page_head_bg

Прадукты

Поўнапамернае секвенаванне мРНК-Nanopore

Секвенаванне РНК было неацэнным інструментам для ўсебаковага аналізу транскрыптам.Безумоўна, традыцыйная паслядоўнасць кароткага чытання дасягнула тут шматлікіх важных падзей.Тым не менш, ён часта сутыкаецца з абмежаваннямі ў ідэнтыфікацыі поўнаметражных изоформ, колькасным вызначэнні, зрушэнні ПЦР.

Секвенаванне нанапор адрознівае сябе ад іншых платформ секвеніравання тым, што нуклеатыды счытваюцца непасрэдна без сінтэзу ДНК і генеруе доўгае чытанне ў дзясятках кілабазаў.Гэта дае магчымасць непасрэднага счытвання скрыжавання поўнаметражных стэнаграм і вырашэння праблем у даследаваннях на ўзроўні ізаформ.

Платформа:Nanopore PromethION

Бібліятэка:кДНК-ПЦР


Падрабязнасці аб абслугоўванні

Дэма-вынікі

Практычны прыклад

Перавагі сэрвісу

ØНізкая паслядоўнасць зрушэння

ØВыяўленне поўнаметражных малекул кДНК

ØДля ахопу такой жа колькасці транскрыптаў патрабуецца менш дадзеных

ØІдэнтыфікацыя некалькіх ізаформ на ген

ØКолькаснае вызначэнне экспрэсіі на ўзроўні ізаформы

Тэхнічныя характарыстыкі паслуг

Бібліятэка

Платформа

Рэкамендуемы аб'ём даных (Гб)

Кантроль якасці

кДНК-ПЦР (узбагачаны полі-А)

Nanopore PromethION P48

4 Гб/узор (у залежнасці ад выгляду)

Каэфіцыент поўнай даўжыні>70%

Сярэдні бал якасці: Q10

 

Біяінфарматычныя аналізы

ü Апрацоўка сырых даных

üІдэнтыфікацыя расшыфроўкі

üАльтэрнатыўнае зрошчванне

üКолькаснае вызначэнне экспрэсіі на ўзроўні генаў і на ўзроўні ізаформы

üДыферэнцыяльны аналіз выразаў

üАнатацыя і ўзбагачэнне функцый (DEG і DET)

 

2(1)

Узоры патрабаванняў і дастаўкі

Прыкладныя патрабаванні:

Нуклеатыды:  

Чысціня Цэласнасць Сума
OD260/280≥1,8;OD260/230≥1,0;Ясны пік пры 260 нм. Абмежаванае або адсутнасць забруджвання бялку або ДНК на гелі. Для раслін: RIN≥7,5;Для жывёл: RIN≥8;28S/18S≥1,0;абмежаваны або зусім адсутнічае вышыня зыходнай лініі Канц.≥40 НГ/мкл;Усяго ≥ 1 мкг

Тканіна: Вага (сухі): ≥1 г

*Для тканіны менш за 5 мг мы рэкамендуем адправіць флэш-замарожаную (у вадкім азоте) узор тканіны.

Завісь клетак: колькасць клетак = 3×106- 1×107

*Мы рэкамендуем адпраўляць замарожаныя лізат клетак.У выпадку, калі колькасць ячэйкі менш за 5×105, рэкамендуецца хуткае замарожванне ў вадкім азоте, што з'яўляецца пераважнай для мікраэкстракцыі.

Узоры крыві: аб'ём≥1 мл

Рэкамендуемая дастаўка ўзору

Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка 2 мл (фальга не рэкамендуецца)

Маркіроўка ўзору: група+рэплік, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Перасылка: 1. Сухі лёд: узоры неабходна спакаваць у мяшкі і закапаць у сухі лёд.

  1. РНК-стабільныя прабіркі: ўзоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.

 

Праца абслугоўвання

logo_02

Дастаўка ўзору

logo_04

Будаўніцтва бібліятэкі

logo_05

Секвенаванне

logo_06

Аналіз даных

logo_07

Пасляпродажныя паслугі

Праца абслугоўвання

logo_01

Дызайн эксперыменту

logo_02

Дастаўка ўзору

logo_03

Вылучэнне РНК

logo_04

Будаўніцтва бібліятэкі

logo_05

Секвенаванне

logo_06

Аналіз даных

logo_07

Пасляпродажныя паслугі


  • Папярэдні:
  • Далей:

  • 1.Дыферэнцыяльны аналіз выразаў -Вулкан сюжэт

    Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі можа быць апрацаваны як на ўзроўні генаў, каб ідэнтыфікаваць дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены (DEG), так і на ўзроўні ізаформы, каб ідэнтыфікаваць дыферэнцыяльна

     3(1)

    выражаныя стэнаграмы (DETs) 

    2.Цеплавая карта іерархічнай кластарызацыі

    4(1)

    3.Альтэрнатыўная ідэнтыфікацыя і класіфікацыя зрошчвання

    Astalavista можа прадказаць пяць тыпаў альтэрнатыўных падзей зрошчвання.

    5(1)

    4.Ідэнтыфікацыя падзей альтэрнатыўнага поліадэнілавання (APA) і матыў на 50 bp вышэй па плыні ад полі-A

    6(1)

    Справа БМК

    Альтэрнатыўная ідэнтыфікацыя сплайсинга і колькасная ацэнка на ўзроўні ізаформы шляхам секвенавання поўнапамернага транскрыптому нанопор

    Апублікавана:Камунікацыі прыроды, 2020

    Стратэгія паслядоўнасці:

    Групоўка: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (мутацыя K700E);3. Нармальныя У-клеткі

    Стратэгія секвенавання: секвенаванне бібліятэкі MinION 2D, секвенаванне бібліятэкі PromethION 1D;кароткія дадзеныя з тых жа ўзораў

    Платформа секвеніравання: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Асноўныя вынікі

    1. Альтэрнатыўная ідэнтыфікацыя зрошчвання на ўзроўні ізаформы

    Доўга прачытаныя паслядоўнасці дае магчымасць ідэнтыфікаваць мутант SF3B1K700E-змененыя ўчасткі зрошчвання на ўзроўні ізаформы.Было выяўлена, што 35 альтэрнатыўных 3'SS і 10 альтэрнатыўных 5'SS значна адрозніваюцца паміж SF3B1K700Eі SF3B1WT.33 з 35 змяненняў былі нядаўна выяўленыя з дапамогай даўно прачытаных паслядоўнасцяў.

    2. Колькаснае вызначэнне альтэрнатыўнага сплайсинга на ўзроўні ізаформы

    Экспрэсія изоформ ўтрымання інтронаў (IR) у SF3B1K700Eі SF3B1WTбылі колькасна вызначаны на аснове паслядоўнасцяў нанапор, якія выяўляюць глабальную паніжальная рэгуляцыя ВК-ізаформ у SF3B1K700E.

    Даведка

    Тан AD, Soulette CM, Baren MJV і інш.Поўнаметражная характарыстыка транскрыпту мутацыі SF3B1 пры хранічным лимфолейкемии паказвае паніжэнне рэгуляцыі захаваных інтронаў [J].Прырода камунікацыі.

    атрымаць цытату

    Напішыце сваё паведамленне тут і адпраўце яго нам

    Адпраўце нам сваё паведамленне: