Довге секвенування без кодування - Illumina
Переваги сервісу
● Переваги сервісу
● Клітинні та тканинні
● Конкретна стадія виражає та представляє динамічну зміну вираження
● Точні моделі вираження часу та простору
● Спільний аналіз з даними мРНК.
● Доставка результатів на основі BMKCloud: індивідуальний аналіз даних доступний на платформі.
● Післяпродажне обслуговування дійсне протягом 3 місяців після завершення проекту
Вимоги до зразків і доставка
| Бібліотека | Платформа | Рекомендовані дані | Контроль якості даних |
| виснаження рРНК | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 На гелі виявлено обмежене забруднення білком або ДНК або його відсутність. | Для рослин: RIN≥6,5; Для тварин: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене підвищення або відсутність базової лінії |
Нуклеотиди:
Тканина: Вага (суха): ≥1 г
*Для тканини менше 5 мг ми рекомендуємо надсилати швидкозаморожений (у рідкому азоті) зразок тканини.
Суспензія клітин: кількість клітин = 3×107
*Ми рекомендуємо відправляти заморожений лізат клітин.У випадку, якщо число клітинок менше 5×105, рекомендується швидко заморозити в рідкому азоті.
Зразки крові:
PA×geneBloodRNATube;
6 мл трізолу та 2 мл крові (тризол: кров = 3: 1)
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка на 2 мл (фольга не рекомендована)
Зразок маркування: Група + копія, наприклад, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в мішки та закопати в сухий лід.
2. РНК-стабільні пробірки: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) і відправити при кімнатній температурі.
Потік роботи служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Біоінформатика
1. Класифікація LncRNA
LncRNA, передбачені чотирма програмами вище, були класифіковані на 4 категорії: lincRNA, антисенс-LncRNA, intronic-LncRNA;сенс-LncRNA.Класифікація LncRNA показана на гістограмі нижче.
Класифікація LncRNA
2. Цис-націлені гени аналізу збагачення DE-lncRNA
ClusterProfiler використовувався в аналізі збагачення GO цис-націлених генів диференціально експресованої lncRNA (DE-lncRNA) з точки зору біологічних процесів, молекулярних функцій і клітинних компонентів.Аналіз збагачення GO – це процес ідентифікації DEG-спрямованих значно збагачених термінів GO порівняно з усім геномом.Збагачені умови були представлені на гістограмі, бульбашковій діаграмі тощо, як показано нижче.
Цис-націлені гени аналізу збагачення DE-lncRNA - бульбашкова діаграма
3. Порівнюючи довжину, кількість екзонів, ORF і рівень експресії мРНК і lncRNA, ми можемо зрозуміти відмінності в структурі, послідовності тощо між ними, а також перевірити, чи нова lncRNA, передбачена нами, відповідає загальним характеристикам.
Корпус БМК
Дерегульований профіль експресії lncRNA в аденокарциномах легенів миші з мутацією KRAS-G12D і нокаутом P53
Опубліковано:Журнал клітинної та молекулярної медицини，2019 рік
Стратегія секвенування
Ілюміна
Колекція зразків
NONMMUT015812-нокдаун-клітини KP (shRNA-2) і клітини негативного контролю (sh-Scr) були отримані на 6-й день специфічної вірусної інфекції.
Ключові результати
Це дослідження досліджує аберантно експресовані lncRNA в аденокарциномі легені миші з нокаутом P53 і мутацією KrasG12D.
1,6424 lncRNA були диференційовано експресовані (≥ 2-кратна зміна, P <0,05).
2. Серед усіх 210 lncRNA (FC≥8) експресія 11 lncRNA регулювалася P53, 33 lncRNA KRAS і 13 lncRNA гіпоксією в первинних клітинах KP відповідно.
3.NONMMUT015812, який значно активізувався в аденокарциномі легенів миші та негативно регулювався повторною експресією P53, був виявлений для аналізу його клітинної функції.
4. Нокдаун NONMMUT015812 shRNAs зменшив проліферацію та міграційні здібності клітин KP.NONMMUT015812 був потенційним онкогеном.
 Аналіз шляху KEGG диференціально експресованих генів у нокдаунних клітинах KP NONMMUT015812 |  Аналіз генної онтології диференціально експресованих генів у клітинах KP з нокдауном NONMMUT015812 |
довідка
Дерегульований профіль експресії lncRNA в аденокарциномах легенів миші з мутацією KRAS-G12D і нокаутом P53 [J].Журнал клітинної та молекулярної медицини, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
