Цеплавая карта
Інструмент Heatmap прымае файл матрычных дадзеных у якасці ўваходных дадзеных і дазваляе карыстальнікам фільтраваць, нармалізаваць і кластарызаваць дадзеныя. Асноўным прыкладам выкарыстання цеплавых карт з'яўляецца кластарны аналіз узроўню экспрэсіі генаў паміж рознымі ўзорамі.
Генная анатацыя
Інструмент анатацыі генаў выконвае анатацыю генаў на аснове выраўноўвання паслядоўнасці ўваходных файлаў FASTA па розных базах дадзеных.
Базавы інструмент пошуку лакальнага выраўноўвання (BLAST)
Інструмент BLAST — гэта інтэграваная з BMKCloud версія NCBI BLAST, і яго можна выкарыстоўваць для выканання тых жа функцый з выкарыстаннем дадзеных, загружаных у ўліковы запіс BMKCloud.
Прагноз CDS_UTR
Інструмент прагназавання CDS_UTR прызначаны для прагназавання кадуючых (CDS) і некадуючых (UTR) рэгіёнаў у зададзеных паслядоўнасцях транскрыптаў на аснове вынікаў BLAST у параўнанні з вядомымі базамі дадзеных бялкоў і вынікамі прагназавання ORF.
Манхэтэнскі сюжэт
Інструмент «Манхэтэнскі ўчастак» дазваляе адлюстроўваць эксперыменты з вялікай колькасцю выбарак і звычайна выкарыстоўваецца ў даследаваннях асацыяцый па ўсім геноме (GWAS).
Дыяграма Circos
Інструмент дыяграмы CIRCOS забяспечвае эфектыўную візуалізацыю размеркавання геномных прыкмет па ўсім геноме. Агульныя прыкметы ўключаюць колькасныя локусы, SNP, InDels, структурныя варыянты і варыянты колькасці копій.
Узбагачэнне геннай анталогіі (GO)
Інструмент GO Enrichment забяспечвае аналіз функцыянальнага ўзбагачэння. Асноўным праграмным забеспячэннем у гэтым інструменце з'яўляецца пакет TopGO-Bioconductor, які ўключае аналіз дыферэнцыяльнай экспрэсіі, аналіз узбагачэння GO і візуалізацыю вынікаў.
Аналіз сеткі сумеснай экспрэсіі генаў з улікам узважаных значэнняў (WGCNA)
WGCNA — гэта шырока выкарыстоўваны метад здабывання дадзеных для выяўлення модуляў сумеснай экспрэсіі генаў. Ён прымяняецца да розных набораў дадзеных аб экспрэсіі, у тым ліку да дадзеных аб экспрэсіі генаў мікрачыпаў і NGS.
ІнтэрПроСкан
Інструмент InterProScan забяспечвае аналіз і класіфікацыю паслядоўнасці бялкоў InterPro.
Узбагачэнне GO KEGG
Інструмент узбагачэння GO KEGG прызначаны для стварэння гістаграмы ўзбагачэння GO, гістаграмы ўзбагачэння KEGG і шляху ўзбагачэння KEGG на аснове прадастаўленага набору генаў і адпаведнай анатацыі.