ಮಾದರಿಗಳ ಸಂಖ್ಯೆ
ಬಲ್ಬ್‌ನ ಊತ (DAS) ನಂತರ 15ನೇ ದಿನ (2-ಸೆಂ ವ್ಯಾಸ ಮತ್ತು 3-4 ಗ್ರಾಂ ತೂಕ), 30ನೇ DAS (5-ಸೆಂ ವ್ಯಾಸ ಮತ್ತು 100-110 ಗ್ರಾಂ ತೂಕ), ಮತ್ತು 40ನೇ ಡಿಎಎಸ್‌ನಲ್ಲಿ ∼3 (7-ಸೆಂ ವ್ಯಾಸ ಮತ್ತು 260-300 ಗ್ರಾಂ).
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
1. ವೆನ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ, ಎಲ್ಲಾ ಮೂರು ಜೋಡಿ ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಒಟ್ಟು 146 DEG ಗಳು ಪತ್ತೆಯಾಗಿವೆ
2.“ಕಾರ್ಬೋಹೈಡ್ರೇಟ್ ಸಾರಿಗೆ ಮತ್ತು ಚಯಾಪಚಯ” ವನ್ನು ಕೇವಲ 585 ಯುನಿಜೆನ್‌ಗಳು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತವೆ (ಅಂದರೆ, ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಿದ COG ಯ 7%).
3. GO ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗೆ ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಯುನಿಜೆನ್‌ಗಳನ್ನು ಬಲ್ಬ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ಮೂರು ವಿಭಿನ್ನ ಹಂತಗಳಿಗೆ ಮೂರು ಪ್ರಮುಖ ವರ್ಗಗಳಾಗಿ ವರ್ಗೀಕರಿಸಲಾಗಿದೆ."ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ" ಪ್ರಮುಖ ವರ್ಗದಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ "ಮೆಟಬಾಲಿಕ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ", ನಂತರ "ಸೆಲ್ಯುಲಾರ್ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆ"."ಆಣ್ವಿಕ ಕಾರ್ಯ" ದ ಪ್ರಧಾನ ವರ್ಗದಲ್ಲಿ ಎರಡು ವರ್ಗಗಳನ್ನು ಹೆಚ್ಚು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ "ಬಂಧಿಸುವ" ಮತ್ತು "ವೇಗವರ್ಧಕ ಚಟುವಟಿಕೆ".
 ಆರ್ಥೋಲಾಜಸ್ ಗುಂಪುಗಳ ಸಮೂಹಗಳ ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್ (COG) ವರ್ಗೀಕರಣ |  ಮೂರು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಬಲ್ಬ್‌ಗಳಿಂದ ಪಡೆದ ಯುನಿಜೆನ್‌ಗಳಿಗೆ ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ (GO) ವರ್ಗೀಕರಣದ ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್ |
 ಈರುಳ್ಳಿ ಬಲ್ಬ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಯ ಯಾವುದೇ ಎರಡು ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ವಿಭಿನ್ನವಾಗಿ ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ತೋರಿಸುವ ವೆನ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರ |
ಉಲ್ಲೇಖ
ಜಾಂಗ್ ಸಿ, ಜಾಂಗ್ ಎಚ್, ಝಾನ್ ಝಡ್, ಮತ್ತು ಇತರರು.ಈರುಳ್ಳಿಯಲ್ಲಿ ಬಲ್ಬ್ ಊತ ಮತ್ತು ಬೆಳವಣಿಗೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸುಕ್ರೋಸ್ ಚಯಾಪಚಯ ಕ್ರಿಯೆಯ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಆಲಿಯಮ್ ಸೆಪಾ ಎಲ್.)[ಜೆ].ಸಸ್ಯ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಫ್ರಾಂಟಿಯರ್ಸ್, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
