Метагеномнае секвенирование -NGS
Метагеном - гэта сукупнасць поўнага генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад метагеномы навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультывавальных мікраарганізмаў. Метагенамнае секвеніраванне Shotgun з дапамогай NGS дазваляе вывучаць гэтыя заблытаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ва ўзоры навакольнага асяроддзя, забяспечваючы не толькі таксанамічнае прафіляванне, а таксама дэталёвае ўяўленне аб відавой разнастайнасці, дынаміцы колькасці і складаных структурах папуляцыі. Акрамя таксанамічных даследаванняў, метагеноміка стрэльбаў таксама прапануе перспектыву функцыянальнай геномікі, дазваляючы даследаваць закадзіраваныя гены і іх меркаваную ролю ў экалагічных працэсах. Нарэшце, усталяванне карэляцыйных сетак паміж генетычнымі элементамі і фактарамі навакольнага асяроддзя спрыяе цэласнаму разуменню складанага ўзаемадзеяння паміж мікробнымі супольнасцямі і іх экалагічным фонам. У заключэнне можна сказаць, што метагеномнае секвенаванне з'яўляецца ключавым інструментам для разгадкі геномных тонкасцяў разнастайных мікробных супольнасцей, асвятляючы шматгранныя адносіны паміж генетыкай і экалогіяй у гэтых складаных экасістэмах.
Платформы: Illumina NovaSeq і DNBSEQ-T7
Перавагі абслугоўвання
●Метад прафілявання мікробнай супольнасці без вылучэння і культывавання: Дазваляе секвеніраванне генетычнага матэрыялу з арганізмаў, якія не культывуюцца.
●Высокае дазвол: Выяўленне відаў з нізкай колькасцю ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз:Арыентаваны не толькі на таксанамічную разнастайнасць, але і на функцыянальную разнастайнасць супольнасці.
●Шырокі вопыт:Маючы паслужны спіс паспяховага закрыцця некалькіх метагеномічных праектаў у розных галінах даследаванняў і апрацоўкі больш за 200 000 узораў, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Платформа секвенирования | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| Illumina NovaSeq або DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (нг) | Аб'ём (мкл) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Глеба/глей: 2-3г
● Кішачнае змесціва-жывёлы: 0,5-2г
● Змесціва кішачніка-казуркі: 0,1-0,25г
● Паверхня расліны (узбагачаны асадак): 0,5-1г
● Брадзільны булён, узбагачаны асадкам): 0,2-0,5г
● Фекаліі (буйных жывёл): 0,5-2г
● Фекаліі (мышы): 3-5 гран
● Лёгачны альвеалярны лаважа: фільтравальнай папера
● Мазок з похвы: 5-6 тампонаў
● Мазок са скуры/палавых органаў/сліна/мяккія тканіны паражніны рота/мазок з глоткі/прамая кішка: 2-3 тампона
● Паверхневыя мікраарганізмы: 5-6 тампонаў
● Вадаём/паветра/біяплёнка: фільтравальная папера
● Эндафіты: 2-3г
● Зубны налёт: 0,5-1г
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці дадзеных паслядоўнасці
● Зборка метагеномаў і прагназаванне генаў
● Генная анатацыя
● Таксанамічны альфа-аналіз разнастайнасці
● Функцыянальны аналіз супольнасці: біялагічная функцыя, метабалічны, устойлівасць да антыбіётыкаў
● Аналіз функцыянальнай і таксанамічнай разнастайнасці:
Бэта-аналіз разнастайнасці
Міжгрупавы аналіз
Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю OUT
Функцыянальны аналіз: рэзістэнтнасць да антыбіётыкаў CARD
Дыферэнцыяльны аналіз метабалічных шляхоў KEGG: цеплавая карта важных шляхоў
Альфа-разнастайнасць таксанамічнага размеркавання: індэкс ACE
Бэта-разнастайнасць таксанамічнага размеркавання: PCoA
Даследуйце дасягненні, якія спрыяюць паслугі секвеніравання метагеномаў BMKGene з Illumina праз падабраную калекцыю публікацый.
Хай, К. і інш. (2023) «Метагенамічны і метабаламічны аналіз змяненняў у змесціве кішачніка вясёлкавай стронгі (Oncorhynchus mykiss), заражанай вірусам інфекцыйнага гемапаэтычнага некрозу пры розных тэмпературах вады ў культуры»,Межы ў мікрабіялогіі, 14, с. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. і інш. (2023) «Мікробныя супольнасці, гены рэзістэнтнасці і рызыкі рэзістомаў у гарадскіх азёрах розных трафічных станаў: унутраныя сувязі і знешнія ўздзеянні»,Часопіс дасягненняў небяспечных матэрыялаў, 9, с. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. і інш. (2022) «Метагенамічны аналіз выявіў адрозненні ў складзе і функцыях паміж асацыяванымі з вадкасцю і цвёрдымі рэчывамі мікраарганізмамі рубца авечак»,Межы ў мікрабіялогіі, 13, с. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. і інш. (2023) «Мікрабіёта свіней Нінсян, якія пакутуюць атлусценнем, перабудоўвае метабалізм карніціну, каб спрыяць адкладу тоўстых кіслот у цягліцах у худых свіней DLY»,Інавацыі, 4(5), с. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Чжао, X. і інш. (2023) «Метагенамічнае ўяўленне аб патэнцыйных рызыках рэпрэзентатыўнага бія/нераскладальнага пластыка і непластыкавага смецця ў верхнім і ніжнім цячэнні лімана Хайхэ, Кітай»,Навука аб агульным навакольным асяроддзі, 887, с. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
