-
Аналіз геномнай асацыяцыі
Агульнагеномнае даследаванне асацыяцый (GWAS) накіравана на выяўленне генетычных варыянтаў (генатыпу), звязаных з пэўнымі прыкметамі (фенатыпам).Даследаванне GWAS даследуе генетычныя маркеры, якія перасякаюць увесь геном вялікай колькасці асобін, і прагназуе асацыяцыі генатыпу і фенатыпу з дапамогай статыстычнага аналізу на ўзроўні папуляцыі.Ён шырока выкарыстоўваецца ў даследаваннях хвароб чалавека і функцыянальнага здабычы генаў на складаных прыкметах жывёл і раслін.
-
Секвенирование аднаядзернай РНК
Прагрэс у захопе адной клеткі і тэхніцы стварэння індывідуальнай бібліятэкі ў спалучэнні з высокапрадукцыйным секвенаваннем дазваляе даследаваць экспрэсію генаў па клетках.Гэта забяспечвае больш глыбокі і поўны сістэмны аналіз складаных клетачных папуляцый, у якім ён у значнай ступені пазбягае маскіроўкі іх гетэрагеннасці шляхам сярэдняга значэння ўсіх клетак.
Аднак некаторыя клеткі непрыдатныя для стварэння аднаклетачнай суспензіі, таму неабходныя іншыя метады падрыхтоўкі ўзораў - экстракцыя ядра з тканіны, гэта значыць ядро непасрэдна экстрагуецца з тканіны або клеткі і рыхтуецца да одноядерной суспензіі для аднаго клеткі. секвенирование клетак.
BMK прадастаўляе паслугу секвенирования аднаклеткавай РНК 10× на базе Genomics ChromiumTM.Гэтая паслуга шырока выкарыстоўваецца ў даследаваннях, звязаных з захворваннямі, такімі як дыферэнцыяцыя імунных клетак, гетэрагеннасць пухлін, развіццё тканін і г.д.
Чып прасторавай транскрыпцыі: 10× Genomics
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Секвеніраванне ўсяго геному раслін/жывёл
Паўторнае секвеніраванне поўнага геному, таксама вядомае як WGS, дазваляе выяўляць як распаўсюджаныя, так і рэдкія мутацыі ва ўсім геноме, уключаючы адзінкавы нуклеатыдны палімарфізм (SNP), дэлецыю ўстаўкі (InDel), варыяцыю структуры (SV) і варыяцыю колькасці копій (CNV). ).SV складаюць большую частку варыяцыйнай базы, чым SNP, і аказваюць большы ўплыў на геном, што аказвае істотны ўплыў на жывыя арганізмы.Рэсеквенаванне доўгага счытвання дазваляе больш дакладна ідэнтыфікаваць вялікія фрагменты і складаныя варыяцыі, таму што доўгі счытванне значна палягчае храмасомнае скрыжаванне складаных абласцей, такіх як тандэмныя паўторы, багатыя GC/AT вобласці і гіперварыябельныя вобласці.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Прасторавая транскрыпцыя BMKMANU S1000
Прасторавая арганізацыя клетак адыгрывае жыццёва важную ролю ў розных біялагічных працэсах, такіх як імунная інфільтрацыя, развіццё эмбрыёна і г. д. Прасторавае секвеніраванне транскрыптомаў, якое паказвае на прафіляванне экспрэсіі генаў, захоўваючы пры гэтым інфармацыю аб прасторавым становішчы, дае глыбокую інфармацыю аб архітэктуры тканіны на ўзроўні транскрыптомаў.З развіццём тэхналогіі звышчыстую марфалогію тканін і рэальную структурную розніцу прасторавай малекулярнай экспрэсіі трэба вывучаць з больш высокім дазволам.BMKGENE прадастаўляе комплексную паслугу прасторавага секвеніравання транскрыптаў ад узораў да біялагічных ідэй.
Тэхналогіі прасторавай транскрыптамікі адкрылі новыя перспектывы ў разнастайных даследчых сферах шляхам вызначэння профілю экспрэсіі генаў з прасторавым зместам у гетэрагенных узорах.
Чып прасторавай транскрыпцыі: BMKMANU S1000
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Прасторавая экспрэсія генаў Visium - гэта асноўная тэхналогія секвеніравання прасторавых транскрыптомаў для класіфікацыі тканін на аснове агульнай мРНК.Адлюструйце ўвесь транскрыптом з марфалагічным кантэкстам, каб выявіць новыя ідэі нармальнага развіцця, паталогіі хваробы і клінічныя трансляцыйныя даследаванні.BMKGENE прадастаўляе комплексную паслугу прасторавага секвеніравання транскрыптаў ад узораў да біялагічных ідэй.
Тэхналогіі прасторавай транскрыптамікі адкрылі новыя перспектывы ў разнастайных даследаваннях шляхам вызначэння профілю экспрэсіі генаў з прасторавым зместам у гетэрагенных узорах.
Чып прасторавай транскрыпцыі: 10x Genomics Visium
платформа:Платформа Illumina NovaSeq
-
Нанапоры для секвенирования мРНК поўнай даўжыні
Секвенирование РНК было неацэнным інструментам для комплекснага аналізу транскрыптаў.Несумненна, традыцыйная паслядоўнасць кароткага чытання дасягнула тут шматлікіх важных развіццяў.Тым не менш, ён часта сутыкаецца з абмежаваннямі ў ідэнтыфікацыі поўнаметражных ізаформ, колькасным вызначэнні, зрушэнні ПЦР.
