Эвалюцыйная генетыка
Перавагі абслугоўвання
Такагі і інш.,Раслінны часопіс, 2013
● Ацэнка часу і хуткасці разыходжання відаў на аснове варыяцый на ўзроўні нуклеатыдаў і амінакіслот
● Выяўленне больш надзейнай філагенетычнай сувязі паміж відамі з мінімізацыяй уплыву канвергентнай эвалюцыі і паралельнай эвалюцыі
● Пабудова сувязяў паміж генетычнымі зменамі і фенатыпамі для выяўлення генаў, звязаных з прыкметамі
● Ацэнка генетычнай разнастайнасці, якая адлюстроўвае эвалюцыйны патэнцыял відаў
● Больш хуткі час выканання
● Шырокі вопыт: BMK назапасіла велізарны вопыт у папуляцыйных і эвалюцыйных праектах на працягу больш за 12 гадоў, якія ахопліваюць сотні відаў і г.д., і ўдзельнічала ў больш чым 80 праектах высокага ўзроўню, апублікаваных у Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal і г.д.
Спецыфікацыі абслугоўвання
матэрыялы:
Звычайна рэкамендуецца мінімум тры субпапуляцыі (напрыклад, падвіды або штамы).Кожная субпапуляцыя павінна ўтрымліваць не менш за 10 асобін (Расліны >15, можна паменшыць для рэдкіх відаў).
Стратэгія паслядоўнасці:
* WGS можна выкарыстоўваць для відаў з высакаякасным эталонным геномам, у той час як SLAF-Seq прымяняецца да відаў з эталонным геномам або без яго, або да эталоннага генома нізкай якасці.
| Дастасавальна да памеру геному | WGS | SLAF-тэгі (×10 000) |
| ≤ 500 Мб | 10×/асоб | Больш рэкамендуецца WGS |
| 500 Мб - 1 Гб | 10 | |
| 1 Гб - 2 Гб | 20 | |
| ≥2 Гб | 30 |
Біяінфарматычныя аналізы
● Эвалюцыйны аналіз
● Выбарачная разгортка
● Паток генаў
● Дэмаграфічная гісторыя
● Час разыходжання
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
| Віды | тканіна | WGS-NGS | СЛАФ |
| жывёла
| Вісцаральная тканіна |
0,5~1г
|
0,5г
|
| Цягліцавая тканіна | |||
| Кроў млекакормячых | 1,5 мл
| 1,5 мл
| |
| Кроў птушкі/рыбы | |||
| Расліна
| Свежы ліст | 1~2г | 0,5~1г |
| Пялёстак/сцябло | |||
| Корань / насенне | |||
| Клеткі | Культывуецца клетка |
| гДНК | Канцэнтрацыя | Сума (уг) | OD260/OD280 |
| СЛАФ | ≥35 | ≥1,6 | 1,6-2,5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0,1 | - |
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
*Дэманстрацыйныя вынікі, паказаныя тут, усе з геномаў, апублікаваных у BMKGENE
1.Аналіз эвалюцыі змяшчае пабудову філагенетычнага дрэва, структуры насельніцтва і PCA на аснове генетычных варыяцый.
Філагенетычнае дрэва адлюстроўвае таксанамічныя і эвалюцыйныя адносіны паміж відамі з агульным продкам.
PCA накіраваны на візуалізацыю блізкасці паміж субпапуляцыямі.
Структура папуляцыі паказвае наяўнасць генетычна адрознай субпапуляцыі з пункту гледжання частот алеляў.
Чэнь і інш.інш.,PNAS, 2020 год
2.Выбарачная разгортка
Выбарачная разгортка адносіцца да працэсу, з дапамогай якога выбіраецца выгадны сайт і павялічваецца частата звязаных нейтральных сайтаў, а частата не звязаных сайтаў памяншаецца, што прыводзіць да зніжэння рэгіянальных.
Агульнагеномнае выяўленне на выбарачных участках разгорткі апрацоўваецца шляхам разліку папуляцыйнага генетычнага індэкса (π, Fst, D Тадзімы) усіх SNP у слізгальным акне (100 Кб) на пэўным кроку (10 Кб).
Разнастайнасць нуклеатыдаў (π)
Тадзіма Д
Індэкс фіксацыі (Fst)
Ву і інш.інш.,Малекулярны завод, 2018 год
3.Gene Flow
Ву і інш.інш.,Малекулярны завод, 2018 год
4.Дэмаграфічная гісторыя
Чжан і інш.інш.,Экалогія прыроды і эвалюцыя, 2021 год
5.Разыходжанне часу
Чжан і інш.інш.,Экалогія прыроды і эвалюцыя, 2021 год
Справа БМК
Карта геномных варыяцый дазваляе даведацца пра генетычную аснову селекцыі вясновай кітайскай капусты (Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Апублікавана: Малекулярны завод, 2018 год
Стратэгія паслядоўнасці:
Паўторная паслядоўнасць: глыбіня паслядоўнасці: 10×
Асноўныя вынікі
У гэтым даследаванні 194 кітайскія капусты былі апрацаваны для паўторнага секвеніравання з сярэдняй глыбінёй 10×, што дало 1 208 499 SNP і 416 070 InDels.Філагенетычны аналіз гэтых 194 ліній паказаў, што гэтыя лініі можна падзяліць на тры экатыпы: вясновы, летні і восеньскі.Акрамя таго, структура папуляцыі і аналіз PCA паказалі, што вясновая кітайская капуста паходзіць ад восеньскай капусты ў Шаньдуне, Кітай.Пазней яны былі завезены ў Карэю і Японію, скрыжаваныя з мясцовымі лініямі, а некаторыя іх познія разнавіднасці былі завезены ў Кітай і, нарэшце, сталі вясновай кітайскай капустай.
Паўнагеномнае сканаванне вясновай кітайскай капусты і восеньскай капусты пры адборы выявіла 23 геномных локуса, якія прайшлі праз цвёрды адбор, два з якіх перакрываліся з кантралюючай вобласцю часу злучэння на аснове QTL-карціравання.Было ўстаноўлена, што гэтыя два рэгіёны ўтрымліваюць ключавыя гены, якія рэгулююць красаванне, BrVIN3.1 і BrFLC1.Даследаванне транскрыптама і трансгенныя эксперыменты пацвердзілі, што гэтыя два гены ўдзельнічаюць у часе вылучэння.
 Аналіз структуры папуляцыі кітайскай капусты |  Генетычная інфармацыя па селекцыі пекінскай капусты |
Тунбін і інш.«Карта геномных варыяцый дазваляе даведацца пра генетычную аснову селекцыі вясновай кітайскай капусты (Brassica rapa ssp.pekinensis).»Малекулярныя расліны,11 (2018): 1360-1376.
