Метагенамнае секвенаванне (NGS)
Перавагі сэрвісу
ØБез ізаляцыі і культывавання для прафілявання мікробнай супольнасці
ØВысокая раздзяляльнасць пры выяўленні відаў з нізкім узроўнем колькасці ў пробах навакольнага асяроддзя
ØІдэя «мета-» аб'ядноўвае ўсе біялагічныя асаблівасці на функцыянальным узроўні, на відавым і генным узроўні, што адлюстроўвае дынамічны погляд, набліжаны да рэальнасці.
ØBMK назапашвае велізарны вопыт у розных тыпах узораў з больш чым 10 000 апрацаваных узораў.
Тэхнічныя характарыстыкі паслуг
| СеквенаваннеПлатформа | Бібліятэка | Рэкамендуемы выхад дадзеных | Разліковы час выканання |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Тэгі 50K/100K/300K | 30 дзён |
Біяінфарматычныя аналізы
üКантроль якасці сырых дадзеных
üМетагеномная зборка
üНезалішні набор генаў і анатацыя
üАналіз відавой разнастайнасці
üАналіз разнастайнасці генетычных функцый
üМіжгрупавы аналіз
üАналіз асацыяцыі супраць эксперыментальных фактараў
Узоры патрабаванняў і дастаўкі
Прыкладныя патрабаванні:
ДляЭкстракты ДНК:
| Тып ўзору | Сума | Канцэнтрацыя | Чысціня |
| Экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Для ўзораў навакольнага асяроддзя:
| Тып ўзору | Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў |
| Глеба | Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Астатняе засохлае рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалкі здрабніць і прапусціць праз фільтр 2 мм;Аликвотные пробы ў стэрыльнай EP-прабірцы або циропробирке для браніравання. |
| Калавыя масы | Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотныя ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або криопробирку для браніравання. |
| Змесціва кішачніка | Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыць сабраныя тканіны PBS;Цэнтрыфуга PBS і сабраць асадак у EP-прабіркі. |
| Асадка | Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотны ўзор глею ў стэрыльную EP-прабірку або криопробирку для рэзервавання |
| Вадаём | Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, такіх як вадаправодная вада, калодзежная вада і г.д., набярыце па меншай меры 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы. |
| Скура | Старанна саскрабце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку. |
Рэкамендуемая дастаўка ўзору
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоте на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоте або -80 градусаў для доўгатэрміновага рэзервавання.Патрабуецца ўзор дастаўкі з сухім лёдам.
Праца абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз даных
Пасляпродажныя паслугі
1.Гістаграма: распаўсюджванне відаў
2. Функцыянальныя гены, анатаваныя метабалічных шляхоў KEGG
3.Цеплавая карта: дыферэнцыяльныя функцыі, заснаваныя на адноснай колькасці генаў
4.Circos генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў CARD
Справа БМК
Распаўсюджанасць генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж глеба-мангравых каранёў кантынууму
Апублікавана:Часопіс небяспечных матэрыялаў, 2021
Стратэгія паслядоўнасці:
Матэрыялы: ДНК-экстракты чатырох фрагментаў узораў, звязаных з каранём мангра: незасаджаная глеба, рызасфера, эпісфера і эндасфера
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Мэты: Метагеном
Вобласць гена V3-V4 16S рРНК
Асноўныя вынікі
Метагеномнае секвеніраванне і метабаркодаванне прафілявання на кантынууме глебы і каранёў мангравых саджанцаў былі апрацаваны з мэтай вывучэння распаўсюджвання генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў (ARG) з глебы ў расліны.Метагеномныя дадзеныя паказалі, што 91,4% генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў звычайна ідэнтыфікуюцца ва ўсіх чатырох глебах, згаданых вышэй, што паказвае бесперапынную моду.Секвенаванне ампліконаў 16S рРНК атрымала 29 285 паслядоўнасцяў, якія прадстаўляюць 346 відаў.У спалучэнні з прафіляваннем відаў шляхам секвеніравання ампліконаў, было ўстаноўлена, што гэта распаўсюджванне не залежыць ад мікрабіёты, звязанай з каранямі, аднак гэтаму можа спрыяць рухомасць генетычных элементаў.Гэта даследаванне ідэнтыфікавала паток ARG і патагенаў з глебы ў расліны праз узаемазвязаны кантынуум глеба-карані.
Даведка
Ван, К., Ху, Р., Стронг, П. Дж., Чжуан, В., і Шу, Л.(2020).Распаўсюджанасць генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж кантынууму глеба-мангравыя карані.Часопіс небяспечных матэрыялаў, 408, 124985.
