Секвенаванне ампліконаў 16S/18S/ITS-NGS
Асаблівасці сэрвісу
● Платформа секвенавання: Illumina NovaSeq.
● Ампліфікацыя кароткіх участкаў 16S, 18S і ITS, сярод іншых мішэняў ампліфікацыі.
● Гнуткі выбар ампліконаў.
● Папярэдні вопыт праектаў з некалькімі мішэнямі ампліфікацыі.
Перавагі абслугоўвання
●Без ізаляцыі:Хуткая ідэнтыфікацыя мікробнага складу ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Высокае разрозненнеУ кампанентах з нізкай утрыманасцю ў пробах навакольнага асяроддзя.
●Шырока ўжываеццаДаследаванні разнастайных мікробных супольнасцей.
●Комплексны біяінфарматычны аналізНайноўшы пакет QIIME2 (колькасны аналіз мікробнай экалогіі) з разнастайнымі аналізамі з пункту гледжання базы дадзеных, анатацый, OTU/ASV.
●Шырокі вопытШтогод BMKGENE праводзіць 150 тысяч праектаў па секвенаванні ампліконаў, мае больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную каманду аналітыкаў, поўны кантэнт і выдатную пасляпродажную падтрымку.
Спецыфікацыі паслуг
| Бібліятэка | Стратэгія секвенавання | Рэкамендаваныя дадзеныя |
| Амплікон | Ілюміна ПЭ250 | 50/100/300 тыс. тэгаў (пары чытання) |
Патрабаванні да абслугоўвання
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (нг) | Аб'ём (мкл) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Глеба/шлам: 1-2 г
● Кішачны змест жывёлы: 0,5-2 г
● Кішачны змест насякомых: 0,1-0,25 г
● Паверхня расліны (узбагачаны асадак): 0,1-0,5 г
● Асадак, узбагачаны ферментацыйным булёнам): 0,1-0,5 г
● Фекаліі (буйныя жывёлы): 0,5-2 г
● Фекаліі (мышы): 3-5 гранул
● Вадкасць для лёгачнага альвеалярнага лаважу: фільтравальная папера
● Вагінальны мазок: 5-6 тампонаў
● Мазок са скуры/геніталій/сліны/мяккіх тканін ротавай поласці/мазка з глоткі/мазка з прамой кішкі: 2-3 мазкі
● Павярхоўныя мікраарганізмы: фільтравальная папера
● Вадаём/паветра/біяплёнка: фільтравальная папера
● Эндафіты: 1-2 г
● Зубны налёт: 0,5-1 г
Працоўны працэс абслугоўвання
Дастаўка ўзораў
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвенаванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Уключае наступны аналіз:
- Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
- Кластэрызацыя/падаўленне шуму OTU (ASV)
- Анатацыя OTU
- Аналіз альфа-разнастайнасці: некалькі індэксаў, у тым ліку Шэнана, Сімпсана і ACE.
- Бэта-аналіз разнастайнасці
- Міжгрупавы аналіз
- Карэляцыйны аналіз: паміж фактарамі навакольнага асяроддзя і складам і разнастайнасцю выязных
- Прагназаванне функцыянальнага гена 16S
Гістаграма таксанамічнага размеркавання
цеплавая карта кластэрызацыі таксанамічнай колькасці
Аналіз альфа-разнастайнасці: крывая разрэджвання
бэта-аналіз разнастайнасці: NMDS
Міжгрупавы аналіз: выяўленне біямаркераў LEFSE
Даведайцеся пра дасягненні, якія дасягаюцца дзякуючы паслугам секвенавання ампліконаў BMKGene з Illumina, з дапамогай спецыяльна адабранай калекцыі публікацый.
Dong, C. і інш. (2022) «Зборка, асноўная мікрабіёта і функцыя рызасфернай мікрабіёты глебы і кары ў Eucommia ulmoides», Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Лі, Ю. і інш. (2023) «Трансплантацыя сінтэтычных бактэрыяльных кансорцыумаў для лячэння бактэрыяльнага вагінозу, выкліканага Gardnerella vaginalis, у мышэй», Microbiome, 11(1), сс. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Ян, Дж., Фу, Ю. і Лю, Х. (2022) «Мікрабіёмы паветранага пылу, сабраныя падчас наземнага закрытага біярэгенератыўнага эксперыменту па жыццезабеспячэнні «Lunar Palace 365»», Environmental Microbiomes, 17(1), сс. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Інь, С. і інш. (2022) «Залежнасць ад сыравіны ад колькасці функцыянальных генаў, звязаных з трансфармацыяй азоту, кантралявала страту азоту пры кампоставанні», Bioresource Technology, 361, с. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
