Hela genombisul fi t -sekvensering (WGBS)
Hela genombisulfit-sekvensering (WGBS) står som guldstandardmetodik för djupgående undersökning av DNA-metylering, särskilt den femte positionen i cytosin (5-MC), en viktig regulator för genuttryck och cellaktivitet. Principen som ligger bakom WGB: er involverar bisulfitbehandling, vilket inducerar omvandlingen av ometylerade cytosiner till uracil (C till U), samtidigt som metylerade cytosiner lämnar. Denna teknik erbjuder en basupplösning, vilket gör att forskare kan undersöka metylomet och avslöja onormala metyleringsmönster förknippade med olika tillstånd, särskilt cancer. Genom att använda WGB: er kan forskare få oöverträffad insikt i genombredda metyleringslandskap, vilket ger en nyanserad förståelse av de epigenetiska mekanismerna som ligger till grund för olika biologiska processer och sjukdomar.
Servicefunktioner
● Kräver ett referensgenom.
● Lambda DNA läggs till för att övervaka bisulfitomvandlingseffektiviteten.
● Sekvensering på Illumina Novaseq.
Servicefördelar
●Guldstandard för DNA -metyleringsforskning: Denna mogna metyleringskonverteringsprocesseringsteknologi har hög noggrannhet och god reproducerbarhet.
●Bred täckning och en basupplösning:Detektion av metyleringsplatser på genombredd nivå.
●Komplett plattform:Ge one-stop utmärkt service från provbehandling, bibliotekskonstruktion, sekvensering till bioinformatikanalys.
●Omfattande expertis: Med WGBS-sekvenseringsprojekt framgångsrikt genomförda över ett brett spektrum av arter ger Bmkgene över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt stöd efter försäljning.
●Möjlighet att gå med transkriptomikanalys: möjliggör den integrerade analysen av WGB: er med andra omikdata såsom RNA-seq.
Provspecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautgång | Kvalitetskontroll |
| Bisulfitbehandlad | Illumina PE150 | 30x djup | Q30 ≥ 85% Bisulfite -omvandling> 99% |
Provkrav
| Koncentration (ng/ul) | Totalt belopp (μg) | Ytterligare krav | |
| Genomisk DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begränsad nedbrytning eller förorening |
Servicearbetsflöde
Provleverans
DNA -extraktion
Bibliotekskonstruktion
Sekvensering
Dataanalys
Dataleverans
Inkluderar följande analys:
● Rå sekvenseringskvalitetskontroll;
● Kartläggning till referensgenom;
● Detektion av 5 mc metylerade baser;
● Analys av metyleringsfördelning och kommentarer;
● Analys av differentiellt metylerade regioner (DMR);
● Funktionell kommentar av gener associerade med DMR.
5mc metyleringsdetektering: Typer av metylerade platser
Metyleringskarta. 5mc metylering genom hela distributionen
Annotering av mycket metylerade regioner
Differentiellt metylerade regioner: tillhörande gener
Differentiellt metylerade regioner: Annotation av tillhörande gener (genontologi)
Utforska forskningsframstegen som underlättas av BmkGenes hela genom Bisulfite -sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analys av DNA-metyleringsprofiler under fårskelettmuskelutveckling med hjälp av helgenom bisulfit sekvensering',BMC Genomics, 21 (1), s. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Novel deoxyribonukleinsyrametyleringsstörningar hos arbetare utsatta för vinylklorid',Toxikologi och industriell hälsa, 38 (7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Förhållanden mellan genommetylering, nivåer av icke-kodande RNA, mRNA och metaboliter för att mogna tomatfrukt',Anläggningsjournalen, 103 (3), s. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
