-
Геномний асоціативний аналіз
Загальногеномне дослідження асоціацій (GWAS) спрямоване на виявлення генетичних варіантів (генотипу), які асоціюються з певними ознаками (фенотипом).Дослідження GWAS досліджує генетичні маркери, що перетинають весь геном великої кількості особин, і передбачає асоціації генотип-фенотип шляхом статистичного аналізу на рівні популяції.Його широко застосовують у дослідженнях захворювань людини та функціонального генного аналізу складних ознак тварин або рослин.
-
Секвенування одноядерної РНК
Прогрес у захопленні однієї клітини та техніці побудови індивідуальної бібліотеки в поєднанні з високопродуктивним секвенуванням дозволяє досліджувати експресію генів на основі кожної клітини.Він дає змогу проводити більш глибокий і повний системний аналіз складних клітинних популяцій, у якому значною мірою уникає маскування їх гетерогенності, беручи середнє значення всіх клітин.
Однак деякі клітини непридатні для виготовлення одноклітинної суспензії, тому потрібні інші методи підготовки зразків – екстракція ядра з тканин, тобто ядро витягується безпосередньо з тканин або клітини та готується до одноядерної суспензії для одноклітинної суспензії. секвенування клітин.
BMK надає послугу секвенування одноклітинної РНК 10× Genomics ChromiumTM.Ця послуга широко використовується в дослідженнях, пов’язаних із захворюваннями, такими як диференціювання імунних клітин, гетерогенність пухлин, розвиток тканин тощо.
Просторовий транскриптомний чіп: 10× Genomics
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Секвенування повного геному рослин/тварин
Повторне секвенування геному, також відоме як WGS, дозволяє виявити як поширені, так і рідкісні мутації в усьому геномі, включаючи однонуклеотидний поліморфізм (SNP), інсерційну делецію (InDel), структурну варіацію (SV) і варіацію кількості копій (CNV). ).SV складають більшу частину варіаційної бази, ніж SNP, і мають більший вплив на геном, що має значний вплив на живі організми.Повторне секвенування тривалого зчитування дозволяє точніше ідентифікувати великі фрагменти та складні варіації, оскільки довгі зчитування значно полегшують хромосомне перетинання складних ділянок, таких як тандемні повтори, багаті GC/AT регіони та гіперваріабельні регіони.
Платформа: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Просторовий транскриптом BMKMANU S1000
Просторова організація клітин відіграє життєво важливу роль у різних біологічних процесах, таких як імунна інфільтрація, розвиток ембріона тощо. Просторове секвенування транскриптомів, яке вказує на профіль експресії генів, зберігаючи інформацію про просторове положення, надає чудове розуміння архітектури тканин на рівні транскриптомів.З розвитком технології надчітку морфологію тканини та реальну структурну різницю просторової молекулярної експресії необхідно вивчати з вищою роздільною здатністю.BMKGENE надає комплексну послугу просторового секвенування транскриптомів від зразків до біологічних даних.
Технології просторової транскриптоміки розкрили нові перспективи в різноманітних дослідницьких аренах шляхом визначення профілю експресії генів із просторовим вмістом у гетерогенних зразках.
Чіп просторового транскриптому: BMKMANU S1000
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
10x просторовий транскриптом Genomics Visium
Visium Spatial Gene Expression — це основна технологія просторового секвенування транскриптомів для класифікації тканин на основі загальної мРНК.Нанесіть на карту весь транскриптом із морфологічним контекстом, щоб відкрити нові ідеї щодо нормального розвитку, патології захворювань і клінічних трансляційних досліджень.BMKGENE надає комплексну послугу просторового секвенування транскриптомів від зразків до біологічних даних.
Технології просторової транскриптоміки розкрили нові перспективи в різноманітних дослідницьких аренах шляхом визначення профілю експресії генів із просторовим вмістом у гетерогенних зразках.
Просторовий транскриптомний чіп: 10x Genomics Visium
Платформа:Illumina NovaSeq 6000
-
Нанопора для секвенування мРНК повної довжини
Секвенування РНК було безцінним інструментом для комплексного аналізу транскриптомів.Безсумнівно, традиційна послідовність короткого читання досягла тут багатьох важливих розробок.Тим не менш, він часто стикається з обмеженнями в ідентифікації ізоформ повної довжини, кількісному визначенні, зміщеннях ПЛР.
