секвенирование circRNA-Illumina
Асаблівасці
● Знясіленне рРНК з наступнай накіраванай падрыхтоўкай бібліятэкі, якая дазваляе секвенировать даныя, якія з'яўляюцца спецыфічнымі для нітак.
● Біяінфарматычны працоўны працэс дазваляе прагназаваць circRNA і колькасна вызначаць экспрэсію
Перавагі абслугоўвання
●Больш поўныя бібліятэкі РНК:мы выкарыстоўваем знясіленне рРНК замест лінейнага знясілення РНК у нашай папярэдняй падрыхтоўцы да бібліятэкі, гарантуючы, што дадзеныя секвенирования ўключаюць не толькі circRNA, але таксама мРНК і lncRNA, дазваляючы сумесны аналіз гэтых набораў даных
●Дадатковы аналіз канкурэнтных сетак эндагеннай РНК (ceRNA).: прадастаўленне больш глыбокага разумення механізмаў клеткавай рэгуляцыі
●Шырокі вопыт: з паслужным спісам апрацоўкі больш за 20 000 узораў у BMK, якія ахопліваюць розныя тыпы ўзораў і праекты lncRNA, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
●Строгі кантроль якасці: мы ўкараняем асноўныя кантрольныя кропкі на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзору і бібліятэкі да секвенирования і біяінфарматыкі.Такі дбайны маніторынг гарантуе нязменна высокую якасць вынікаў.
● Пасляпродажная падтрымка: Наша абавязацельства распаўсюджваецца і на 3-месячны перыяд пасляпродажнага абслугоўвання.У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі.
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Платформа | Рэкамендуемыя дадзеныя | КК даных |
| Полі А ўзбагачаны | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | Для раслін: RIN≥6,5; Для жывёл: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
● Расліны:
Корань, сцябло або пялёстак: 450 мг
Лісце або насенне: 300 мг
Садавіна: 1,2 г
● Жывёла:
Сэрца або кішачнік: 450 мг
Вантробы або мозг: 240 мг
Мышцы: 600 мг
Косткі, валасы або скура: 1,5 г
● Членістаногія:
Казуркі: 9г
Ракападобныя: 450 мг
● Суцэльная кроў:2 трубкі
● Ячэйкі: 106 вочак
● Сыроватка і плазма: 6 мл
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабілізацыі РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзораў
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
прагназаванне circRNA: храмасомнае размеркаванне
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя circRNAs - графік вулкана
Дыферэнцыяльна экспрэсаваныя circRNAs - іерархічная кластэрызацыя
Функцыянальнае ўзбагачэнне генаў гаспадара circRNA
Азнаёмцеся з дасягненнямі даследаванняў, якім спрыяюць службы секвеніравання circRNA BMKGene, праз падабраную калекцыю публікацый.
Ван, X. і інш.(2021) «CPSF4 рэгулюе адукацыю цырРНК і апасродкаванае маўчанне генаў мікраРНК у гепатацэлюлярнай карцыноме», Oncogene 2021 40:25, 40 (25), стар. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Ся, К. і інш.(2023) «X oo-адказны транскрыптом паказвае ролю цыркулярнай РНК133 ва ўстойлівасці да хвароб шляхам рэгулявання экспрэсіі OsARAB у рысе», Phytopathology Research, 5(1), стар. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. і інш.(2023) «CPSF3 мадулюе баланс кругавых і лінейных транскрыптаў пры гепатацэлюлярнай карцыноме».doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Чжан, Ю. і інш.(2023) «Комплексная ацэнка circRNAs пры цыратычнай кардыяміяпатыі да і пасля трансплантацыі печані», International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
