Параўнальная геноміка
Перавагі абслугоўвання
● Комплексны пакет аналізаў, які змяшчае восем найбольш часта неабходных аналізаў
● Высокая надзейнасць аналізу з падрабязнай і лёгка зразумелай інтэрпрэтацыяй вынікаў
● Добра прадуманыя лічбы, гатовыя да публікацыі
● Высокакваліфікаваная каманда па біяінфарматыцы выконвае разнастайныя персанальныя патрабаванні аналізу
● Больш кароткі час апрацоўкі з больш высокай дакладнасцю аналізу
● Багаты вопыт з больш чым 90 паспяховымі кейсамі з агульным апублікаваным імпакт-каэфіцыентам больш за 900
Спецыфікацыі абслугоўвання
| Разліковы час апрацоўкі | Колькасць відаў | Аналізы |
| 30 працоўных дзён | 6 - 12 | Кластарызацыя сямейства генаў Пашырэнне і скарачэнне сямейства генаў Пабудова філагенетычнага дрэва Ацэнка часу разыходжання (патрабуецца каліброўка Fossil) Час устаўкі LTR (для раслін) Дуплікацыя ўсяго геному (для раслін) Выбарчы ціск Сінтэнічны аналіз |
Біяінфарматычныя аналізы
● Сям'я ген
● Філагенетыка
● Час разыходжання
● Выбарчы ціск
● Сінтэнічны аналіз
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
Тканіна або ДНК для секвенирования і зборкі геному
Для тканіны
| Віды | тканіна | Апытанне | PacBio CCS |
| жывёла | Вісцаральная тканіна | 0,5 ~ 1г | ≥ 3,5 г |
| Цягліцавая тканіна | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мл | |||
| Кроў млекакормячых | |||
| ≥ 0,5 мл | |||
| Кроў птушкі/рыбы | |||
| Расліна | Свежы ліст | 1 ~ 2 г | ≥ 5,0 г |
| Пялёстак/сцябло | 1 ~ 2 г | ≥ 10,0 г | |
| Корань / насенне | 1 ~ 2 г | ≥ 20,0 г | |
| Клеткі | Культывуецца клетка | - | ≥ 1 х 108 |
даныя
Файлы паслядоўнасці геному (.fasta) і файлы анатацый (.gff3) блізкароднасных відаў
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
*Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных з дапамогай Biomarker Technologies
1. Ацэнка часу ўстаўкі LTR: малюнак паказвае унікальнае бімадальнае размеркаванне часу ўстаўкі LTR-RT у геноме жыта Вайнінг у параўнанні з іншымі відамі.Апошні пік з'явіўся каля 0,5 мільёна гадоў таму.
Лі Гуан і інш.Генетыка прыроды, 2021 год
2. Аналіз філагеніі і сямейства генаў чайота (Sechium edule): пры аналізе чайота і іншых 13 роднасных відаў у сямействе генаў было выяўлена, што чаёт найбольш цесна звязаны са змяіным гарбузом (Trichosanthes anguina).Чаёт, атрыманы са змяінай гарбузы, прыкладна 27-45 млн гадоў назад, і паўнавартаснае дубліраванне геному (WGD) назіралася ў чайота ў 25±4 мільёны гадоў, што з'яўляецца трэцяй падзеяй WGD у кукуібітавых.
Фу А і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
3. Аналіз сінтэзу: некаторыя гены, звязаныя з фітагармонамі ў развіцці пладоў, былі знойдзены ў чайоце, змяіным гарбузе і кабачках.Карэляцыя паміж чайот і кабачком крыху вышэй, чым паміж чайот і змяіным гарбузом.
Фу А і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
4.Аналіз сямейства генаў: узбагачэнне KEGG па пашырэнні і скарачэнні сямейства генаў у геномах G.thurberi і G.davidsonii паказала, што гены, звязаныя з біясінтэзам стэроідаў і брасінастэроідаў, былі пашыраны.
Ян З і інш.,BMC Біялогія, 2021 год
5. Аналіз дублявання ўсяго геному: аналіз размеркавання 4DTV і Ks паказаў падзею дублявання ўсяго геному.Пікі унутрывідавых паказваюць падзеі дубліравання.Пікі міжвідавых падзей відаўтварэння.Аналіз паказаў, што ў параўнанні з астатнімі трыма блізкімі відамі, O. europaea зусім нядаўна перажыў буйнамаштабнае дубляванне генаў.
Рао Г і інш.,Даследаванні садаводства, 2021 год
Справа БМК
Ружа без калючак: геномныя веды, звязаныя з адаптацыяй да вільготнасці
Апублікавана: Нацыянальны навуковы агляд, 2021 год
Стратэгія паслядоўнасці:
'У БасіБез шыпоў' (Р.Вічураінанскі) геном:
Прыбл.93 X PacBio + прыбл.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Асноўныя вынікі
1. Высакаякасны геном R.wichuraiana быў сканструяваны з выкарыстаннем метадаў секвеніравання доўгага чытання, якія даюць зборку ў 530,07 Мб (прыблізны памер геному быў прыблізна 525,9 Мб па дадзеных праточнай цытаметрыі і 525,5 па дадзеных абследавання геному; гетэразіготнасць была каля 1,03%).Ацэначны бал BUSCO склаў 93,9%.У параўнанні са «Старым румянцам» (haploOB), якасць і паўната гэтага геному была пацверджана базавай дакладнасцю з адной базай і індэксам зборкі LTR (LAI=20,03).Геном R.wichuraiana змяшчае 32 674 гена, якія кадуюць бялок.
2. Сумесны аналіз мульты-омікі, які складаецца з параўнальнай геномікі, транскрыптамікі, QTL-аналізу генетычнай папуляцыі, выявіў важнае відаўтварэнне паміж R. wichuraiana і Rosa chinensis.Акрамя таго, варыяцыі экспрэсіі роднасных генаў у QTL, верагодна, былі звязаны з узорам калючак сцябла.
Параўнальны аналіз геномікі паміж Basye;s Thornless і Rosa chinensis, уключаючы аналіз сінтэніі, кластар сямейства генаў, аналіз пашырэння і скарачэння, выявіў вялікую колькасць варыяцый, звязаных з важнымі прыкметамі руж.Унікальнае пашырэнне сямейства генаў NAC і FAR1/FRS, верагодна, было звязана з устойлівасцю да чорнай плямістасці.
Параўнальны геномны аналіз геномаў BT і haploOB.
Чжун, М., і інш.«Ружа без калючак: геномныя веды, звязаныя з адаптацыяй да вільготнасці»Нацыянальны навуковы агляд, 2021;, nwab092.