Секвенування нанопор відрізняється від інших платформ секвенування тим, що нуклеотиди зчитуються безпосередньо без синтезу ДНК і генерують довге зчитування з десятками кілобаз.Це дає можливість прямого зчитування, перетинаючи повнорозмірні транскрипти, і вирішує проблеми в дослідженнях на рівні ізоформ.
Платформа:Нанопор PromethION
Бібліотека:кДНК-ПЛР
-
Повнорозмірне секвенування мРНК -PacBio
De novoповнорозмірне секвенування транскриптомів, також відоме якDe novoIso-Seq використовує переваги секвенатора PacBio щодо довжини зчитування, що дозволяє секвенувати повнорозмірні молекули кДНК без будь-яких розривів.Це повністю дозволяє уникнути будь-яких помилок, що виникають на етапах складання транскриптів, і створює набори unigene з роздільною здатністю на рівні ізоформ.Цей набор unigene надає потужну генетичну інформацію як «еталонний геном» на рівні транскриптома.Крім того, у поєднанні з даними секвенування наступного покоління ця послуга дає змогу точно кількісно визначити експресію на рівні ізоформи.
Платформа: PacBio Sequel IIБібліотека: бібліотека дзвоників СМРТ -
Секвенування мРНК еукаріот - Illumina
Секвенування мРНК дає змогу профілювати всі мРНК, транскрибовані з клітин за певних умов.Це потужна технологія для виявлення профілю експресії генів, генних структур і молекулярних механізмів певних біологічних процесів.На сьогоднішній день секвенування мРНК широко використовується у фундаментальних дослідженнях, клінічній діагностиці, розробці ліків тощо.
Платформа: Illumina NovaSeq 6000
-
Нееталонне секвенування мРНК-Illumina
Секвенування мРНК використовує техніку секвенування наступного покоління (NGS) для захоплення інформаційної РНК (мРНК) з еукаріот у певний період, коли активуються деякі особливі функції.Найдовший злитий транскрипт був названий «Unigene» і використовувався як еталонна послідовність для подальшого аналізу, що є ефективним засобом для вивчення молекулярного механізму та регуляторної мережі виду без посилання.
Після збирання даних транскриптому та функціональної анотації unigene
(1) Буде виконано аналіз SSR, прогноз CDS і структуру гена.
(2) Буде виконано кількісне визначення експресії унігенів у кожному зразку.
(3) Диференційно експресовані унігени між зразками (або групами) будуть виявлені на основі експресії унігенів
(4) Буде виконано кластеризацію, функціональну анотацію та аналіз збагачення диференціально виражених унігенів
-
Довге секвенування без кодування - Illumina
Довгі некодуючі РНК (lncRNAs) - це тип молекул РНК довжиною понад 200 нт, які характеризуються надзвичайно низьким потенціалом кодування.LncRNA, як ключовий член некодуючих РНК, в основному міститься в ядрі та плазмі.Розвиток технології секвенування та біоінформатики дозволяє ідентифікувати численні нові lncRNA та пов’язувати їх із біологічними функціями.Накопичені дані свідчать про те, що lncRNA широко залучена до епігенетичної регуляції, регуляції транскрипції та регуляції після транскрипції.
-
Секвенування малих РНК-Illumina
Мала РНК відноситься до класу некодуючих молекул РНК, які зазвичай мають довжину менше 200 нт, включаючи мікроРНК (міРНК), малу інтерференційну РНК (міРНК) і РНК, що взаємодіє з piwi (piРНК).
МікроРНК (міРНК) — це клас ендогенних малих РНК довжиною приблизно 20-24 нт, які виконують низку важливих регуляторних ролей у клітинах.мікроРНК бере участь у багатьох життєвих процесах, які виявляють специфічну експресію в тканинах і стадіях і є висококонсервативними у різних видів.
-
секвенування circRNA-Illumina
Повне секвенування транскриптомів призначене для профілювання всіх типів молекул РНК, включаючи кодуючі (мРНК) і некодуючі РНК (включаючи lncRNA, circRNA і miRNA), які транскрибуються певними клітинами в певний час.Секвенування цілого транскриптома, також відоме як «загальне секвенування РНК», спрямоване на виявлення комплексних регуляторних мереж на рівні транскриптома.Використовуючи переваги технології NGS, послідовності цілих продуктів транскриптомів доступні для аналізу цеРНК і спільного аналізу РНК, що забезпечує перший крок до функціональної характеристики.Виявлення регуляторної мережі circRNA-miRNA-mRNA на основі ceRNA.
