lncrna

Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är RNA som är längre än 200 nukleotider med låg kodningspotential men med kritiska reglerande funktioner. BMKCloud lncRNA-pipelinen är utformad för att analysera rRNA-utarmade bibliotek med ett högkvalitativt, välannoterat referensgenom, genom att analysera lncRNA- och mRNA-uttryck tillsammans. Efter trimning av läsningar och kvalitetskontroll justeras läsningarna mot referensgenomet för att sätta ihop transkript, och efterföljande genstrukturanalys avslöjar alternativ splitsning och nya gener. Transkript identifieras som mRNA eller lncRNA, och differentiell expressionsanalys identifierar differentiellt uttryckta lncRNA, deras mål och differentiellt uttryckta gener (DEGS). Både DEG och differentiellt uttryckta lncRNA-mål annoteras funktionellt för att hitta berikade funktionella kategorier.