-
PacBio-Поўнаметражнае секвенаванне ампліконаў 16S/18S/ITS
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) распрацавана з выкарыстаннем шматгадовага вопыту ў аналізе праектаў мікробнай разнастайнасці і ўключае стандартызаваны базавы аналіз і персаналізаваны аналіз: базавы аналіз ахоплівае асноўны змест аналізу сучасных мікробных даследаванняў, змест аналізу багаты і ўсебаковы, а вынікі аналізу прадстаўлены ў выглядзе справаздач па праектах; змест персаналізаванага аналізу разнастайны. Узоры можна выбіраць, а параметры можна гнутка ўсталёўваць у залежнасці ад справаздачы па базавым аналізе і мэты даследавання, каб рэалізаваць персаналізаваныя патрабаванні. Аперацыйная сістэма Windows, простая і хуткая.
-
PacBio-поўнапамерны транскрыптом (без спасылкі)
Выкарыстоўваючы дадзеныя ізаформнага секвенавання Pacific Biosciences (PacBio) у якасці ўваходных дадзеных, гэта дадатак здольна ідэнтыфікаваць паўнавартасныя паслядоўнасці транскрыптаў (без зборкі). Шляхам супастаўлення паўнавартасных паслядоўнасцей з эталонным геномам, транскрыпты можна аптымізаваць па вядомых генах, транскрыптах, кадуючых рэгіёнах і г.д. У гэтым выпадку можна дасягнуць больш дакладнай ідэнтыфікацыі структур мРНК, такіх як альтэрнатыўны сплайсінг і г.д. Сумесны аналіз з дадзенымі секвенавання транскрыптома NGS дазваляе атрымаць больш поўную анатацыю і больш дакладную колькасную ацэнку экспрэсіі на ўзроўні транскрыптаў, што ў значнай ступені спрыяе далейшаму дыферэнцыяльнаму экспрэсіі і функцыянальнаму аналізу.
-
Наборы інструментаў
BMKCloud — гэта вядучая біяінфарматычная платформа, якая забяспечвае комплекснае рашэнне для геномных праграм і карыстаецца шырокім даверам даследчыкаў у розных сферах, у тым ліку ў медыцыне, сельскай гаспадарцы, навакольным асяроддзі і г.д. BMKCloud імкнецца прадастаўляць інтэграваныя, надзейныя і эфектыўныя паслугі, у тым ліку платформы і інструменты біяінфарматычнага аналізу, вылічальныя рэсурсы, публічныя базы дадзеных, анлайн-курсы па біяінфарматыцы і г.д. BMKCloud мае розныя часта выкарыстоўваныя біяінфарматычныя інструменты, у тым ліку анатацыю генаў, інструменты эвалюцыйнай генетыкі, некантРНК, кантроль якасці дадзеных, зборку, выраўноўванне, здабыванне дадзеных, мутацыі, статыстыку, генератар фігур, аналіз паслядоўнасцей і г.д.
-
Малая РНК
Малыя РНК — гэта тып кароткіх некадзіруючых РНК са сярэдняй даўжынёй 18-30 нуклеатыдаў, у тым ліку міРНК, сіРНК і піРНК. Паводле шматлікіх паведамленняў, гэтыя малыя РНК удзельнічаюць у розных біялагічных працэсах, такіх як дэградацыя мРНК, інгібіраванне трансляцыі, утварэнне гетэрахрамаціну і г.д. Аналіз секвенавання малых РНК шырока ўжываецца ў даследаваннях развіцця жывёл/раслін, хвароб, вірусаў і г.д. Платформа аналізу секвенавання малых РНК складаецца са стандартнага аналізу і пашыранага аналізу дадзеных. На аснове дадзеных РНК-секвенавання стандартны аналіз можа дасягнуць ідэнтыфікацыі і прагназавання міРНК, прагназавання мэтавых генаў міРНК, анатацыі і аналізу экспрэсіі. Пашыраны аналіз дазваляе індывідуальны пошук і экстракцыю міРНК, генерацыю дыяграм Вена, пабудову сеткі міРНК і мэтавых генаў.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS — гэта платформа для аналізу паўторнага секвенавання ўсяго геному, распрацаваная на аснове багатага вопыту ў галіне тэхналогій біямаркераў. Гэтая простая ў выкарыстанні платформа дазваляе хутка адправіць інтэграваны працоўны працэс аналізу, проста задаўшы некалькі асноўных параметраў, якія падыходзяць для дадзеных секвенавання ДНК, атрыманых як з платформы Illumina, так і з платформы секвенавання BGI. Гэтая платформа разгорнута на высокапрадукцыйным вылічальным серверы, што дазваляе праводзіць высокаэфектыўны аналіз дадзеных за вельмі абмежаваны час. Персаналізаваны аналіз дадзеных даступны на аснове стандартнага аналізу, у тым ліку запыт на мутаваныя гены, распрацоўку праймераў для ПЦР і г.д.
