Поўнае секвенаванне мРНК - нанапоры
Асаблівасці
● Захоп полі-А мРНК з наступным сінтэзам кДНК і падрыхтоўкай бібліятэкі
● Паслядоўнасць поўных транскрыптаў
● Біяінфарматычны аналіз, заснаваны на выраўноўванні з эталонным геномам
● Біяінфарматычны аналіз уключае не толькі экспрэсію на ўзроўні генаў і ізаформ, але і аналіз даўжэйшай неаднароднай РНК (lncRNA), зліцця генаў, поліадэнілявання і структуры генаў
Перавагі абслугоўвання
●Колькасная ацэнка экспрэсіі на ўзроўні ізаформ: дазваляе праводзіць падрабязны і дакладны аналіз экспрэсіі, выяўляючы змены, якія могуць быць замаскіраваны пры аналізе ўсёй экспрэсіі генаў
●Зніжэнне патрабаванняў да дадзеных:У параўнанні з секвенаваннем наступнага пакалення (NGS), секвенаванне з нанапорамі патрабуе менш дадзеных, што дазваляе дасягнуць эквівалентных узроўняў насычэння колькаснай экспрэсіі генаў з меншым аб'ёмам дадзеных.
●Больш высокая дакладнасць колькаснага вызначэння экспрэсііяк на ўзроўні генаў, так і на ўзроўні ізаформ
●Ідэнтыфікацыя дадатковай транскрыптомнай інфармацыіальтэрнатыўнае поліадэніляванне, гены зліцця і дцРНК і іх гены-мішэні
●Шырокі вопытНаша каманда мае багаты вопыт у кожным праекце, выканаўшы больш за 850 праектаў з транскрыптомамі поўнай даўжыні Nanopore і апрацаваўшы больш за 8000 узораў.
●Пасляпродажная падтрымкаНашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд абслугоўвання. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| Узбагачаны полі А | Нанапоры PromethION 48 | 6/12 Гб | Сярэдні бал якасці: Q10 |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | Для раслін: RIN≥7,0; Для жывёл: RIN ≥ 7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Ліст або насенне: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 300 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 450 мг
Косці, валасы або скура: 1 г
● Членістаногія:
Насякомыя: 6 г
Ракападобныя: 300 мг
● Цэльная кроў1 трубка
● Клеткі: 106 клеткі
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Нуклеатыды:
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Працоўны працэс абслугоўвання
Тканіна:
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
● Апрацоўка неапрацаваных дадзеных
● Ідэнтыфікацыя транскрыпцыі
● Альтэрнатыўнае сплайсаванне
● Колькасная ацэнка экспрэсіі на ўзроўні генаў і ізаформ
● Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі
● Анатацыя і ўзбагачэнне функцый (DEG і DET)
Альтэрнатыўны аналіз сплайсінгу
Альтэрнатыўны аналіз поліадэнілавання (APA)
Прагназаванне днРНК
Анатацыя новых генаў
Кластэрызацыя DET
Бялкова-бялковыя сеткі ў дыферэнцыяльна размежаваных эквівалентах (DEG)
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам поўнапамернага секвенавання мРНК Nanopore ад BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Gong, B. і інш. (2023) «Эпігенетычная і транскрыпцыйная актывацыя сакрэторнай кіназы FAM20C як анкагена ў гліёме», Journal of Genetics and Genomics, 50(6), сс. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) «Поўнае транскрыптомнае секвенаванне лімфацытаў, якія рэагуюць на IFN-γ, выяўляе імунны адказ з скажэннем Th1 у камбалы (Paralichthys olivaceus)», Fish & Shellfish Immunology, 134, с. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. і інш. (2023) «Параўнальны аналіз метадаў секвенавання РНК PacBio і ONT для ідэнтыфікацыі яду Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), с. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. і інш. (2023) «Нана-секвенцыйны аналіз выяўляе розную функцыянальную тэндэнцыю паміж экзасомамі і мікравезікуламі, атрыманымі з hUMSC», Stem Cell Research and Therapy, 14(1), сс. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
