Параўнальная геноміка
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопыт і публікацыйныя запісыЗа гэты час BMKGene завяршыў больш за 90 праектаў па параўнальнай геноміцы з сукупным імпакт-фактарам у 900.
●Комплексны біяінфарматычны аналізПакет аналізаў змяшчае восем найбольш часта патрабуемых аналізаў, якія забяспечваюць добра распрацаваныя, гатовыя да публікацыі лічбы і дазваляюць лёгка інтэрпрэтаваць вынікі.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкаў і кароткі цыкл аналізуМаючы вялікі вопыт у параўнальным геномным аналізе, каманда BMKGene выконвае разнастайныя персаналізаваныя аналітычныя патрабаванні ў кароткія тэрміны.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі паслуг
| Разліковы час выканання | Колькасць відаў | Аналізы |
| 30 рабочых дзён | 6 - 12 | Кластэрызацыя сямействаў генаў Пашырэнне і скарачэнне сямейства генаў Пабудова філагенетычнага дрэва Ацэнка часу дывергенцыі (патрабуецца каліброўка выкапнёвых паходжанняў) Час устаўкі LTR (для раслін) Дупліраванне ўсяго геному (для раслін) Селектыўны ціск Сінтэнічны аналіз |
Біяінфарматычныя аналізы
● Сямейства генаў
● Філагенетыка
● Час дывергенцыі
● Селектыўны ціск
● Сінтэнічны аналіз
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
Патрабаванні да ўзораў:
Тканка або ДНК для секвенавання і зборкі геному
Для тканіны
| Віды | Тканіна | Апытанне | Пакбіа CCS |
| Жывёла | Вісцаральная тканіна | ≥ 0,2 г | ≥ 1 г |
| Мышачная тканіна | |||
| Кроў млекакормячых | ≥ 0,3 мл | ≥ 1 мл | |
| Кроў птушкі/рыбы | ≥ 0,05 мл | ≥ 0,1 мл | |
| Насякомае | ≥ 0,2 г | ≥ 1 г | |
| Расліна | Свежы ліст | ≥ 0,5 г | ≥ 2 г |
| Водны арганізм | Мышачная тканіна | ≥ 0,3 г | ≥ 1,5 г |
| Водарасці | ≥ 0,5 г | ≥ 3,0 г | |
| Клеткі | Культыўныя клеткі | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 |
Дадзеныя
Файлы паслядоўнасці геномаў (.fasta) і файлы анатацый (.gff3) блізкароднасных відаў
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
*Паказаныя тут вынікі дэманстрацыі атрыманы з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies.
1. Ацэнка часу ўстаўкі LTR: На малюнку паказана ўнікальнае бімадальнае размеркаванне часу ўстаўкі LTR-RT у геноме жыта Weining у параўнанні з іншымі відамі. Апошні пік назіраўся каля 0,5 мільёна гадоў таму.
Лі Гуан і інш.,Генетыка прыроды, 2021 г.
2. Філагенетычны аналіз і аналіз сямейства генаў чайота (Sechium edule): Аналізуючы чайота і 13 іншых роднасных відаў у сямействе генаў, было ўстаноўлена, што чайот найбольш цесна звязаны са змяіным гарбузом (Trichosanthes anguina). Чаёт паходзіць ад змяінага гарбуза прыкладна 27-45 мільёнаў гадоў таму, і дуплікацыя ўсяго геному (WGD) назіралася ў чайота 25±4 мільёны гадоў таму, што з'яўляецца трэцяй падзеяй WGD у кукуібітавых.
Фу А і інш.,Даследаванні ў галіне садаводства, 2021 г.
3. Сінтэнічны аналіз: Некаторыя гены, звязаныя з фітагармонамі ў развіцці пладоў, былі выяўлены ў чайота, гарбуза і гарбуза. Карэляцыя паміж чайотом і гарбузом крыху вышэйшая, чым паміж чайотом і гарбузом.
Фу А і інш.,Даследаванні ў галіне садаводства, 2021 г.
4. Аналіз сямейства генаў: узбагачэнне KEGG пры пашырэнні і скарачэнні сямейства генаў у геномах G.thurberi і G.davidsonii паказала, што гены, звязаныя з біясінтэзам стэроідаў і брасінастэроідаў, былі пашыраныя.
Ян З. і інш.,Біялогія БМК, 2021 г.
5. Аналіз дублявання ўсяго геному: аналіз размеркавання 4DTV і Ks паказаў падзеі дублявання ўсяго геному. Пікі ўнутрывідавых дыферэнцыялаў паказалі падзеі дублявання. Пікі міжвідавых дыферэнцыялаў паказалі падзеі відаўтварэння. Аналіз паказаў, што ў параўнанні з трыма іншымі блізкароднаснымі відамі, O. europaea нядаўна перажыў маштабную дубляцыю генаў.
Рао Г. і інш.,Даследаванні ў галіне садаводства, 2021 г.
Справа БМК
Ружа без калючак: геномныя дадзеныя, звязаныя з адаптацыяй да вільгаці
Апублікавана: Нацыянальны навуковы агляд, 2021 г.
Стратэгія секвенавання:
БасьеБез калючак'(Р.Вічурайнан) геном:
Прыблізна 93 X PacBio + прыблізна 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Асноўныя вынікі
1. Высокаякасны геном R.wichuraiana быў сканструяваны з выкарыстаннем метадаў доўгага секвенавання, якія далі зборку памерам 530,07 Мб (ацэначны памер геному склаў прыблізна 525,9 Мб паводле праточнай цытаметрыі і 525,5 паводле геномнага агляду; гетэразіготнасць складала каля 1,03%). Ацэначны бал па шкале BUSCO склаў 93,9%. У параўнанні з «Old blush» (haploOB), якасць і паўната гэтага геному была пацверджана дакладнасцю аднабазавай зборкі і індэксам LTR-зборкі (LAI=20,03). Геном R.wichuraiana змяшчае 32 674 гены, якія кадуюць бялок.
2. Сумесны аналіз некалькіх омік, які ўключае параўнальную геноміку, транскрыптоміку і QTL-аналіз генетычнай папуляцыі, выявіў ключавую відаўтваральную прыналежнасць паміж R. wichuraiana і Rosa chinensis. Акрамя таго, варыяцыі экспрэсіі роднасных генаў у QTL, верагодна, былі звязаны з фарміраваннем калючак сцябла.
Параўнальны геномны аналіз паміж Basye's Thornless і Rosa chinensis, які ўключаў аналіз сінтэніі, кластараў сямействаў генаў, аналіз экспансіі і скарачэння, выявіў вялікую колькасць варыяцый, якія звязаны з ключавымі прыкметамі руж. Унікальная экспансія ў сямействах генаў NAC і FAR1/FRS, хутчэй за ўсё, была звязана з устойлівасцю да чорнай плямістасці.
Параўнальны геномны аналіз паміж геномамі BT і haploOB.
Чжун, М. і інш. «Ружа без калючак: геномныя дадзеныя, звязаныя з адаптацыяй да вільгаці».Нацыянальны навуковы агляд, 2021;, nwab092.