-
мРНК (спасылка)
Транскрыптом — гэта сувязное звяно паміж геномнай генетычнай інфармацыяй і пратэомам біялагічнай функцыі. Рэгуляцыя на ўзроўні транскрыпцыі — найважнейшы і найбольш шырока вывучаны спосаб рэгуляцыі арганізмаў. Секвенаванне транскрыптомаў дазваляе секвенаваць транскрыптомы ў любы момант часу або пры любых умовах з дазволам, дакладным да аднаго нуклеатыда. Яно можа дынамічна адлюстроўваць узровень транскрыпцыі генаў, адначасова ідэнтыфікаваць і колькасна вызначаць рэдкія і нармальныя транскрыпты, а таксама прадастаўляць структурную інфармацыю аб транскрыптах, спецыфічных для ўзораў.
У цяперашні час тэхналогія секвенавання транскрыптомаў шырока выкарыстоўваецца ў аграноміі, медыцыне і іншых галінах даследаванняў, у тым ліку ў рэгуляцыі развіцця жывёл і раслін, адаптацыі да навакольнага асяроддзя, імунным узаемадзеянні, лакалізацыі генаў, генетычнай эвалюцыі відаў і выяўленні пухлін і генетычных захворванняў.
-
Метагеноміка (NGS)
Гэтая аналітычная платформа распрацавана для аналізу метагеномных дадзеных на аснове шматгадовага вопыту. Яна ўключае ў сябе інтэграваны працоўны працэс, які ўключае розныя часта неабходныя метагеномныя аналізы, у тым ліку апрацоўку дадзеных, даследаванні на ўзроўні відаў, даследаванні на ўзроўні функцый генаў, метагеномны бінінг і г.д. Акрамя таго, у стандартным працоўным працэсе аналізу даступныя індывідуальныя інструменты здабывання дадзеных, у тым ліку запыты генаў і відаў, налада параметраў, генерацыя персаналізаваных фігур і г.д.
-
ДнкРНК
Доўгія некадзіруючыя РНК (днРНК) — гэта тып транскрыптаў даўжынёй больш за 200 нт, якія не здольныя кадаваць бялкі. Назапашаныя дадзеныя сведчаць аб тым, што большасць днРНК, хутчэй за ўсё, функцыянальныя. Высокапрадукцыйныя тэхналогіі секвенавання і біяінфарматычныя інструменты аналізу дазваляюць нам больш эфектыўна выяўляць паслядоўнасці днРНК і інфармацыю аб пазіцыянаванні, а таксама дапамагаюць нам адкрываць днРНК з важнымі рэгуляторнымі функцыямі. BMKCloud з гонарам прапануе сваім кліентам платформу для аналізу секвенавання днРНК, каб дасягнуць хуткага, надзейнага і гнуткага аналізу днРНК.
-
ГВАС
Даследаванне асацыяцый па ўсім геноме (GWAS) накіравана на выяўленне генетычных варыянтаў (генатыпаў), якія асацыююцца са спецыфічнымі прыкметамі (фенатыпамі). Даследаванні GWA даследуюць генетычныя маркеры па ўсім геноме вялікай колькасці асобін і прагназуюць асацыяцыі генатыпаў і фенатыпаў шляхам статыстычнага аналізу на ўзроўні папуляцыі. Рэсеквенаванне ўсяго геному патэнцыйна можа выявіць усе генетычныя варыянты. У спалучэнні з фенатыпічнымі дадзенымі GWAS можа быць апрацавана для ідэнтыфікацыі SNP, QTL і генаў-кандыдатаў, звязаных з фенатыпам, што моцна падтрымлівае сучасную селекцыю жывёл/раслін. SLAF - гэта самастойна распрацаваная спрошчаная стратэгія секвенавання геному, якая выяўляе размеркаваныя па ўсім геноме маркеры, SNP. Гэтыя SNP, як малекулярна-генетычныя маркеры, могуць быць апрацаваны для даследаванняў асацыяцый з мэтавымі прыкметамі. Гэта эканамічна эфектыўная стратэгія ў выяўленні складаных прыкмет, звязаных з генетычнымі варыяцыямі.
