Análisis de ARNm eucariota (opciones basadas en referencias y de novo disponibles)
Este pipeline utiliza datos de NGS RNA-Seq como entrada y produce resultados de múltiples análisis posteriores que incluyen, entre otros: evaluación de la calidad de los datos de secuenciación,de novoAnotación de sitios de transcripción, análisis de empalme variable, análisis de expresión diferencial, anotación de funciones y análisis de enriquecimiento.
Análisis de ARN largo no codificante
Los ARN largos no codificantes (lncRNA) son transcritos no codificantes con longitudes superiores a 200 nucleótidos y se sabe que desempeñan funciones en la organización y regulación de la cromatina. Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y la bioinformática han impulsado nuestra comprensión de las secuencias de lncRNA y la información de posicionamiento para identificar lncRNA con funciones reguladoras cruciales. Este flujo de trabajo proporciona análisis de lncRNA, además de los análisis mencionados en el flujo de trabajo de análisis de ARNm eucariota.
Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS
El flujo de trabajo para el análisis de la diversidad microbiana mediante secuenciación de amplicones se desarrolló a partir de años de experiencia en el análisis de proyectos de diversidad microbiana. Este flujo de trabajo incluye análisis básicos estandarizados, que abarcan el contenido principal de la investigación microbiana actual, así como análisis personalizados. El informe de análisis es completo y exhaustivo, con la opción de realizar diversos análisis personalizados. Además, las muestras y los grupos se pueden modificar en tiempo real para una mayor personalización y control.
Análisis metagenómico de escopeta
El pipeline de análisis metagenómico de secuenciación masiva utiliza datos de secuenciación de nueva generación (NGS) de materiales genómicos mixtos extraídos de muestras ambientales. Los análisis incluidos proporcionan información detallada sobre la diversidad y abundancia de especies, la estructura poblacional, las relaciones filogenéticas, los genes funcionales y las redes de correlación con factores ambientales.
Análisis de variantes NGS-WGS
El análisis de variantes NGS-WGS es una plataforma integrada para la detección de variantes que realiza control de calidad de datos, alineación de secuencias, anotación y análisis de mutaciones genéticas. Esta plataforma sigue las mejores prácticas de GATK para la detección de SNP e InDel y utiliza Manta para la identificación de variantes estructurales.
Estudio de asociación del genoma completo (GWAS)
El proceso de análisis de asociación del genoma completo (GWAS) consiste en un análisis posterior que toma como entrada archivos VCF generados previamente y los datos fenotípicos correspondientes de una cohorte de individuos. Mediante metodologías estadísticas específicas, el GWAS busca descubrir variaciones de nucleótidos en todo el genoma correlacionadas con diferencias fenotípicas. Desempeña un papel crucial en la exploración de genes funcionales asociados con enfermedades humanas complejas y rasgos intrincados en plantas y animales.
Análisis de segregación masiva (BSA)
El análisis BSA consiste en agrupar individuos con rasgos fenotípicos extremos de una población segregante. Al comparar los loci diferenciales entre las muestras agrupadas, este método identifica rápidamente marcadores moleculares estrechamente ligados a genes específicos. Ampliamente utilizado en el mapeo genético de plantas y animales, constituye una valiosa herramienta para el mejoramiento genético asistido por marcadores.
Análisis de genética evolutiva
El flujo de trabajo de análisis de genética evolutiva aprovecha la amplia experiencia de BMKGENE en proyectos de evolución genética e incluye la construcción de árboles filogenéticos, el análisis de desequilibrio de ligamiento, la evaluación de la diversidad genética, la identificación de barridos selectivos, el análisis de parentesco, el análisis de componentes principales y la caracterización de la estructura poblacional.
