Метагеномнае секвенирование -NGS
Перавагі абслугоўвання
● Без ізаляцыі і культывавання для прафілявання мікробнай супольнасці
● Высокая раздзяляльнасць пры выяўленні відаў з нізкай колькасцю ў пробах навакольнага асяроддзя
● Ідэя «мета-» аб'ядноўвае ўсе біялагічныя асаблівасці на функцыянальным узроўні, узроўні відаў і генах, што адлюстроўвае дынамічны погляд, які бліжэй да рэальнасці.
● BMK назапашвае велізарны вопыт у розных тыпах узораў з больш чым 10 000 апрацаванымі ўзорамі.
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Платформа | Секвеніраванне | Рэкамендуемыя дадзеныя | Час абароту |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 працоўных дзён |
Біяінфарматычныя аналізы
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Зборка метагенома
● Нялішні набор генаў і анатацыя
● Аналіз відавой разнастайнасці
● Аналіз разнастайнасці генетычных функцый
● Міжгрупавы аналіз
● Асацыятыўны аналіз супраць эксперыментальных фактараў
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
ДляЭкстракты ДНК:
| Тып выбаркі | Сума | Канцэнтрацыя | Чысціня |
| Экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Для экалагічных узораў:
| Тып выбаркі | Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў |
| глеба | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Рэшткі засохлага рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалачкі здрабніць і прапусціць праз 2 мм фільтр;Аліквотныя ўзоры ў стэрыльнай EP-прабірцы або цырапрабірцы для рэзервавання. |
| Фекаліі | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотуйце ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання. |
| Змесціва кішачніка | Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыйце сабраную тканіну PBS;Цэнтрыфугуйце PBS і збярыце асадак у EP-прабіркі. |
| Глей | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотную пробу асадка ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання |
| Вадаём | Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, напрыклад вадаправоднай вады, калодзежнай вады і г.д., збярыце не менш за 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы. |
| скура | Асцярожна саскрабіце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку. |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або -80 градусаў для працяглага захоўвання.Патрабуецца дастаўка ўзору з сухім лёдам.
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1.Гістаграма: размеркаванне відаў
2. Функцыянальныя гены, анатаваныя да метабалічных шляхоў KEGG
3.Цеплавая карта: дыферэнцыяльныя функцыі, заснаваныя на адноснай колькасці генаў
4.Circos генаў устойлівасці да антыбіётыкаў CARD
Справа БМК
Распаўсюджанасць генаў устойлівасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж кантынуума глеба-мангравыя карані
Апублікавана:Часопіс небяспечных матэрыялаў, 2021 г
Стратэгія паслядоўнасці:
Матэрыялы: экстракты ДНК чатырох фрагментаў каранёў мангравых асацыяваных узораў: нерассаджаная глеба, рызасфера, эпісфера і эндасфера.
Платформа: Illumina HiSeq 2500
Мэты: метагеном
Вобласць V3-V4 гена 16S рРНК
Асноўныя вынікі
Для вывучэння распаўсюджвання генаў устойлівасці да антыбіётыкаў (ARG) з глебы ў расліны былі апрацаваны метагеномнае секвеніраванне і прафіляванне метабаркадавання на кантынууме глеба-карань мангравых саджанцаў.Метагеномныя дадзеныя паказалі, што 91,4% генаў устойлівасці да антыбіётыкаў звычайна ідэнтыфікуюцца ва ўсіх чатырох згаданых вышэй кампартментах глебы, якія дэманструюць бесперапынны характар.Секвенирование ампликона 16S рРНК спарадзіла 29 285 паслядоўнасцяў, якія прадстаўляюць 346 відаў.У спалучэнні з прафіляваннем відаў з дапамогай секвеніравання ампліконаў было выяўлена, што гэта распаўсюджванне не залежыць ад мікрабіёты, звязанай з каранямі, аднак гэта можа спрыяць рухомасць генетычных элементаў.Гэта даследаванне вызначыла паток АРГ і патагенаў з глебы ў расліны праз узаемазвязаны кантынуум глеба-карань.
Даведка
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Распаўсюджанасць генаў устойлівасці да антыбіётыкаў і бактэрыяльных патагенаў уздоўж кантынууму глеба-мангравыя карані.Часопіс небяспечных матэрыялаў, 408, 124985.
