Analisis mRNA Eukariotik (Tersedia opsi berbasis referensi dan de novo)
Pipeline ini menggunakan data NGS RNA-Seq sebagai input dan menghasilkan hasil dari berbagai analisis hilir termasuk namun tidak terbatas pada: penilaian kualitas data sekuensing,de novoanotasi situs transkripsi, analisis penyambungan variabel, analisis ekspresi diferensial, anotasi fungsi, dan analisis pengayaan.
Analisis RNA non-coding panjang
RNA non-coding panjang (lncRNA) adalah transkrip non-coding dengan panjang lebih dari 200 nt dan diketahui berperan dalam organisasi dan regulasi kromatin. Teknologi sekuensing berkecepatan tinggi dan bioinformatika telah memberdayakan pemahaman kita tentang sekuens lncRNA dan informasi posisi untuk mengidentifikasi lncRNA dengan fungsi regulasi yang penting. Pipeline ini menyediakan analisis lncRNA selain analisis yang disebutkan dalam pipeline Analisis mRNA Eukariotik.
Pengurutan amplikon 16S/18S/ITS
Pipeline analisis keanekaragaman mikroba Amplicon Sequencing dikembangkan berdasarkan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba. Pipeline ini berisi analisis dasar terstandarisasi, yang mencakup konten analisis utama penelitian mikroba saat ini dan analisis yang dipersonalisasi. Laporan analisisnya kaya dan komprehensif, dengan opsi untuk melakukan beragam analisis pribadi. Selain itu, sampel dan kelompok dapat dimodifikasi secara langsung untuk penyesuaian dan kontrol tambahan.
Analisis Metagenomik Shotgun
Pipeline Analisis Metagenomik Shotgun menggunakan data NGS dari materi genomik campuran yang diekstrak dari sampel lingkungan. Analisis yang disertakan memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.
Analisis Varian NGS-WGS
Analisis Varian NGS-WGS adalah alur kerja deteksi varian terintegrasi yang melakukan kontrol kualitas data, penyelarasan sekuens, anotasi, dan analisis mutasi gen. Alur kerja ini mengikuti praktik terbaik GATK untuk deteksi SNP dan InDel serta menggunakan Manta untuk penentuan varian struktural.
Studi Asosiasi Seluruh Genom (GWAS)
Pipeline GWAS adalah analisis hilir yang mengambil file VCF yang telah dibuat sebelumnya dan data fenotipe yang sesuai untuk sekelompok individu sebagai input. Dengan menggunakan metodologi statistik tertentu, GWAS bertujuan untuk mengungkap variasi nukleotida di seluruh genom yang berkorelasi dengan perbedaan fenotipe. GWAS memainkan peran penting dalam mengeksplorasi gen fungsional yang terkait dengan penyakit kompleks pada manusia dan sifat-sifat rumit pada tumbuhan dan hewan.
Analisis Segregasi Massal (BSA)
Analisis BSA melibatkan penggabungan individu dengan sifat fenotipik ekstrem dari populasi yang mengalami segregasi. Dengan membandingkan lokus diferensial antara sampel yang digabungkan, pendekatan ini dengan cepat mengidentifikasi penanda molekuler yang terkait erat dengan gen target. Digunakan secara luas dalam pemetaan genetik tanaman dan hewan, metode ini merupakan alat yang berharga untuk pemuliaan tanaman dengan bantuan penanda genetik.
Analisis Genetika Evolusioner
Alur kerja Analisis Genetika Evolusioner memanfaatkan pengalaman luas BMKGENE dalam proyek evolusi genetik dan mencakup konstruksi pohon filogenetik, analisis ketidakseimbangan tautan, penilaian keragaman genetik, identifikasi seleksi alam, analisis kekerabatan, analisis komponen utama, dan karakterisasi struktur populasi.
