Секвенування ампліконів 16S/18S/ITS – PacBio
Функції сервісу
● Платформа секвенування: PacBio Revio
● Режим секвенування: CCS (зчитування HiFi)
● Ампліфікація цільової області з подальшим тандемним зв'язуванням ампліконів перед підготовкою бібліотеки HiFi SMRT bell
Переваги сервісу
●Вища таксономічна роздільна здатність: Tсеквенування коротких ампліконів Хана,що дозволяє вищі показники класифікації OTU на рівні виду.
●Високоточне визначення базиСеквенування в режимі PacBio CCS (зчитування HiFi).
●Без ізоляціїШвидка ідентифікація мікробного складу у зразках навколишнього середовища.
●Широко застосовуєтьсяДослідження різноманітних мікробних спільнот.
●Комплексний біоінформаційний аналізНайновіший пакет QIIME2 (кількісний аналіз мікробної екології) з різноманітними аналізами з точки зору бази даних, анотацій, OTU/ASV.
●Широкий досвідМаючи тисячі проектів секвенування ампліконів, що проводяться щорічно, BMKGENE має понад десятирічний досвід, висококваліфіковану команду аналітиків, вичерпний контент та чудову післяпродажну підтримку.
Специфікації послуг
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані |
| Амплікон | PacBio Revio | 10/30/50 тис. тегів (CCS) |
Вимоги до зразків
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна кількість (мкг) | Об'єм (мкл) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Рекомендована доставка зразків
Заморозьте зразки в рідкому азоті протягом 3-4 годин і зберігайте в рідкому азоті або при температурі -80 градусів для довгострокового зберігання. Транспортування зразків обов'язкове із сухим льодом.
Робочий процес служби
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Включає наступний аналіз:
●Контроль якості необроблених даних
●Кластеризація/підсилення шуму OTU (ASV)
●Анотація OTU
●Аналіз альфа-різноманітності: кілька індексів, включаючи Шеннона, Сімпсона та ACE.
●Аналіз бета-різноманітності
●Міжгруповий аналіз
●Кореляційний аналіз: між факторами навколишнього середовища та складом і різноманітністю виживання
●Прогнозування функціонального гена 16S
Гістограма таксономічного розподілу
Філогенетичне дерево поширення у спільноті
Аналіз альфа-різноманітності: ACE
індекс
Бета-аналіз різноманітності: PCoA
Міжгруповий аналіз: дисперсійний аналіз (ANOVA)
Ознайомтеся з досягненнями, що стали можливими завдяки сервісам секвенування ампліконів BMKGene разом з PacBio, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Gao, X. та Wang, H. (2023) «Порівняльний аналіз профілів та функцій бактерій рубця під час адаптації до різної фенології (відновлення зеленого покриву проти трав'янистого) у овець породи альпійський меринос з двома стадіями росту на альпійському лузі», Fermentation, 9(1), с. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Лі, С. та ін. (2023) «Виявлення мікробної темної речовини в пустельних ґрунтах за допомогою метагеноміки на основі культуроміки та аналізу високої роздільної здатності», npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), стор. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Му, Л. та ін. (2022) «Вплив солей жирних кислот на характеристики ферментації, бактеріальне різноманіття та аеробну стабільність змішаного силосу, приготованого з люцерни, рисової соломи та пшеничних висівок», Журнал науки про харчування та сільське господарство, 102(4), с. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Ян, Дж. та ін. (2023) «Взаємодія між біомаркерами оксидативного стресу та кишковою мікробіотою в антиоксидантній дії екстрактів Sonchus brachyotus DC. при індукованому оксазолоном кишковому оксидативному стресі у дорослих рибок даніо реріо», Антиоксиданти 2023, том 12, сторінка 192, 12(1), с. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
