Секвенаванне CircRNA - Illumina
Асаблівасці
● дэплецыя рРНК з наступнай накіраванай падрыхтоўкай бібліятэкі, што дазваляе атрымаць дадзеныя спецыфічнага для ланцугоў секвенавання.
● Біяінфарматычны працоўны працэс дазваляе прагназаваць цыркРНК і колькасную ацэнку экспрэсіі.
Перавагі абслугоўвання
●Шырокі вопытМы апрацавалі больш за 20 000 узораў розных тыпаў і ў кожны праект прыўносім свой багаты вопыт.
●Строгі кантроль якасціМы ўкараняем асноўныя кантрольныя пункты на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзораў да падрыхтоўкі бібліятэкі, секвенавання і біяінфарматыкі. Наш старанны маніторынг гарантуе атрыманне пастаянна высакаякасных вынікаў.
●Больш поўныя бібліятэкі РНК:У нашай падрыхтоўцы да стварэння бібліятэкі мы выкарыстоўваем дэплецыю рРНК замест лінейнай дэплецыі РНК, што гарантуе, што дадзеныя секвенавання ўключаюць не толькі цыркРНК, але і мРНК і днРНК, што дазваляе праводзіць сумесны аналіз гэтых набораў дадзеных.
●Дадатковы аналіз сетак канкурэнтнай эндагеннай РНК (цэРНК)Забяспечвае больш глыбокае разуменне механізмаў клетачнай рэгуляцыі.
● Пасляпродажная падтрымкаМы разумеем, наколькі важна быць прысутным на праекце, таму нашы абавязацельствы распаўсюджваюцца і на завяршэнне праекта, бо мы прапануем 3-месячны пасляпродажны перыяд. На працягу гэтага часу мы прапануем суправаджэнне праекта, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сесіі пытанняў і адказаў, каб адказаць на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Патрабаванні да ўзораў і дастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці дадзеных |
| Накіраваная бібліятэка з дэфіцытам рРНК | Ілюміна PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзораў:
Нуклеатыды:
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | АД260/280=1,7-2,5 АД260/230=0,5-2,5 Абмежаванае або адсутнае забруджванне бялком або ДНК на гелі. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае або адсутнае ўзвышэнне базавай лініі |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Ліст або насенне: 300 мг
Фрукты: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 450 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Косці, валасы або скура: 1,5 г
● Членістаногія:
Насякомыя: 9 г
Ракападобныя: 450 мг
● Цэльная кроў:2 трубкі
● Клеткі: 106 клеткі
● Сыроватка і плазма: 6 мл
Рэкамендаваная дастаўка ўзораў
Ёмістасць: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (не рэкамендуецца выкарыстоўваць алавяную фальгу)
Прыклад маркіроўкі: Група + паўтараць, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры неабходна спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і перавозіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працоўны працэс абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Экстракцыя РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
- Кантроль якасці дадзеных
- Выраўноўванне геному
- Ідэнтыфікацыя CircRNA
- Экспрэсія CircRNA
- Дыферэнцыяльны аналіз экспрэсіі
Прагназаванне circRNA: размеркаванне храмасом
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя цыркулярныя РНК – графік «Вулкан»
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя circRNA - іерархічная кластэрызацыя
Функцыянальнае ўзбагачэнне генаў гаспадара circRNA
Азнаёмцеся з дасягненнямі ў даследаваннях, якія праводзяцца дзякуючы паслугам секвенавання цыркРНК BMKGene, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Ван, Х. і інш. (2021) «CPSF4 рэгулюе ўтварэнне цыркРНК і заглушэнне генаў з дапамогай мікраРНК пры гепатацэлюлярнай карцыноме»,Анкаген2021 40:25, 40(25), с. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. і інш. (2023) «X oo-адчувальны транскрыптом раскрывае ролю кальцавой РНК133 у рэзістэнтнасці да хвароб шляхам рэгулявання экспрэсіі OsARAB у рысе»,Фітапаталагічныя даследаванні, 5(1), с. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. і інш. (2023) «CPSF3 мадулюе баланс цыркулярных і лінейных транскрыптаў пры гепатацэлюлярнай карцыноме». doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. і інш. (2023) «Комплексная ацэнка circRNA пры цыратычнай кардыяміяпатыі да і пасля трансплантацыі печані»,Міжнародная імунафармакалогія, 114, с. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
