Метагеномнае секвенаванне -NGS
Метагеном — гэта сукупнасць усяго генетычнага матэрыялу змешанай супольнасці арганізмаў, напрыклад, метагеномаў навакольнага асяроддзя і чалавека. Ён змяшчае геномы як культываваных, так і некультываваных мікраарганізмаў. Метагеномнае секвенаванне з дапамогай стрэльбы з выкарыстаннем NGS дазваляе вывучаць гэтыя складаныя геномныя ландшафты, убудаваныя ва ўзоры навакольнага асяроддзя, забяспечваючы не толькі таксанамічнае прафіляванне, але і падрабязнае разуменне відавай разнастайнасці, дынамікі колькасці і складаных папуляцыйных структур. Акрамя таксанамічных даследаванняў, стрэльбавая метагеноміка таксама прапануе функцыянальную геномічную перспектыву, дазваляючы даследаваць закадаваныя гены і іх меркаваную ролю ў экалагічных працэсах. Нарэшце, стварэнне карэляцыйных сетак паміж генетычнымі элементамі і фактарамі навакольнага асяроддзя спрыяе цэласнаму разуменню складанага ўзаемадзеяння паміж мікробнымі супольнасцямі і іх экалагічным фонам. У заключэнне, метагеномнае секвенаванне з'яўляецца ключавым інструментам для раскрыцця геномных складанасцей розных мікробных супольнасцей, асвятляючы шматгранныя ўзаемаадносіны паміж генетыкай і экалогіяй у гэтых складаных экасістэмах.
Платформы: Illumina NovaSeq і DNBSEQ-T7
Перавагі абслугоўвання
●Метад прафілявання мікробнай супольнасці без ізаляцыі і культываванняДазваляе секвенаваць генетычны матэрыял з некультываваных арганізмаў.
●Высокае разрозненнеВыяўленне відаў з нізкай колькасцю ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз:Арыентуецца не толькі на таксанамічную разнастайнасць, але і на функцыянальную разнастайнасць супольнасці.
●Шырокі вопыт:Маючы вопыт паспяховага завяршэння некалькіх метагеномных праектаў у розных галінах даследаванняў і апрацоўкі больш за 200 000 узораў, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
Спецыфікацыі паслуг
| Платформа секвенавання | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Illumina NovaSeq або DNBSEQ-T7 | ПЭ150 | 6-20 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (нг) | Аб'ём (мкл) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Глеба/шлам: 2-3 г
● Кішачны змест жывёлы: 0,5-2 г
● Кішачны змест насякомых: 0,1-0,25 г
● Паверхня расліны (узбагачаны асадак): 0,5-1 г
● Асадак, узбагачаны ферментацыйным булёнам): 0,2-0,5 г
● Фекаліі (буйныя жывёлы): 0,5-2 г
● Фекаліі (мышы): 3-5 гранул
● Вадкасць для лёгачнага альвеалярнага лаважу: фільтравальная папера
● Вагінальны мазок: 5-6 тампонаў
● Мазок са скуры/геніталій/сліны/мяккіх тканін ротавай поласці/мазка з глоткі/мазка з прамой кішкі: 2-3 мазкі
● Павярхоўныя мікраарганізмы: 5-6 тампонаў
● Вадаём/паветра/біяплёнка: фільтравальная папера
● Эндафіты: 2-3 г
● Зубны налёт: 0,5-1 г
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці дадзеных секвенавання
● Зборка метагенома і прадказанне генаў
● Генная анатацыя
● Таксанамічны альфа-аналіз разнастайнасці
● Функцыянальны аналіз супольнасці: біялагічная функцыя, метабалізм, антыбіётыкарэзістэнтнасць
● Аналіз як функцыянальнай, так і таксанамічнай разнастайнасці:
Бэта-аналіз разнастайнасці
Міжгрупавы аналіз
Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю выязных
Функцыянальны аналіз: антыбіётыкарэзістэнтнасць CARD
Дыферэнцыяльны аналіз метабалічных шляхоў KEGG: цеплавая карта значных шляхоў
Альфа-разнастайнасць таксанамічнага распаўсюджвання: індэкс ACE
Бэта-разнастайнасць таксанамічнага распаўсюджвання: PCoA
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам BMKGene па метагеномным секвенаванні з Illumina, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Хай, К. і інш. (2023) «Метагеномны і метабаломны аналіз змяненняў змесціва кішачніка вясёлкавай фарэлі (Oncorhynchus mykiss), заражанай вірусам інфекцыйнага гематапаэтычнага некрозу, пры розных тэмпературах вады для культывавання».Межы ў мікрабіялогіі, 14, с. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. і інш. (2023) «Мікробныя супольнасці, гены рэзістэнтнасці і рызыкі рэзістомаў у гарадскіх азёрах рознага трафічнага стану: унутраныя сувязі і знешнія ўплывы»,Часопіс дасягненняў у галіне небяспечных матэрыялаў, 9, с. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Су, М. і інш. (2022) «Метагеномны аналіз выявіў адрозненні ў складзе і функцыянаванні паміж вадкаснымі і цвёрдымі мікраарганізмамі рубца авечак».Межы ў мікрабіялогіі, 13, с. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Інь, Дж. і інш. (2023) «Мікрабіёта свіней пароды Нінсян з атлусценнем змяняе метабалізм карнітыну, каб спрыяць адкладу тоўстых кіслот у цягліцах у худых свіней з дысцыплінарным ростам».Інавацыя, 4(5), с. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. і інш. (2023) «Метагенамічныя даследаванні патэнцыйных рызык, звязаных з рэпрэзентатыўным біяраскладальным/нераскладальным пластыкавым і непластыкавым смеццем у верхнім і ніжнім цячэнні эстуарыя Хайхэ, Кітай».Навука пра навакольнае асяроддзе, 887, с. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
