lncrna

Lange ikke-kodende RNA (lncRNA) er RNA lengre enn 200 nukleotider med lavt kodepotensial, men med kritiske regulatoriske funksjoner. BMKCloud lncRNA-rørledningen er designet for å analysere rRNA-utarmede biblioteker med et høykvalitets, godt annotert referansegenom, ved å analysere lncRNA- og mRNA-ekspresjon sammen. Etter å ha lest trimming og kvalitetskontroll, justeres avlesningene til referansegenomet for å sette sammen transkripsjoner, og påfølgende genstrukturanalyse avslører alternative spleising og nye gener. Transkripsjoner identifiseres som mRNA eller lncRNA, og differensiell ekspresjonsanalyse identifiserer differensielt uttrykte lncRNA, deres mål og differensielt uttrykte gener (DEGS). Både DEG-er og differensielt uttrykte lncRNA-mål er funksjonelt kommentert for å finne berikede funksjonelle kategorier.