Секвеніраванне поўнай транскрыптама - Illumina
Перавагі абслугоўвання
● Ацэнка ўсіх тыпаў РНК з пункту гледжання колькасці, экспрэсіі і адноснай экспрэсіі на аснове храмасом
● Ідэнтыфікацыя РНК з рознай экспрэсіяй і адпаведная экспрэсія
● Аналіз сумеснай экспрэсіі генаў
● аналіз сеткі ceRNA
● Ключавыя гены ўдзельнічаюць у аналізе шляху
● Дастаўка вынікаў на аснове BMKCloud: індывідуальны аналіз даных даступны на платформе
● Пасляпродажнае абслугоўванне дзейнічае на працягу 3 месяцаў пасля завяршэння праекта
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендуемыя дадзеныя | КК даных |
| Агульная РНК | Illumina PE150 і SE50 | Circ/lnc/мРНК: 16G;miRNA: 10 мільёнаў чытанняў | Q30≥85% |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Чысціня | Сумленнасць | Заражэнне | Сума |
| OD260/280≥1,7-2,5； OD260/230≥0,5-2,5； | Для раслін: RIN≥6,5;Для жывёл: RIN≥7;28S/18S≥1,0;абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць | Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | канц.≥100 НГ/мкл;Аб'ём ≥ 10 мкл;Усяго ≥ 2 мкг |
Тканіна: Вага (сухі): ≥1 г
*Для тканіны, меншай за 5 мг, мы рэкамендуем адправіць хутка замарожаны (у вадкім азоце) узор тканіны.
Завісь клетак: колькасць клетак = 3×107
*Мы рэкамендуем адпраўляць замарожаны лізат клетак.У выпадку, калі колькасць клетак менш за 5×105, рэкамендуецца хуткая замарозка ў вадкім азоце.
Узоры крыві:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol і 2mL крыві (TRIzol:Кроў=3:1)
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер:
Цэнтрыфужная прабірка на 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабільнай РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
1. Ацэнка адноснай экспрэсіі ўсіх тыпаў РНК
Circos аб значнасці адрозненняў у экспрэсіі РНК
2.Інтэграваная сетка шляхоў KEGG
Інтэграваная сетка шляхоў KEGG
3. аналіз сеткі ceRNA
ceRNA Узаемадзеянне DE-circRNA-miRNA-mRNA на аснове сеткі
Справа БМК
Шаблон экспрэсіі CircRNA і сеткі ceRNA і miRNA-mRNA, якія ўдзельнічаюць у развіцці пылавіка ў лініі CMS Brassica campestris
Апублікавана:Міжнародны часопіс малекулярных навук,2019 год
Клеткі NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) і клеткі адмоўнага кантролю (sh-Scr) былі атрыманы на 6-ы дзень пэўнай віруснай інфекцыі.
Асноўныя вынікі
Гэта даследаванне ўстанавіла лінію мужчынскай стэрыльнасці ў цытаплазме Polima (CMS) «Bcpol97-05A» і фертыльную лінію «Bcajh97-01B» у Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, сін.B. rapa ssp.chinensis, і правялі параўнанне прафілявання экспрэсіі РНК паміж кветкавымі ныркамі стэрыльнай лініі і фертыльнай лініі шляхам секвеніравання цэлага транскрыптому.
1. Было ідэнтыфікавана 31 дыферэнцыравана экспрэсіраваная (DE) circRNAs, 47 DE miRNAs і 4779 DE мРНК.
2. Аналіз геннай анталогіі (GO) паказаў, што большасць генаў DE ўдзельнічаюць у развіцці пылковай сценкі
3. Аналіз ўзбагачэння шляху KEGG мРНК DE (у тым ліку мРНК з падвышанай і паніжанай рэгуляцыяй у стэрыльнай лініі ў параўнанні з фертыльнай лініяй) паказаў, што «метабалізм крухмалу і цукрозы», «біясінтэз фенілпрапаноідаў» і «ўзаемапераўтварэнні пентозы і глюкуроната». »былі найбольш узбагачаныя метабалічныя шляху.
 Аналіз ўзбагачэння шляху KEGG мРНК з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй |  Класіфікацыя геннай анталогіі (GO) мРНК з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй |  Выгляд патройнай сеткі DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA |
Даведка
Liang Y, Zhang Y, Xu L і інш.Шаблон экспрэсіі CircRNA і сеткі ceRNA і miRNA-mRNA, якія ўдзельнічаюць у развіцці пылавікоў у лініі CMS Brassica campestris [J].Міжнародны часопіс малекулярных навук, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
