Eikariotu mRNS analīze (pieejamas uz references bāzes un de novo iespējas)
Šis cauruļvads kā ievadi izmanto NGS RNS-Seq datus un ģenerē rezultātus no vairākām lejupējām analīzēm, tostarp, bet ne tikai: sekvencēšanas datu kvalitātes novērtējuma,no jaunatranskripcijas vietas anotācija, mainīgo splaisu analīze, diferenciālās ekspresijas analīze, funkciju anotācija un bagātināšanas analīze.
Gara nekodējoša RNS analīze
Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir nekodējoši transkripti, kuru garums pārsniedz 200 nt un kuriem ir zināma nozīme hromatīna organizācijā un regulācijā. Augstas caurlaidības sekvencēšanas tehnoloģijas un bioinformātika ir ļāvušas mums izprast lncRNS sekvences un pozicionēšanas informāciju, lai identificētu lncRNS ar svarīgām regulējošām funkcijām. Šis process nodrošina lncRNS analīzi papildus analīzēm, kas minētas eikariotu mRNS analīzes procesā.
16S/18S/ITS amplikonu sekvencēšana
Amplicon Sequencing mikrobu daudzveidības analīzes process tika izstrādāts, balstoties uz daudzu gadu pieredzi mikrobu daudzveidības projektu analīzē. Process ietver standartizētu pamatanalīzi, kas aptver pašreizējo mikrobu pētījumu galveno analīzes saturu un personalizētu analīzi. Analīzes ziņojums ir bagātīgs un visaptverošs, ar iespēju veikt daudzveidīgu personalizētu analīzi. Turklāt paraugus un grupas var modificēt acumirklī, lai nodrošinātu papildu pielāgošanu un kontroli.
Bise metagenomikas analīze
Shotgun metagenomiskās analīzes kanālā tiek izmantoti NGS dati no jauktiem genoma materiāliem, kas iegūti no vides paraugiem. Iekļautās analīzes sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīkliem ar vides faktoriem.
NGS-WGS variantu analīze
NGS-WGS variantu analīze ir integrēta variantu noteikšanas sistēma, kas veic datu kvalitātes kontroli, secību saskaņošanu, anotēšanu un gēnu mutāciju analīzi. Sistēma ievēro GATK labāko praksi SNP un InDel noteikšanai un strukturālo variantu noteikšanai izmanto Manta.
Genoma mēroga asociācijas pētījums (GWAS)
GWAS cauruļvads ir lejupēja analīze, kurā kā ievaddati tiek izmantoti iepriekš ģenerēti VCF faili un atbilstošie fenotipa dati indivīdu kohortai. Izmantojot īpašas statistikas metodoloģijas, GWAS mērķis ir atklāt genoma mēroga nukleotīdu variācijas, kas korelē ar fenotipiskajām atšķirībām. Tam ir izšķiroša loma funkcionālo gēnu, kas saistīti ar sarežģītām cilvēku slimībām un sarežģītām augu un dzīvnieku īpašībām, izpētē.
Masveida segregācijas analīze (BSA)
BSA analīze ietver indivīdu ar izteiktām fenotipiskām iezīmēm apvienošanu no segregējošas populācijas. Salīdzinot diferenciālos lokusus starp apvienotajiem paraugiem, šī pieeja ātri identificē cieši saistītus molekulāros marķierus, kas saistīti ar mērķa gēniem. To plaši izmanto augu un dzīvnieku ģenētiskajā kartēšanā, un tas ir vērtīgs instruments marķieru atbalstītai selekcijai.
Evolūcijas ģenētikas analīze
Evolucionārās ģenētiskās analīzes darbplūsma izmanto BMKGENE plašo pieredzi ģenētiskās evolūcijas projektos un ietver filoģenētiskā koka konstruēšanu, saiknes nelīdzsvarotības analīzi, ģenētiskās daudzveidības novērtēšanu, selektīvu slaucīšanas identifikāciju, radniecības analīzi, galveno komponentu analīzi un populācijas struktūras raksturojumu.
