Секвенаванне поўнага транскрыптома – Illumina
Асаблівасці
● Двайная генерацыя бібліятэк для секвенавання поўнага транскрыптома: бібліятэка з дэплецыяй рРНК і падрыхтоўка малой бібліятэкі РНК.
● Поўны біяінфарматычны аналіз мРНК, даўжэйшай некротычнай РНК, цыркРНК і міРНК у асобных біяінфарматычных справаздачах, а таксама сумесны аналіз з усімі паказчыкамі экспрэсіі РНК, уключаючы аналіз сетак цэРНК.
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопытМы апрацавалі больш за 2100 праектаў па стварэнні поўных транскрыптомаў, якія ахопліваюць розныя тыпы ўзораў. У кожны праект мы ўкладваем свой багаты вопыт.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў да падрыхтоўкі бібліятэкі, секвенавання і біяінфарматыкі. Наш старанны маніторынг гарантуе атрыманне пастаянна высакаякасных вынікаў.
●Падрабязная анатацыяМы выкарыстоўваем некалькі баз дадзеных для функцыянальнай анатацыі дыферэнцыяльна экспрэсаваных генаў (DEG) і правядзення адпаведных аналізаў узбагачэння. Гэты комплексны падыход дае ўяўленне аб клетачных і малекулярных працэсах, якія ляжаць у аснове транскрыптомнага адказу, гарантуючы, што вы атрымаеце ўсю магчымую інфармацыю аб дадзеных вашага эксперыменту.
●Паглыблены аналіз рэгуляторных сетакАналіз сеткі цэРНК магчымы дзякуючы сумеснаму секвенаванню мРНК, доўгай некротычнай РНК, цыркРНК і міРНК, а таксама дзякуючы вычарпальнаму біяінфарматычнаму працоўнаму працэсу.
●Пасляпродажная падтрымкаМы разумеем, наколькі важна быць прысутным на праекце, таму нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| знясіленая рРНК | Ілюміна PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Выбраны памер | Ілюміна SE50 | 10-20 мільёнаў прачытанняў |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
Акрамя аналізу кожнага тыпу, у нашым сумесным аналізе аб'яднаны ўсе 4 тыпы РНК:
- Аналіз сумеснай экспрэсіі паміж усімі рознымі тыпамі дадзеных РНК
- Агляд экспрэсіі РНК
- Агляд дыферэнцыяльных выразаў
- Сетка CeRNA
- Ключавыя гены, інтэграваныя ў шлях
- Аналіз захавання
- Таргетынгавыя адносіны
Агляд экспрэсіі РНК
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя гены
аналіз цэРНК
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя міРНК і роднасныя РНК
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам BMKGene па секвенаванні ўсяго транскрыпта, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Дай, Ю. і інш. (2022) «Комплексныя профілі экспрэсіі мРНК, доўгіх некаліброваных РНК і міРНК пры хваробе Кашына-Бека, ідэнтыфікаваныя з дапамогай РНК-секвенавання».Малекулярная оміка, 18 (2), стар. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Лю, Н. Нан і інш. (2022) «Аналіз поўнапамерных транскрыптомаў холадаўстойлівасці Apis cerana ў гарах Чанбай падчас зімоўкі».Джын, 830, с. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ван, Х. Дж. і інш. (2022) «Прыярытызацыя канкуруючых эндагенных сетак рэгуляцыі РНК пры дробнаклеткавым раку лёгкіх на аснове інтэграцыі мультыомікі: малекулярныя характарыстыкі і кандыдаты ў лекі»,Межы ў анкалогіі, 12, с. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сюй, П. і інш. (2022) «Комплексны аналіз профіляў экспрэсіі lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA раскрывае новыя магчымасці разумення патэнцыйных механізмаў рэакцыі на галлавыя нематоды ў арахісе».Геноміка BMC, 23(1), с. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. і інш. (2022) «Секвенаванне РНК па ўсёй транскрыпцыі падкрэслівае малекулярныя механізмы, звязаныя з падтрыманнем пасляўборачнай якасці брокалі пры апраменьванні чырвоным святлодыёдам».Пасляўборачная біялогія і тэхналогіі, 188, с. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHAVRBIO.2022.111878.
