Теплова карта
Інструмент Heatmap приймає файл матричних даних як вхідні дані та дозволяє користувачам фільтрувати, нормалізувати та кластеризувати дані. Основним варіантом використання теплових карт є кластерний аналіз рівня експресії генів між різними зразками.
Анотація генів
Інструмент анотації генів виконує анотацію генів на основі вирівнювання послідовностей вхідних файлів FASTA з різними базами даних.
Базовий інструмент пошуку локального вирівнювання (BLAST)
Інструмент BLAST — це інтегрована з BMKCloud версія NCBI BLAST, яку можна використовувати для виконання тих самих функцій, використовуючи дані, завантажені до облікового запису BMKCloud.
Прогнозування CDS_UTR
Інструмент прогнозування CDS_UTR розроблений для прогнозування кодуючих (CDS) та некодуючих (UTR) ділянок у заданих послідовностях транскриптів на основі результатів BLAST порівняно з відомими базами даних білків та результатами прогнозування ORF.
Манхеттенська ділянка
Інструмент «Манхеттенський графік» дозволяє відображати експерименти з великою кількістю вибірок і зазвичай використовується в дослідженнях асоціації всього геному (GWAS).
Діаграма Circos
Інструмент CIRCOS Diagram забезпечує ефективну візуалізацію розподілу геномних ознак по всьому геному. Спільні ознаки включають кількісні локуси, SNP, InDels, структурні варіанти та варіанти кількості копій.
Збагачення генної онтології (GO)
Інструмент збагачення GO забезпечує аналіз функціонального збагачення. Основним програмним забезпеченням у цьому інструменті є пакет TopGO-Bioconductor, який включає аналіз диференціальної експресії, аналіз збагачення GO та візуалізацію результатів.
Аналіз зваженої мережі коекспресії генів (WGCNA)
WGCNA – це широко використовуваний метод інтелектуального аналізу даних для виявлення модулів коекспресії генів. Він застосовується до різних наборів даних про експресію, включаючи дані мікрочипів та NGS.
ІнтерПроСкан
Інструмент InterProScan забезпечує аналіз та класифікацію послідовностей білків InterPro.
Збагачення GO KEGG
Інструмент збагачення GO KEGG розроблений для створення гістограми збагачення GO, гістограми збагачення KEGG та шляху збагачення KEGG на основі наданого набору генів та відповідної анотації.