Helgenombisulfitsekvensering (WGBS)
Denna teknik, baserad på bisulfitbehandling av DNA för att inducera omvandlingen av ometylerade cytosiner till uracil (C till U), samtidigt som metylerade cytosiner lämnas oförändrade, står som guldstandardmetodik för djupgående utforskning av DNA-metylering, särskilt den femte positionen i cytosin (5-mC), en central regulator av genuttryck och cellulär aktivitet.
Denna teknik erbjuder enbasupplösning, vilket gör det möjligt för forskare att heltäckande undersöka metylomet och avslöja onormala metyleringsmönster i proverna. Genom att använda WGBS kan forskare få oöverträffade insikter i genomomfattande metyleringslandskap, vilket ger en nyanserad förståelse av de epigenetiska mekanismer som ligger till grund för olika biologiska processer och sjukdomar.
Servicefunktioner
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Kräver ett referensgenom.
● Lambda-DNA tillsätts för att övervaka bisulfitomvandlingseffektiviteten.
Servicefördelar
●Guldstandarden för DNA-metyleringsforskningDenna mogna teknik har hög noggrannhet och god reproducerbarhet.
●Bred täckning och upplösning med en enda bas:Detektionen av metyleringsställen sker på genomomfattande nivå.
●Komplett plattform:Vi erbjuder en komplett tjänst, från provbearbetning och bibliotekskonstruktion till bioinformatisk analys.
●Omfattande expertisVi har ett brett spektrum av projekt som genomförts inom en mängd olika arter. BMKGENE har över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
●Möjlighet att delta i transkriptomikanalysMöjliggör integrerad analys av WGBS med andra omics-data såsom RNA-sekvensering.
Exempelspecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautmatning | Kvalitetskontroll |
| Bisulfitbehandlad | Illumina PE150 | 30x djup | Q30 ≥ 85 % Bisulfitkonvertering > 99 % |
Exempelkrav
| Koncentration (ng/µL) | Total mängd (µg) | Ytterligare krav | |
| Genomiskt DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begränsad nedbrytning eller kontaminering |
Servicearbetsflöde
Provleverans
DNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Dataleverans
Tjänsten omfattar följande analys:
● Kvalitetskontroll av råsekvensering;
● Mappning till referensgenom;
● Detektion av 5mC metylerade baser;
● Analys av metyleringsfördelning och annotering;
● Analys av differentiellt metylerade regioner (DMR);
● Funktionell annotering av gener associerade med DMR.
5mC-metyleringsdetektion: typer av metylerade platser
Metyleringskarta. 5mC-metyleringsgenomfattande distribution
Annotering av starkt metylerade regioner
Differentiellt metylerade regioner: associerade gener
Differentiellt metylerade regioner: annotering av associerade gener (genontologi)
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGenes tjänster för bisulfitsekvensering av hela genomet genom en kuraterad samling publikationer.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analys av DNA-metyleringsprofiler under utveckling av skelettmuskulatur hos får med hjälp av helgenombisulfitsekvensering',BMC-genomik, 21(1), s. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Nya störningar i metylering av deoxiribonukleinsyra hos arbetare exponerade för vinylklorid',Toxikologi och industriell hälsa, 38(7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Samband mellan genommetylering, nivåer av icke-kodande RNA, mRNA och metaboliter i mogna tomater',Växtjournalen, 103(3), s. 980-994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
