page_head_bg

Прадукты

Метагенамнае секвенаванне (NGS)

Метагеном адносіцца да сукупнасці агульнага генетычнага матэрыялу змешанага супольнасці арганізмаў, такога як метагеном навакольнага асяроддзя, метагеном чалавека і г. д. Ён змяшчае геномы мікраарганізмаў, якія можна культываваць, і некультурных.Метагеномнае секвенаванне - гэта малекулярны інструмент, які выкарыстоўваецца для аналізу змешаных геномных матэрыялаў, вынятых з узораў навакольнага асяроддзя, які дае падрабязную інфармацыю аб разнастайнасці і колькасці відаў, структуры папуляцыі, філагенетычных адносінах, функцыянальных генах і карэляцыйнай сетцы з фактарамі навакольнага асяроддзя.

Платформа:Illumina NovaSeq6000


Падрабязнасці аб абслугоўванні

Дэма-вынікі

Практычны прыклад

Перавагі сэрвісу

ØБез ізаляцыі і культывавання для прафілявання мікробнай супольнасці

ØВысокая раздзяляльнасць пры выяўленні відаў з нізкім узроўнем колькасці ў пробах навакольнага асяроддзя

ØІдэя «мета-» аб'ядноўвае ўсе біялагічныя асаблівасці на функцыянальным узроўні, на відавым і генным узроўні, што адлюстроўвае дынамічны погляд, набліжаны да рэальнасці.

ØBMK назапашвае велізарны вопыт у розных тыпах узораў з больш чым 10 000 апрацаваных узораў.

Тэхнічныя характарыстыкі паслуг

СеквенаваннеПлатформа

Бібліятэка

Рэкамендуемы выхад дадзеных

Разліковы час выканання

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Тэгі 50K/100K/300K

30 дзён

Біяінфарматычныя аналізы

üКантроль якасці сырых дадзеных

üМетагеномная зборка

üНезалішні набор генаў і анатацыя

üАналіз відавой разнастайнасці

üАналіз разнастайнасці генетычных функцый

üМіжгрупавы аналіз

üАналіз асацыяцыі супраць эксперыментальных фактараў

2

Узоры патрабаванняў і дастаўкі

Прыкладныя патрабаванні:

ДляЭкстракты ДНК:

Тып ўзору

Сума

Канцэнтрацыя

Чысціня

Экстракты ДНК

> 30 нг

> 1 нг/мкл

OD260/280= 1,6-2,5

Для ўзораў навакольнага асяроддзя:

Тып ўзору

Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў

Глеба

Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Астатняе засохлае рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалкі здрабніць і прапусціць праз фільтр 2 мм;Аликвотные пробы ў стэрыльнай EP-прабірцы або циропробирке для браніравання.

Калавыя масы

Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотныя ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або криопробирку для браніравання.

Змесціва кішачніка

Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыць сабраныя тканіны PBS;Цэнтрыфуга PBS і сабраць асадак у EP-прабіркі.

Асадка

Аб'ём выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотны ўзор глею ў стэрыльную EP-прабірку або криопробирку для рэзервавання

Вадаём

Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, такіх як вадаправодная вада, калодзежная вада і г.д., набярыце па меншай меры 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы.

Скура

Старанна саскрабце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку.

Рэкамендуемая дастаўка ўзору

Замарозьце ўзоры ў вадкім азоте на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоте або -80 градусаў для доўгатэрміновага рэзервавання.Патрабуецца ўзор дастаўкі з сухім лёдам.

Праца абслугоўвання

logo_02

Дастаўка ўзору

logo_04

Будаўніцтва бібліятэкі

logo_05

Секвенаванне

logo_06

Аналіз даных

logo_07

Пасляпродажныя паслугі


  • Папярэдні:
  • Далей:

  • 1.Гістаграма: распаўсюджванне відаў

    3

    2. Функцыянальныя гены, анатаваныя метабалічных шляхоў KEGG

    4

    3.Цеплавая карта: дыферэнцыяльныя функцыі, заснаваныя на адноснай колькасці генаў54.Circos генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў CARD

    6

    Справа БМК

    Распаўсюджанасць генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж глеба-мангравых каранёў кантынууму

    Апублікавана:Часопіс небяспечных матэрыялаў, 2021

    Стратэгія паслядоўнасці:

    Матэрыялы: ДНК-экстракты чатырох фрагментаў узораў, звязаных з каранём мангра: незасаджаная глеба, рызасфера, эпісфера і эндасфера
    Платформа: Illumina HiSeq 2500
    Мэты: Метагеном
    Вобласць гена V3-V4 16S рРНК

    Асноўныя вынікі

    Метагеномнае секвеніраванне і метабаркодаванне прафілявання на кантынууме глебы і каранёў мангравых саджанцаў былі апрацаваны з мэтай вывучэння распаўсюджвання генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў (ARG) з глебы ў расліны.Метагеномныя дадзеныя паказалі, што 91,4% генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў звычайна ідэнтыфікуюцца ва ўсіх чатырох глебах, згаданых вышэй, што паказвае бесперапынную моду.Секвенаванне ампліконаў 16S рРНК атрымала 29 285 паслядоўнасцяў, якія прадстаўляюць 346 відаў.У спалучэнні з прафіляваннем відаў шляхам секвеніравання ампліконаў, было ўстаноўлена, што гэта распаўсюджванне не залежыць ад мікрабіёты, звязанай з каранямі, аднак гэтаму можа спрыяць рухомасць генетычных элементаў.Гэта даследаванне ідэнтыфікавала паток ARG і патагенаў з глебы ў расліны праз узаемазвязаны кантынуум глеба-карані.

    Даведка

    Ван, К., Ху, Р., Стронг, П. Дж., Чжуан, В., і Шу, Л.(2020).Распаўсюджанасць генаў рэзістэнтнасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж кантынууму глеба-мангравыя карані.Часопіс небяспечных матэрыялаў, 408, 124985.

    атрымаць цытату

    Напішыце сваё паведамленне тут і адпраўце яго нам

    Адпраўце нам сваё паведамленне: