Метагеномічне секвенування -ngs
Метагеном - це сукупність загального генетичного матеріалу змішаної спільноти організмів, таких як екологічні та людські метагеноми. Він містить геноми як культивних, так і некультиваційних мікроорганізмів. Метагеномічне секвенування рушниці з NGS дозволяє вивчити ці складні геномні ландшафти, вбудовані в зразки навколишнього середовища, забезпечуючи більше, ніж таксономічне профілювання, даючи також деталізовані уявлення про різноманітність видів, динаміку достатку та складні структури населення. Крім таксономічних досліджень, метагеноміка рушниці також пропонує функціональну перспективу геноміки, що дозволяє вивчити кодовані гени та їх передбачувані ролі в екологічних процесах. Нарешті, встановлення кореляційних мереж між генетичними елементами та факторами навколишнього середовища сприяє цілісному розумінню складної взаємодії між мікробними спільнотами та їх екологічним походженням. На закінчення, метагеномічне секвенування виступає як ключовий інструмент для розгадування геномних тонкощів різноманітних мікробних спільнот, висвітлення багатогранних взаємозв'язків між генетикою та екологією в цих складних екосистемах.
Платформи: Illumina Novaseq та DNBSEQ-T7
Переваги послуг
●Метод ізоляції та культивації для профілювання мікробних спільнот: Увімкнення секвенування генетичного матеріалу з некультурних організмів.
●Висока роздільна здатність: Виявити види низької кількості у зразках навколишнього середовища.
●Комплексний аналіз біоінформатики:Зосередився не лише на таксономічному різноманітті, але й на функціональному різноманітті громади.
●Великий досвід:Завдяки успішному закриттю декількох проектів метагеноміки в різних науково -дослідних сферах та обробці понад 200 000 зразків, наша команда приносить багатий досвід кожного проекту.
Технічні характеристики послуг
| Платформа послідовності | Стратегія послідовності | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| Illumina novaseq або dnbseq-T7 | PE150 | 6-20 Гб | Q30≥85% |
Вимоги до обслуговування
| Концентрація (нг/мкл) | Загальна сума (Нг) | Об'єм (мкл) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ґрунт/мул: 2-3 г
● Кишковий вміст-тварина: 0,5-2г
● Кишковий зміст-вставка: 0,1-0,25г
● Поверхня рослин (збагачений осад): 0,5-1г
● Збагачений бульйон, збагачений бульйон): 0,2-0,5г
● Фекси (великі тварини): 0,5-2 г
● Фекси (миша): 3-5
● Легенева альвеолярна промивальна рідина: фільтрування паперу
● Вагінальний тампон: 5-6 тампони
● Шкіра/генітальна тампон/слина/пероральна м’яка тканина/глотка-мазок/ректальний тампон: 2-3 тампони
● Поверхневий мікроорганізм: 5-6 тампони
● Водне тіло/повітря/біоплівка: фільтрувальний папір
● Ендофіти: 2-3г
● Стоматологічна нальота: 0,5-1г
РОБОТИ РОБОТА
Доставка зразків
Будівництво бібліотеки
Послідовність
Аналіз даних
Послуги після продажу
Включає такий аналіз:
● Послідовність контролю якості даних
● Збір метагеномів та прогнозування генів
● Анотація генів
● Аналіз різноманітності таксономічного альфа
● Функціональний аналіз спільноти: біологічна функція, метаболічна, антибіотична резистентність
● Аналіз як функціонального, так і таксономічного різноманіття:
Аналіз різноманітності бета -версії
Міжгруповий аналіз
Кореляційний аналіз: між факторами навколишнього середовища та складом та різноманітністю
Функціональний аналіз: резистентність до карт
Диференціальний аналіз метаболічних шляхів Кегга: теплова карта значних шляхів
Альфа -різноманітність таксономічного розподілу: індекс ACE
Бета -різноманітність таксономічного розподілу: PCOA
Дослідіть просування, спричинені службами секвенування метагеномів BMKGENE з Illumina через кураторську колекцію публікацій.
Хай, Q. та ін. (2023) "Метагеномічний та метаболомічний аналіз змін кишечника вмісту веселки (онкорхінч -міцик), заражені інфекційним вірусом гемопоетичного некрозу при різних температурах води культури",Кордони в мікробіології, 14, с. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Мао, C. та ін. (2023) «Мікробні спільноти, гени резистентності та резистові ризики у міських озерах різних трофічних станів: внутрішні зв’язки та зовнішні впливи»,Журнал небезпечних матеріалів, 9, с. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Су, М. та ін. (2022) "Метагеномічний аналіз виявив відмінності у складі та функції між рідинними та твердими асоційованими мікроорганізмами овець",Кордони в мікробіології, 13, с. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Інь, Дж. Та ін. (2023) 'ожиріння мікробіоти, що походить від свиней, реєструє метаболізм карнітину для сприяння осадженню м’язових жирних кислот у худорлявих свиней',Інновації, 4 (5), с. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Чжао, X. та ін. (2023) "Метагеномічні уявлення про потенційні ризики репрезентативного біо-/не розкладаються пластикове та непластичне сміття у верхніх та нижніх досягненнях лиману Хайе, Китай",Наука про загальне середовище, 887, с. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
