ეუკარიოტული mRNA ანალიზი (ხელმისაწვდომია როგორც რეფერენსზე დაფუძნებული, ასევე de novo ვარიანტები)
ეს მილსადენი იყენებს NGS RNA-Seq მონაცემებს, როგორც შემავალ მონაცემებს და წარმოქმნის შედეგებს მრავალი შემდგომი ანალიზიდან, მათ შორის, მაგრამ არა მხოლოდ: სეკვენირების მონაცემების ხარისხის შეფასება,დე ნოვოტრანსკრიფციის ადგილის ანოტაცია, ცვლადების სპლაისინგის ანალიზი, დიფერენციალური ექსპრესიის ანალიზი, ფუნქციის ანოტაცია და გამდიდრების ანალიზი.
ხანგრძლივი არაკოდირებული რნმ ანალიზი
გრძელი არაკოდირებული რნმ (lncRNA) არის არაკოდირებული ტრანსკრიპტები, რომელთა სიგრძე 200 ნტ-ზე მეტია და ცნობილია, რომ ისინი მნიშვნელოვან როლს ასრულებენ ქრომატინის ორგანიზაციასა და რეგულაციაში. მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირების ტექნოლოგიებმა და ბიოინფორმატიკამ ხელი შეუწყო ჩვენი გაგებას lncRNA თანმიმდევრობებისა და პოზიციონირების შესახებ ინფორმაციის შესახებ, რათა იდენტიფიცირდეს კრიტიკული მარეგულირებელი ფუნქციების მქონე lncRNA-ები. ეს პროექტი უზრუნველყოფს lncRNA ანალიზს ეუკარიოტული mRNA ანალიზის პროექტში ნახსენები ანალიზების გარდა.
16S/18S/ITS ამპლიკონის სეკვენირება
Amplicon Sequencing-ის მიკრობული მრავალფეროვნების ანალიზის პროექტი შემუშავდა მიკრობული მრავალფეროვნების პროექტების ანალიზში მრავალწლიანი გამოცდილების საფუძველზე. პროექტი შეიცავს სტანდარტიზებულ საბაზისო ანალიზს, რომელიც მოიცავს მიმდინარე მიკრობული კვლევის ძირითად ანალიზის შინაარსს და პერსონალიზებულ ანალიზს. ანალიზის ანგარიში მდიდარი და ყოვლისმომცველია, მრავალფეროვანი პერსონალური ანალიზის ჩატარების შესაძლებლობით. გარდა ამისა, ნიმუშების და ჯგუფების მოდიფიცირება შესაძლებელია მომენტალურად დამატებითი პერსონალიზაციისა და კონტროლისთვის.
თოფის მეტაგენომიკის ანალიზი
Shotgun Metagenomic Analysis-ის პროექტი იყენებს გარემოს ნიმუშებიდან ამოღებული შერეული გენომური მასალებიდან აღებული NGS მონაცემებს. ჩართული ანალიზები გვაწვდის დეტალურ ინფორმაციას სახეობების მრავალფეროვნებისა და სიმრავლის, პოპულაციის სტრუქტურის, ფილოგენეტიკური კავშირის, ფუნქციური გენების და გარემო ფაქტორებთან კორელაციის ქსელების შესახებ.
NGS-WGS ვარიანტის ანალიზი
NGS-WGS ვარიანტების ანალიზი არის ინტეგრირებული ვარიანტების აღმოჩენის პროცესი, რომელიც ახორციელებს მონაცემთა ხარისხის კონტროლს, თანმიმდევრობის გასწორებას, ანოტაციას და გენის მუტაციის ანალიზს. პროცესი მიჰყვება GATK-ის საუკეთესო პრაქტიკას SNP და InDel აღმოჩენისთვის და იყენებს Manta-ს სტრუქტურული ვარიანტების გამოძახებისთვის.
გენომის ფართო ასოციაციის კვლევა (GWAS)
GWAS მილსადენი არის შემდგომი ანალიზი, რომელიც შეყვანის სახით იღებს ადრე გენერირებულ VCF ფაილებს და შესაბამის ფენოტიპურ მონაცემებს ინდივიდების ჯგუფისთვის. სპეციფიკური სტატისტიკური მეთოდოლოგიების გამოყენებით, GWAS-ის მიზანია გამოავლინოს გენომის მასშტაბით ნუკლეოტიდური ვარიაციები, რომლებიც კორელირებულია ფენოტიპურ განსხვავებებთან. ის გადამწყვეტ როლს ასრულებს ფუნქციური გენების შესწავლაში, რომლებიც დაკავშირებულია ადამიანის რთულ დაავადებებთან და მცენარეებსა და ცხოველებში რთულ მახასიათებლებთან.
მასობრივი სეგრეგაციის ანალიზი (BSA)
BSA ანალიზი გულისხმობს სეგრეგირებული პოპულაციიდან ექსტრემალური ფენოტიპური ნიშნების მქონე ინდივიდების გაერთიანებას. გაერთიანებულ ნიმუშებს შორის დიფერენციალური ლოკუსების შედარებით, ეს მიდგომა სწრაფად ახდენს სამიზნე გენებთან დაკავშირებული მჭიდროდ დაკავშირებული მოლეკულური მარკერების იდენტიფიცირებას. ფართოდ გამოიყენება მცენარეებისა და ცხოველების გენეტიკურ რუკებში და წარმოადგენს ღირებულ ინსტრუმენტს მარკერებით დახმარებული სელექციისთვის.
ევოლუციური გენეტიკური ანალიზი
ევოლუციური გენეტიკის ანალიზის სამუშაო პროცესი იყენებს BMKGENE-ის ვრცელ გამოცდილებას გენეტიკური ევოლუციის პროექტებში და მოიცავს ფილოგენეტიკური ხის აგებას, კავშირის დისბალანსის ანალიზს, გენეტიკური მრავალფეროვნების შეფასებას, შერჩევითი სკანირების იდენტიფიკაციას, ნათესაური კავშირების ანალიზს, მთავარი კომპონენტების ანალიზს და პოპულაციის სტრუქტურის დახასიათებას.
