Аналіз асацыяцый па ўсім геноме
Працоўны працэс
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопыт і публікацыйныя запісыМаючы назапашаны вопыт у галіне GWAS, BMKGene завяршыў сотні відавых праектаў у галіне папуляцыйных GWAS даследаванняў, дапамог даследчыкам апублікаваць больш за 100 артыкулаў, а сукупны імпакт-фактар дасягнуў 500.
● Комплексны біяінфарматычны аналіз: працоўны працэс уключае аналіз асацыяцыі SNP-прыкмет, прадастаўленне набору генаў-кандыдатаў і іх адпаведнай функцыянальнай анатацыі.
●Высокакваліфікаваная каманда біяінфарматыкаў і кароткі цыкл аналізуМаючы вялікі вопыт у перадавым геномным аналізе, каманда BMKGene праводзіць комплексныя аналізы ў кароткія тэрміны.
●Пасляпродажная падтрымка:Нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Спецыфікацыі і патрабаванні да паслуг
| Тып секвенавання | Рэкамендаваны маштаб папуляцыі | Стратэгія секвенавання | Патрабаванні да нуклеатыдаў |
| Секвенаванне ўсяго геному | 200 узораў | 10x | Канцэнтрацыя: ≥ 1 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 30 нг Абмежаваная або адсутная дэградацыя або забруджванне |
| Ампліфікаваны фрагмент спецыфічнага локуса (SLAF) | Глыбіня тэга: 10x Колькасць тэгаў: < 400 Мб: рэкамендуецца WGS < 1 Гб: 100 тыс. тэгаў 1 Гб > 2 Гб: 300 тыс. тэгаў Максімум 500 тыс. тэгаў | Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл Агульная колькасць ≥ 80 нг Нанакропля OD260/280=1,6-2,5 Агарозны гель: адсутнасць або абмежаваная дэградацыя або забруджванне
|
Выбар матэрыялу
Розныя гатункі, падвіды, мясцовасці/генныя банкі/змешаныя сямействы/дзікія рэсурсы
Розныя гатункі, падвіды, мясцовыя гатункі
Сямейства паўсібсаў/сямейства поўнасібсаў/дзікія рэсурсы
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
- Аналіз асацыяцый па ўсім геноме: мадэлі LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Функцыянальная анатацыя генаў-кандыдатаў
Аналіз асацыяцыі SNP-рысы – Манхэтэнскі графік
Аналіз асацыяцыі SNP-прыкметы – QQ-графік
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам GWAS ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый:
Лв, Л. і інш. (2023) «Разуменне генетычных асноў талерантнасці да аміяку ў малюскаў-брытваў Sinonovacula constricta з дапамогай даследавання асацыяцый па ўсім геноме»,Аквакультура, 569, с. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Лі, Х. і інш. (2022) «Мультыомічны аналіз 398 узораў проса лісінага хваста выяўляе геномныя вобласці, звязаныя з дамасацыяй, метабалітнымі характарыстыкамі і супрацьзапаленчымі эфектамі».Малекулярны завод, 15 (8), стар. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Лі, Дж. і інш. (2022) «Картаванне асацыяцый па ўсім геноме фенатыпаў Халлес Барэлі ў засухавым асяроддзі»,Перадгісторыя ў расліназнаўстве, 13, с. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. і інш. (2021) «GmST1, які кадуе сульфатрансферазу, надае ўстойлівасць да штамаў віруса мазаікі соі G2 і G3».Расліна, клетка і навакольнае асяроддзе, 44 (8), стар. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
