мРНК-секвенаванне (NGS) з эталонным геномам
RNA-seq — гэта стандартны інструмент у навуках аб жыцці і сельскагаспадарчых культурах, які пераадольвае разрыў паміж геномамі і пратэомамі. Яго моцны бок заключаецца ў выяўленні новых транскрыптаў і колькаснай ацэнцы іх экспрэсіі ў адным аналізе. Ён шырока выкарыстоўваецца для параўнальных транскрыптомных даследаванняў, якія праліваюць святло на гены, звязаныя з рознымі прыкметамі або фенатыпамі, напрыклад, для параўнання мутантаў з дзікімі тыпамі або выяўлення экспрэсіі генаў у пэўных умовах. Праграма BMKCloud mRNA(Reference) інтэгруе колькасную ацэнку экспрэсіі, дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі (DEG) і аналіз структуры паслядоўнасці ў біяінфарматычны канвеер mRNA-seq (NGS) і аб'ядноўвае моцныя бакі падобнага праграмнага забеспячэння, забяспечваючы зручнасць і зручнасць выкарыстання. Карыстальнікі могуць загружаць свае дадзеныя RNA-seq у воблака, дзе праграма прапануе комплекснае рашэнне для біяінфарматычнага аналізу ў адным месцы. Акрамя таго, яна надае прыярытэт абслугоўванню кліентаў, прапаноўваючы персаналізаваныя аперацыі, адаптаваныя да канкрэтных патрэб карыстальнікаў. Карыстальнікі могуць самастойна ўстанаўліваць параметры і адпраўляць заданне канвеера, праглядаць інтэрактыўную справаздачу, праглядаць дадзеныя/дыяграмы і выконваць аналіз дадзеных, напрыклад: выбар мэтавых генаў, функцыянальная кластарызацыя, пабудова дыяграм і г.д.
Платформа:Ілюміна, МГІ
Стратэгія:РНК-секвенаванне
Макет: Спарныя, чыстыя дадзеныя.
Тып бібліятэкі:fr-незавязаная нітка, fr-першая нітка або fr-другая нітка
Даўжыня чытання:150 пар асноў
Тып файла:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz або *.fq.gz. Сістэма будзеаўтаматычна спалучаць файлы .fastq у адпаведнасці з іх імёнамі,напрыклад, *_1.fastq у пары з *._2.fastq.
Колькасць узораў:Няма абмежаванняў на колькасцьузораў, але час аналізу будзе павялічвацца па меры павелічэння колькасціузоры растуць.
Рэкамендаваны аб'ём дадзеных:6 Г на ўзор