Секвеніраванне нанапор адрозніваецца ад іншых платформаў секвенирования тым, што нуклеатыды счытваюцца непасрэдна без сінтэзу ДНК і стварае доўгае счытванне з дзесяткамі кілабаз.Гэта дае магчымасць прамога счытвання, перасякаючы поўнаметражныя стэнаграмы, і вырашае праблемы ў даследаваннях на ўзроўні ізаформ.
Платформа:Нанапор PromethION
Бібліятэка:кДНК-ПЦР
-
Поўнаметражнае секвенирование мРНК -PacBio
Нановапоўнаметражнае секвенирование транскриптома, таксама вядомае якНановаIso-Seq выкарыстоўвае перавагі секвенсара PacBio у даўжыні счытвання, што дазваляе секвенировать поўнаметражныя малекулы кДНК без перапынкаў.Гэта цалкам дазваляе пазбегнуць памылак, якія ўзнікаюць на этапах зборкі стэнаграмы, і стварае наборы unigene з дазволам на ўзроўні ізаформы.Гэтыя наборы unigene забяспечваюць магутную генетычную інфармацыю ў якасці «эталоннага геному» на ўзроўні транскрыптому.Акрамя таго, у спалучэнні з дадзенымі секвенирования наступнага пакалення гэты сэрвіс дае магчымасць дакладнай колькаснай ацэнкі экспрэсіі на ўзроўні ізаформы.
Платформа: PacBio Sequel IIБібліятэка: бібліятэка звона СМРТ -
Секвенирование мРНК эукарыятаў-Illumina
Секвенирование мРНК дазваляе прафіляваць усе мРНК, транскрыптаваныя з клетак у пэўных умовах.Гэта магутная тэхналогія для выяўлення профілю геннай экспрэсіі, генных структур і малекулярных механізмаў пэўных біялагічных працэсаў.На сённяшні дзень секвенирование мРНК шырока выкарыстоўваецца ў фундаментальных даследаваннях, клінічнай дыягностыцы, распрацоўцы лекаў і г.д.
Платформа: платформа Illumina NovaSeq
-
Неэталоннае секвенирование мРНК-Illumina
Секвеніраванне мРНК выкарыстоўвае тэхніку секвеніравання наступнага пакалення (NGS) для ўлоўлівання інфармацыйнай РНК (мРНК) з эўкарыётаў у пэўны перыяд, калі некаторыя спецыяльныя функцыі актывуюцца.Самая доўгая расшыфроўка атрымала назву "Unigene" і выкарыстоўвалася ў якасці эталоннай паслядоўнасці для наступнага аналізу, што з'яўляецца эфектыўным сродкам для вывучэння малекулярнага механізму і рэгулятарнай сеткі віду без спасылак.
Пасля зборкі дадзеных транскрыптому і функцыянальнай анатацыі ўнігена
(1) Будзе праведзены аналіз SSR, прагназаванне CDS і структура гена.
(2) Будзе выканана колькасная ацэнка экспрэсіі ўнігена ў кожным узоры.
(3) Дыферэнцыравана выяўленыя унігены паміж узорамі (або групамі) будуць выяўлены на аснове экспрэсіі унігенаў
(4) Будуць выкананы кластэрызацыя, функцыянальная анатацыя і аналіз узбагачэння дыферэнцыяльна выяўленых унігенаў
-
Доўгае секвенирование без кадавання - Illumina
Доўгія некадуючыя РНК (lncRNA) - гэта тып малекул РНК даўжынёй больш за 200 нт, якія характарызуюцца вельмі нізкім патэнцыялам кадавання.LncRNA, як ключавы член некадуючых РНК, у асноўным знаходзіцца ў ядры і плазме.Развіццё тэхналогіі секвенирования і біяінфарматыкі дазваляе ідэнтыфікаваць мноства новых lncRNA і звязваць іх з біялагічнымі функцыямі.Назапашаныя дадзеныя сведчаць аб тым, што lncRNA шырока ўдзельнічае ў эпігенетычнай рэгуляцыі, рэгуляцыі транскрыпцыі і рэгуляцыі пасля транскрыпцыі.
-
Малое секвенирование РНК-Illumina
Малая РНК адносіцца да класа некадзіруючых малекул РНК, якія звычайна маюць даўжыню менш за 200 нт, уключаючы мікраРНК (міРНК), малую інтэрферэнцыйную РНК (міРНК) і РНК, якая ўзаемадзейнічае з piwi (piРНК).
МікраРНК (міРНК) - гэта клас эндагенных малых РНК даўжынёй каля 20-24 нт, якія выконваюць розныя важныя рэгулятарныя ролі ў клетках.МіРНК удзельнічае ў многіх жыццёвых працэсах, якія выяўляюць спецыфічную экспрэсію ў тканінах і стадыях і вельмі кансерватыўныя ў розных відаў.
-
секвенирование circRNA-Illumina
ЦыркРНК (цыркулярныя РНК) - гэта адзін з класаў некадзіруючых малекул РНК, якія не маюць 5' канцавога каўпачка і 3' канцавога полі(А) хваста.CircRNA выконваюць кругавую структуру з дапамогай кавалентнай сувязі, якая супрацьстаіць расшчапленню экзануклеазай РНК.circRNA гуляе важную ролю ў росце і развіцці арганізмаў і іх устойлівасці да знешняга асяроддзя.
CircRNA выконвае мноства функцый, якія могуць канкурэнтна звязваць мікраРНК, выконваць рэгулятарную функцыю ceRNA, рэгуляваць экспрэсію генаў.У апошнія гады таксама было ўстаноўлена, што гэта цесна звязана з узнікненнем і развіццём захворванняў і мае вялікія перспектывы прымянення ў напрамку маркераў дыягностыкі захворванняў і гэтак далей.
