16S/18S/ITS Ампліконнае секвенаванне-NGS
Перавагі абслугоўвання
● Хуткая ідэнтыфікацыя мікробнага складу ў пробах навакольнага асяроддзя без ізаляцыі
● Высокая раздзяляльнасць кампанентаў з нізкім утрыманнем ва ўзорах навакольнага асяроддзя
● Апошняя праграма аналізу QIIME2 з разнастайнымі аналізамі з пункту гледжання базы дадзеных, анатацый, OTU/ASV.
● Высокая прапускная здольнасць, больш высокая дакладнасць
● Дастасавальна да розных мікробных даследаванняў супольнасці
● BMK валодае вялікім вопытам з больш чым 100 000 узораў у год, якія ахопліваюць глебу, ваду, газ, асадак, фекаліі, кішачнік, скуру, ферментацыйны булён, насякомых, расліны і г.д.
● BMKCloud спрыяў інтэрпрэтацыі даных, які змяшчае 45 персаналізаваных інструментаў аналізу
Спецыфікацыі абслугоўвання
| СеквеніраваннеПлатформа | Бібліятэка | Рэкамендаваны выхад даных | Разліковы час апрацоўкі |
| Платформа Illumina NovaSeq | PE250 | Тэгі 50K/100K/300K | 30 дзён |
Біяінфарматычныя аналізы
● Кантроль якасці неапрацаваных дадзеных
● Кластэрызацыя OTU/De-noise (ASV)
● Анатацыя OTU
● Альфа-разнастайнасць
● Бэта-разнастайнасць
● Міжгрупавы аналіз
● Асацыятыўны аналіз супраць эксперыментальных фактараў
● Функцыя гена прагназавання
Узоры патрабаванняў і пастаўка
Узоры патрабаванняў:
ДляЭкстракты ДНК:
| Тып выбаркі | Сума | Канцэнтрацыя | Чысціня |
| Экстракты ДНК | > 30 нг | > 1 нг/мкл | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Для экалагічных узораў:
| Тып выбаркі | Рэкамендуемая працэдура адбору пробаў |
| глеба | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Рэшткі засохлага рэчыва неабходна выдаліць з паверхні;Буйныя кавалачкі здрабніць і прапусціць праз 2 мм фільтр;Аліквотныя ўзоры ў стэрыльнай EP-прабірцы або цырапрабірцы для рэзервавання. |
| Фекаліі | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотуйце ўзоры ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання. |
| Змесціва кішачніка | Узоры неабходна апрацоўваць у асептычных умовах.Прамыйце сабраную тканіну PBS;Цэнтрыфугуйце PBS і збярыце асадак у EP-прабіркі. |
| Глей | Колькасць выбаркі: прыбл.5 г;Збярыце і аліквотную пробу асадка ў стэрыльную EP-прабірку або крыяпрабірку для рэзервавання |
| Вадаём | Для ўзору з абмежаванай колькасцю мікробаў, напрыклад, вадаправоднай вады, калодзежнай вады і г.д., збярыце не менш за 1 л вады і прапусціце праз фільтр 0,22 мкм, каб узбагаціць мікробы на мембране.Захоўваюць мембрану ў стэрыльнай прабірцы. |
| скура | Асцярожна саскрабіце паверхню скуры стэрыльным ватовым тампонам або хірургічным лязом і змесціце яго ў стэрыльную прабірку. |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Замарозьце ўзоры ў вадкім азоце на працягу 3-4 гадзін і захоўвайце ў вадкім азоце або -80 градусаў для працяглага захоўвання.Патрабуецца дастаўка ўзору з сухім лёдам.
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
1.Распаўсюджанне відаў
2.Цеплавая карта: кластарызацыя багацця відаў
3. Крывая рэдкай фракцыі
4.Аналіз NMDS
5.Lefse аналіз
Справа БМК
Асобы з атлусценнем з дыябетам 2 тыпу і без яго дэманструюць розную функцыянальную здольнасць і склад мікраарганізмаў кішачніка
Апублікавана:Cell Host & Microbe, 2019
Стратэгія паслядоўнасці:
Худыя недыябет (n = 633);Атлусценне без дыябету (n = 494);Атлусценне - дыябет 2 тыпу (n = 153);
Мэтавая вобласць: 16S рДНК V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (секвенаванне ампліконаў на аснове NGS)
Падгрупа экстрактаў ДНК была падвергнута метагенамнаму секвенированию на Illumina Hiseq
Асноўныя вынікі
Мікробныя профілі гэтых метабалічных захворванняў былі паспяхова дыферэнцыраваны.
Параўноўваючы мікробныя асаблівасці, атрыманыя ў выніку секвеніравання 16S, было ўстаноўлена, што атлусценне звязана са зменамі мікробнага складу, індывідуальнымі асаблівасцямі, асабліва са значным зніжэннем Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes і г.д. Акрамя таго, СД2 было выяўлена, што звязана з павелічэннем Escherichia/shigella. .
Даведка
Thingholm, LB, і інш.«Асобы з атлусценнем з дыябетам 2 тыпу і без яго маюць розную функцыянальную здольнасць і склад мікраарганізмаў кішачніка».Клетка-гаспадар і мікроб26.2 (2019).