-
Нанапорная поўнапамерная транскрыптоміка
Складаныя і зменлівыя альтэрнатыўныя ізаформы ў арганізмах з'яўляюцца важнымі генетычнымі механізмамі рэгуляцыі экспрэсіі генаў і разнастайнасці бялкоў. Дакладная ідэнтыфікацыя структур транскрыптаў з'яўляецца асновай для паглыбленага вывучэння заканамернасцей рэгуляцыі экспрэсіі генаў. Платформа секвенавання Nanopore паспяхова вывела транскрыптомныя даследаванні на ўзровень ізаформ. Гэтая аналітычная платформа прызначана для аналізу дадзеных RNA-Seq, атрыманых на платформе Nanopore на аснове эталоннага геному, што дазваляе праводзіць якасны і колькасны аналіз як на ўзроўні генаў, так і на ўзроўні транскрыптаў.
-
цыркулярная РНК
Кальцавая РНК (circRNA) — гэта тып некадзіруючай РНК, якая, як нядаўна было выяўлена, адыгрывае жыццёва важную ролю ў рэгуляторных сетках, якія ўдзельнічаюць у развіцці, устойлівасці да ўздзеяння навакольнага асяроддзя і г.д. У адрозненне ад лінейных малекул РНК, такіх як мРНК, доўгая некантралюючая РНК, 3′- і 5′-канцы circRNA злучаны разам, утвараючы кальцавую структуру, што абараняе іх ад пераварвання экзонуклеазай і з'яўляецца больш стабільнай, чым большасць лінейных РНК. Было выяўлена, што circRNA мае розныя функцыі ў рэгуляцыі экспрэсіі генаў. CircRNA можа выконваць ролю цэРНК, якая канкурэнтна звязваецца з міРНК, вядомай як губка міРНК. Платформа аналізу секвенавання circRNA дазваляе аналізаваць структуру і экспрэсію circRNA, прагназаваць мішэні і праводзіць сумесны аналіз з іншымі тыпамі малекул РНК.
-
БСА
Платформа для масавага сегрэгантнага аналізу складаецца з аднаэтапнага стандартнага аналізу і пашыранага аналізу з індывідуальнай наладай параметраў. BSA - гэта метад, які выкарыстоўваецца для хуткай ідэнтыфікацыі генетычных маркераў, звязаных з фенатыпам. Асноўны працоўны працэс BSA ўключае: 1. выбар дзвюх груп асобін з надзвычай супрацьлеглымі фенатыпамі; 2. аб'яднанне ДНК, РНК або SLAF-секвенавання (распрацавана Biomarker) усіх асобін для фарміравання двух груп ДНК; 3. ідэнтыфікацыю дыферэнцыяльных паслядоўнасцей у параўнанні з эталонным геномам або паміж імі, 4. прагназаванне кандыдатных звязаных рэгіёнаў з дапамогай алгарытму ED і SNP-індэксу; 5. Функцыянальны аналіз і ўзбагачэнне генаў у кандыдатных рэгіёнах і г.д. Таксама даступныя больш паглыбленыя метады здабывання дадзеных, у тым ліку скрынінг генетычных маркераў і распрацоўка праймераў.
-
Амплікон (16S/18S/ITS)
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) распрацавана з выкарыстаннем шматгадовага вопыту ў аналізе праектаў мікробнай разнастайнасці і ўключае стандартызаваны базавы аналіз і персаналізаваны аналіз: базавы аналіз ахоплівае асноўны змест аналізу сучасных мікробных даследаванняў, змест аналізу багаты і ўсебаковы, а вынікі аналізу прадстаўлены ў выглядзе справаздач па праектах; змест персаналізаванага аналізу разнастайны. Узоры можна выбіраць, а параметры можна гнутка ўсталёўваць у залежнасці ад справаздачы па базавым аналізе і мэты даследавання, каб рэалізаваць персаналізаваныя патрабаванні. Аперацыйная сістэма Windows, простая і хуткая.
