Повторне секвенування цілого геному бактерій та грибів
Проекти повторного секвенування цілих геномів бактерій та грибів є ключовими для розвитку мікробної геноміки, дозволяючи завершити та порівняти мікробні геноми. Це сприяє розробці ферментаційної інженерії, оптимізації промислових процесів та дослідженню шляхів вторинного метаболізму. Крім того, повторне секвенування грибів та бактерій має вирішальне значення для розуміння адаптації до навколишнього середовища, оптимізації штамів та виявлення динаміки генетичної еволюції, що має широке значення для медицини, сільського господарства та екологічної науки.
Переваги сервісу
●Біоінформаційний аналіз включає виклик варіантів:Надання функціонального розуміння повторно секвенованих геномів.
● Широкий досвідМаючи тисячі проектів з повторного секвенування мікробів, що проводяться щорічно, ми маємо понад десятирічний досвід, висококваліфіковану команду аналітиків, вичерпний контент та відмінну післяпродажну підтримку.
●Післяпродажна підтримка:Наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та включають 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей для вирішення будь-яких питань, пов'язаних з результатами.
Специфікації послуг
| Платформа секвенування | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Illumina NovaSeq | ПЕ150 | Глибина 100x | Q30≥85% |
Вимоги до зразків
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (нг) | Об'єм (мкл) |
| ≥1 | ≥60 | ≥20 |
Бактерії: ≥1x107 клітини
Одноклітинні гриби: ≥5x106-1x107 клітини
Макрогриби: ≥4 г
Робочий процес служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
- Контроль якості даних секвенування
- Вирівнювання з референтним геномом
- Виклик варіантів: SNP та InDel
- Варіантна анотація
Виклик варіантів: типи SNP
Виклик варіантів: розподіл довжини InDel
Ознайомтеся з досягненнями, досягнутими завдяки послугам BMKGene з повторного секвенування мікробного геному, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Jia, Y. та ін. (2023) «Поєднання повторного секвенування транскриптома та всього геному для скринінгу генів стійкості до хвороб у карликової пшеничної головні».Міжнародний журнал молекулярних наук, 24(24). doi: 10.3390/IJMS242417356.
Jiang, M. et al. (2023) «Метаболізм глюкози, контрольований ампіциліном, маніпулює переходом від толерантності до резистентності у бактерій».Наукові досягнення, 9(10). doi: 10.1126/SCIADV.ADE8582/SUPPL_FILE/SCIADV.ADE8582_SM.PDF.
Ян, М. та ін. (2022) «Aliidiomarina halalkaliphila sp. nov., галоалкаліфільна бактерія, виділена з содового озера в автономному районі Внутрішня Монголія, Китай», Int. J. Syst. Evol.Мікробіолог, 72, стор. 5263. doi: 10.1099/ijsem.0.005263.
Zhu, Z., Wu, R. та Wang, G.-H. (2024) «Послідовність геному Staphylococcus nepalensis ZZ-2023a, виділеного з Nasonia vitripennis».Оголошення про мікробіологічні ресурси. doi: 10.1128/MRA.00802-23.
