Метагеномнае секвенаванне-TGS
Метагеном — гэта сукупнасць генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, такіх як метагеномы навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультываваных мікраарганізмаў. Метагеномнае секвенаванне дазваляе вывучаць гэтыя складаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ў экалагічныя ўзоры, забяспечваючы больш, чым проста таксанамічнае прафіляванне. Яно таксама прапануе функцыянальную геномную перспектыву, даследуючы закадаваныя гены і іх меркаваную ролю ў працэсах навакольнага асяроддзя. У той час як традыцыйныя падыходы з секвенаваннем "дробяком" з Illumina шырока выкарыстоўваліся ў метагеномных даследаваннях, з'яўленне доўгатэрміновага секвенавання Nanopore і PacBio змяніла гэтую галіну. Тэхналогіі Nanopore і PacBio паляпшаюць наступныя біяінфарматычныя аналізы, у прыватнасці, зборку метагеномаў, забяспечваючы больш бесперапынныя зборкі. Паведамленні паказваюць, што метагеноміка на аснове Nanopore і PacBio паспяхова стварыла поўныя і закрытыя бактэрыяльныя геномы са складаных мікрабіёмаў (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Інтэграцыя счытванняў Nanopore з счытваннямі Illumina забяспечвае стратэгічны падыход да карэкцыі памылак, змяншаючы ўласцівую Nanopore нізкую дакладнасць. Гэта сінергічнае спалучэнне выкарыстоўвае моцныя бакі кожнай платформы секвенавання, прапаноўваючы надзейнае рашэнне для пераадолення патэнцыйных абмежаванняў і павышэння дакладнасці і надзейнасці метагеномных аналізаў.
Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia і PacBio Revio
Асаблівасці сэрвісу
● Секвенаванне доўгіх чытанняў на Nanopore P48 (бібліятэка 10 Кб); PacBio Revio (бібліятэка 8 Кб)
● Карэкцыя памылак: секвенаванне на Illumina NovaSeq (бібліятэка PE150)
Перавагі абслугоўвання
●Высокаякасная зборка метагенома:З меншай колькасцю кантыгаў, якія маюць больш высокую бесперапыннасць.
●Больш высокая дакладнасць:Ідэнтыфікацыя відаў і прадказанне функцыянальных генаў.
●Палепшаная зборкаСпрыяе вылучэнню бактэрыяльнага геному і параўнальнаму метагеномнаму аналізу.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз:Наш аналіз сканцэнтраваны не толькі на таксанамічнай разнастайнасці, але і на функцыянальнай разнастайнасці супольнасці.
●Шырокі вопытНаша каманда мае багаты вопыт у кожным праекце. Маючы за плячыма паспяховы вопыт завяршэння некалькіх метагеномных праектаў у розных галінах даследаванняў і апрацоўкі больш за 200 000 узораў, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
Спецыфікацыі паслуг
| Платформа секвенавання | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя |
| Illumina NovaSeq | ПЭ150 | 6 Гб |
| Нанапоры P48 | 10 кб | 6 / 10 Гб |
| PacBio Revio | 8 кб | 10/20 Гб |
Патрабаванні да ўзораў
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Аб'ём (мкл) | |
| Бібліятэка Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Бібліятэка Nanopore памерам 10 кб | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Бібліятэка PacBio памерам 8 кб | ≥50 | 10 мкг/клетка | ≥20 |
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці дадзеных секвенавання
● Зборка метагенома і прадказанне генаў
● Генная анатацыя
● Аналіз таксанамічнай альфа-разнастайнасці
● Функцыянальны аналіз супольнасці: біялагічная функцыя, метабалізм, антыбіётыкарэзістэнтнасць
● Аналіз функцыянальнай і таксанамічнай разнастайнасці:
Бэта-аналіз разнастайнасці
Міжгрупавы аналіз
Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю OUT
Размеркаванне нелішняга набору генаў:
Генная анатацыя: шлях KEGG
Генная анатацыя: eggNOG
Генная анатацыя: вугляводы CAZY
Карэляцыйная сетка відаў:
Даведайцеся пра дасягненні, атрыманыя дзякуючы сэрвісу метагеномнага секвенавання BMKGene з Nanopore + Illumina, з гэтай публікацыі:
Джын, Х. і інш. (2023) «Высокаякасны зборнік геномаў мікрабіёма кішачніка чалавека ўнутраных манголаў», Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), с. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
