Pagsusuri ng Eukaryotic mRNA (May mga opsyon na batay sa sanggunian at de novo)
Ang pipeline na ito ay gumagamit ng NGS RNA-Seq data bilang input at nagbubunga ng mga resulta mula sa maraming downstream analyses kabilang ngunit hindi limitado sa: pagtatasa ng kalidad ng sequencing data,bagoanotasyon ng site ng transkripsyon, pagsusuri ng variable splicing, pagsusuri ng differential expression, anotasyon ng function at pagsusuri ng pagpapayaman.
Mahabang Pagsusuri ng RNA na hindi nagko-code
Ang mga mahahabang non-coding RNA (lncRNA) ay mga non-coding transcript na may haba na higit sa 200 nt at kilalang gumaganap ng mga papel sa organisasyon at regulasyon ng chromatin. Ang mga high-throughput sequencing na teknolohiya at bioinformatic ay nagbigay-daan sa ating pag-unawa sa mga lncRNA sequence at impormasyon sa pagpoposisyon upang matukoy ang mga lncRNA na may mahahalagang regulatory function. Ang pipeline na ito ay nagbibigay ng pagsusuri ng lncRNA bilang karagdagan sa mga pagsusuring nabanggit sa pipeline ng Eukaryotic mRNA Analysis.
Pagkakasunod-sunod ng amplicon ng 16S/18S/ITS
Ang pipeline ng pagsusuri ng diversity ng mikrobyo ng Amplicon Sequencing ay binuo batay sa mga taon ng karanasan sa pagsusuri ng proyektong microbial diversity. Ang pipeline ay naglalaman ng standardized basic analysis, na sumasaklaw sa pangunahing nilalaman ng pagsusuri ng kasalukuyang pananaliksik sa mikrobyo at personalized na pagsusuri. Ang ulat ng pagsusuri ay mayaman at komprehensibo, na may opsyon na magsagawa ng magkakaibang personal na pagsusuri. Bukod pa rito, ang mga sample at grupo ay maaaring baguhin nang mabilisan para sa karagdagang pagpapasadya at kontrol.
Pagsusuri ng Metagenomics ng Shotgun
Ang pipeline ng Shotgun Metagenomic Analysis ay gumagamit ng datos ng NGS mula sa mga pinaghalong genomic na materyales na kinuha mula sa mga sample sa kapaligiran. Ang mga kasama na pagsusuri ay nagbibigay ng detalyadong impormasyon tungkol sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istruktura ng populasyon, ugnayan ng pilohenetiko, mga functional gene, at mga network ng ugnayan sa mga salik sa kapaligiran.
Pagsusuri ng Baryante ng NGS-WGS
Ang NGS-WGS Variant Analysis ay isang pinagsamang variant detection pipeline na nagsasagawa ng data quality control, sequence alignment, annotation, at gene mutation analysis. Sinusundan ng pipeline ang mga pinakamahusay na kasanayan ng GATK para sa SNP at InDel detection at ginagamit ang Manta para sa structural variant calling.
Pag-aaral sa Malawakang Asosasyon ng Genome (GWAS)
Ang pipeline ng GWAS ay isang downstream analysis na kumukuha ng mga dating nabuong VCF file at kaukulang datos ng phenotype para sa isang cohort ng mga indibidwal bilang input. Gamit ang mga partikular na istatistikal na metodolohiya, nilalayon ng GWAS na tuklasin ang mga pagkakaiba-iba ng nucleotide sa buong genome na may kaugnayan sa mga pagkakaiba sa phenotypic. Ito ay gumaganap ng isang mahalagang papel sa paggalugad ng mga functional gene na nauugnay sa mga kumplikadong sakit ng tao at masalimuot na katangian sa mga halaman at hayop.
Pagsusuri ng Bulk Segregation (BSA)
Ang pagsusuri ng BSA ay kinabibilangan ng pagsasama-sama ng mga indibidwal na may matinding phenotypic na katangian mula sa isang naghihiwalay na populasyon. Sa pamamagitan ng paghahambing ng mga differential loci sa pagitan ng mga pinagsamang sample, mabilis na natutukoy ng pamamaraang ito ang mga malapit na magkakaugnay na molecular marker na nauugnay sa mga target gene. Malawakang ginagamit sa genetic mapping ng mga halaman at hayop, ito ay isang mahalagang kagamitan para sa marker-assisted breeding.
Pagsusuri ng Ebolusyonaryong Henetika
Ginagamit ng daloy ng trabaho ng Evolutionary Genetics Analysis ang malawak na karanasan ng BMKGENE sa mga proyekto ng genetic evolution at kabilang dito ang phylogenetic tree construction, linkage disequilibrium analysis, genetic diversity assessment, selective sweep identification, kinship analysis, principal component analysis, at population structure characterization.
