Helgenombisulfittsekvensering (WGBS)
Denne teknikken, basert på bisulfittbehandling av DNA for å indusere omdannelsen av umetylerte cytosiner til uracil (C til U), samtidig som metylerte cytosiner forblir uendret, står som gullstandardmetoden for grundig utforskning av DNA-metylering, spesielt den femte posisjonen i cytosin (5-mC), en sentral regulator av genuttrykk og cellulær aktivitet.
Denne teknikken tilbyr énbaseoppløsning, slik at forskere kan undersøke metylomet grundig og avdekke unormale metyleringsmønstre i prøvene. Ved å bruke WGBS kan forskere få enestående innsikt i genomomfattende metyleringslandskap, noe som gir en nyansert forståelse av de epigenetiske mekanismene som ligger til grunn for ulike biologiske prosesser og sykdommer.
Tjenestefunksjoner
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Krever et referansegenom.
● Lambda-DNA tilsettes for å overvåke effektiviteten av bisulfittkonvertering.
Servicefordeler
●Gullstandarden for DNA-metyleringsforskningDenne modne teknologien har høy nøyaktighet og god reproduserbarhet.
●Bred dekning og oppløsning på én base:Deteksjonen av metyleringssteder skjer på et genomomfattende nivå.
●Komplett plattform:Vi tilbyr komplette tjenester fra prøveprosessering og bibliotekkonstruksjon og sekvensering til bioinformatisk analyse.
●Omfattende ekspertiseVi har et bredt spekter av prosjekter som er fullført på tvers av et variert utvalg av arter. BMKGENE har over ti års erfaring, et svært dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket kundestøtte etter salg.
●Mulighet for å delta med transkriptomikkanalyse: Tillater integrert analyse av WGBS med andre omikkdata som RNA-sekvensering.
Eksempelspesifikasjoner
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang | Kvalitetskontroll |
| Bisulfittbehandlet | Illumina PE150 | 30x dybde | Q30 ≥ 85 % Bisulfittkonvertering > 99 % |
Krav til prøveeksempler
| Konsentrasjon (ng/µL) | Total mengde (µg) | Ytterligere krav | |
| Genomisk DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begrenset nedbrytning eller forurensning |
Tjenestens arbeidsflyt
Prøvelevering
DNA-ekstraksjon
bibliotekbygging
Sekvensering
Dataanalyse
Datalevering
Tjenesten inkluderer følgende analyse:
● Kvalitetskontroll av råsekvensering;
● Kartlegging til referansegenom;
● Påvisning av 5mC metylerte baser;
● Analyse av metyleringsfordeling og annotering;
● Analyse av differensielt metylerte regioner (DMR-er);
● Funksjonell annotering av gener assosiert med DMR-er.
5mC metyleringsdeteksjon: typer metylerte steder
Metyleringskart. Genomomfattende distribusjon av 5mC-metylering
Annotering av sterkt metylerte regioner
Differensielt metylerte regioner: assosierte gener
Differensielt metylerte regioner: annotering av assosierte gener (genontologi)
Utforsk forskningsfremskrittene som muliggjøres av BMKGenes tjenester for bisulfittsekvensering av hele genomet gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Fan, Y. et al. (2020) «Analyse av DNA-metyleringsprofiler under utvikling av skjelettmuskulatur hos sauer ved bruk av helgenombisulfittsekvensering»,BMC Genomics, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) «Nye forstyrrelser i deoksyribonukleinsyremetylering hos arbeidere utsatt for vinylklorid»,Toksikologi og industriell helse, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) «Sammenheng mellom genommetylering, nivåer av ikke-kodende RNA, mRNA og metabolitter i modne tomater»,Plantetidsskriftet, 103(3), s. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
