Эвалюцыйная генетыка
Перавагі абслугоўвання
Такагі і інш.,Часопіс раслін, 2013 г.
●Комплексны біяінфарматычны аналіз:што дазваляе ацаніць генетычную разнастайнасць, якая адлюстроўвае эвалюцыйны патэнцыял відаў, і выявіць надзейную філагенетычную сувязь паміж відамі з мінімізаваным уплывам канвергентнай эвалюцыі і паралельнай эвалюцыі
●Дадатковы індывідуальны аналіз: напрыклад, ацэнка часу і хуткасці дывергенцыі на аснове варыяцый на ўзроўні нуклеатыдаў і амінакіслот.
●Шырокі вопыт і публікацыйныя запісыBMKGene на працягу больш чым 15 гадоў назапашвае велізарны вопыт у праектах папуляцыйнай і эвалюцыйнай генетыкі, якія ахопліваюць тысячы відаў і г.д., і ўносіць свой уклад у больш чым 1000 праектаў высокага ўзроўню, апублікаваных у Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal і г.д.
● Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкаў і кароткі цыкл аналізуМаючы вялікі вопыт у перадавым геномным аналізе, каманда BMKGene праводзіць комплексныя аналізы ў кароткія тэрміны.
● Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі і патрабаванні да паслуг
| Тып секвенавання | Рэкамендаваны маштаб папуляцыі | Стратэгія секвенавання | Патрабаванні да нуклеатыдаў |
| Секвенаванне ўсяго геному | ≥ 30 асобін, па ≥ 10 асобін з кожнай падгрупы
| 10x | Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 30 нг Абмежаваная або адсутная дэградацыя або забруджванне |
| Ампліфікаваны фрагмент спецыфічнага локуса (SLAF) | Глыбіня тэга: 10x Колькасць тэгаў: <400 Мб: рэкамендуецца WGS <1 Гб: 100 тыс. тэгаў 1 Гб >2 Гб: 300 тыс. тэгаў Максімум 500 тыс. тэгаў | Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 80 нг Нанакропля OD260/280=1,6-2,5 Агарозны гель: адсутнасць або абмежаваная дэградацыя або забруджванне
|
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Паслуга ўключае аналіз структуры папуляцыі (філагенетычнае дрэва, PCA, дыяграма стратыфікацыі папуляцыі), разнастайнасці папуляцыі і адбору папуляцыі (парушэнне раўнавагі звязвання, селектыўны адбор выгадных месцаў). Паслуга таксама можа ўключаць індывідуальны аналіз (напрыклад, час дывергенцыі, паток генаў).
*Вынікі дэманстрацыі, паказаныя тут, атрыманы з геномаў, апублікаваных з дапамогай BMKGENE
1. Эвалюцыйны аналіз уключае пабудову філагенетычнага дрэва, структуры папуляцыі і PCA на аснове генетычных варыяцый.
Філагенетычнае дрэва адлюстроўвае таксанамічныя і эвалюцыйныя сувязі паміж відамі, якія маюць агульнага продка.
PCA імкнецца візуалізаваць блізкасць паміж падгрупамі насельніцтва.
Структура папуляцыі паказвае наяўнасць генетычна адрозных падпапуляцый з пункту гледжання частаты алеляў.
Чэнь і інш.,ПНАС, 2020
2. Выбарачная разгортка
Выбарачны агляд — гэта працэс, пры якім выбіраецца выгадны сайт, і частата звязаных нейтральных сайтаў павялічваецца, а частата незвязаных сайтаў памяншаецца, што прыводзіць да памяншэння рэгіянальнасці.
Выяўленне геному ў селектыўных абласцях сканавання ажыццяўляецца шляхам разліку папуляцыйнага генетычнага індэкса (π, Fst, D Таджымы) усіх SNP у межах слізгальнага акна (100 Кб) на пэўным кроку (10 Кб).
Нуклеатыдная разнастайнасць (π)
Таджымы D
Індэкс фіксацыі (Fst)
Ву і інш.Малекулярны завод, 2018 г.
3. Паток генаў
Ву і інш.Малекулярны завод, 2018 г.
4. Дэмаграфічная гісторыя
Чжан і інш.Экалогія і эвалюцыя прыроды, 2021 г.
5. Час дывергенцыі
Чжан і інш.Экалогія і эвалюцыя прыроды, 2021 г.
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы эвалюцыйна-генетычным паслугам BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый:
Хасаньяр, А.К. і інш. (2023) «Адкрыццё малекулярных маркераў SNP і генаў-кандыдатаў, звязаных з устойлівасцю да віруса мяшковага расплоду, у лічынак Apis cerana cerana шляхам паўторнага секвенавання ўсяго геному».Міжнародны часопіс малекулярных навук, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чай, Дж. і інш. (2022) «Адкрыццё дзікай, генетычна чыстай кітайскай гіганцкай саламандры стварае новыя магчымасці для захавання прыроды».Заалагічныя даследаванні, 2022, т. 43, выпуск 3, старонкі: 469-480, 43(3), с. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. і інш. (2022) «Філагеаграфічная карціна і гісторыя эвалюцыі папуляцыі карэннага Elymus sibiricus L. на Цынхай-Тыбецкім нагор'і»,Перадгісторыя ў расліназнаўстве, 13, с. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Ван, Дж. і інш. (2022) «Геномныя дадзеныя аб эвалюцыі лонганаў з храмасомнай зборкі геному і папуляцыйнай геномікі асобін лонганаў»,Даследаванні ў галіне садаводства, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
