Секвенування повного транскриптому – Illumina
Особливості
● Подвійне створення бібліотеки для секвенування повного транскриптома: бібліотека з виснаженням рРНК та підготовка малої бібліотеки РНК.
● Повний біоінформаційний аналіз мРНК, довгої некодуючій РНК, циркулярної РНК та мікроРНК в окремих біоінформаційних звітах, а також спільний аналіз з урахуванням усієї експресії РНК, включаючи аналіз мереж цеРНК.
Переваги сервісу
●Широкий досвідМи опрацювали понад 2100 повних проектів транскриптомів, що охоплюють різні типи зразків. Ми привносимо свій багатий досвід у кожен проект.
●Суворий контроль якостіМи впроваджуємо основні контрольні точки на всіх етапах, від підготовки зразків до підготовки бібліотеки, секвенування та біоінформатики. Наш ретельний моніторинг забезпечує отримання стабільно високоякісних результатів.
●Вичерпна анотаціяМи використовуємо кілька баз даних для функціональної анотації диференційно експресованих генів (DEG) та проведення відповідних аналізів збагачення. Цей комплексний підхід надає розуміння клітинних та молекулярних процесів, що лежать в основі транскриптомної відповіді, гарантуючи, що ви отримаєте всю можливу інформацію про дані вашого експерименту.
●Поглиблений аналіз регуляторних мережАналіз мережі цеРНК став можливим завдяки спільному секвенуванню мРНК, довгої некротичної РНК, циркулярної РНК та мікроРНК, а також завдяки вичерпному біоінформаційному робочому процесу.
●Післяпродажна підтримкаМи розуміємо, наскільки важливо бути присутнім на проекті, тому наші зобов'язання поширюються після завершення проекту та пропонують 3-місячний післяпродажний період обслуговування. Протягом цього часу ми пропонуємо супровід проекту, допомогу в усуненні несправностей та сесії запитань і відповідей, щоб відповісти на будь-які запитання, пов'язані з результатами.
Вимоги до зразків та доставка
| Бібліотека | Стратегія секвенування | Рекомендовані дані | Контроль якості |
| рРНК деплетована | Ілюміна PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Вибраний розмір | Ілюміна SE50 | 10-20 мільйонів переглядів |
Вимоги до зразка:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/мкл) | Кількість (мкг) | Чистота | Цілісність |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Обмежене або відсутнє забруднення білком чи ДНК на гелі. | РІН≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; обмежене або відсутнє підняття базової лінії |
Рекомендована доставка зразків
Контейнер: центрифужна пробірка об'ємом 2 мл (використання олов'яної фольги не рекомендується)
Зразок позначення: Група+репліка, наприклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Відвантаження:
1. Сухий лід: Зразки потрібно упакувати в пакети та закопати в сухому льоду.
2. Пробірки для стабілізації РНК: зразки РНК можна висушити в пробірці для стабілізації РНК (наприклад, RNAstable®) та транспортувати за кімнатної температури.
Робочий процес служби
Дизайн експерименту
Доставка зразків
Екстракція РНК
Будівництво бібліотеки
Секвенування
Аналіз даних
Післяпродажне обслуговування
Біоінформатика
Окрім аналізу кожного окремого типу, у нашому спільному аналізі об'єднані 4 типи РНК:
- Аналіз коекспресії між усіма різними типами даних РНК
- Огляд експресії РНК
- Огляд диференціальних виразів
- Мережа CeRNA
- Ключові гени, інтегровані в шлях
- Аналіз збереження
- Орієнтація на відносини
Огляд експресії РНК
Диференційно експресовані гени
аналіз цеРНК
Диференційно експресовані мікроРНК та споріднені РНК
Ознайомтеся з дослідницькими досягненнями, що сприяють послугам секвенування цілих транскриптомів BMKGene, за допомогою кураторської колекції публікацій.
Дай, Ю. та ін. (2022) «Комплексні профілі експресії мРНК, довгих некодуючих РНК та мікроРНК при хворобі Кашина-Бека, ідентифіковані за допомогою РНК-секвенування»,Молекулярна оміка, 18(2), стор. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Лю, Н. Нан та ін. (2022) «Повнорозмірний транскриптомний аналіз холодостійкості Apis cerana в горах Чанбайшань протягом зимового періоду».Джин, 830, с. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ван, Х. Дж. та ін. (2022) «Пріоритизація конкуруючих ендогенних мереж регуляції РНК при дрібноклітинному раку легень на основі багатоомічної інтеграції: молекулярні характеристики та кандидати на ліки»,Рубежі в онкології, 12, стор. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сюй, П. та ін. (2022) «Інтегрований аналіз профілів експресії lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA розкриває нові можливості розуміння потенційних механізмів у відповідь на галові нематоди в арахісі».Геноміка BMC, 23(1), с. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/РИСУНКИ/7.
Ян, З. та ін. (2022) «Секвенування РНК цілої транскриптоми висвітлює молекулярні механізми, пов'язані зі збереженням післязбиральної якості броколі за допомогою опромінення червоним світлодіодом»,Післязбиральна біологія та технологія, 188, с. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHAVRBIO.2022.111878.
