ניתוח mRNA אאוקריוטי (אפשרויות מבוססות ייחוס ואפשרויות דה נובו זמינות)
צינור זה משתמש בנתוני NGS RNA-Seq כקלט ומפיק תוצאות מניתוחים מרובים במורד הזרם, כולל אך לא רק: הערכת איכות נתוני ריצוף,דה נובוביאור אתרי שעתוק, ניתוח שחבור משתנים, ניתוח ביטוי דיפרנציאלי, ביאור פונקציות וניתוח העשרה.
ניתוח RNA ארוך שאינו מקודד
RNA ארוך שאינו מקודד (lncRNA) הוא תעתיק שאורכו עולה על 200 ננו-טון, הידוע כבעל תפקידים בארגון ובוויסות הכרומטין. טכנולוגיות ריצוף תפוקה גבוהה וביואינפורמטיקה העצימו את הבנתנו לגבי רצפי lncRNA ומידע מיקום, על מנת לזהות lncRNA בעלי תפקידי בקרה קריטיים. קו ייצור זה מספק ניתוח lncRNA בנוסף לניתוחים המוזכרים בצינור ניתוח mRNA אאוקריוטי.
ריצוף אמפליקונים 16S/18S/ITS
צינור הניתוח של מגוון מיקרוביאלי של Amplicon Sequencing פותח על סמך ניסיון של שנים בניתוח פרויקטים של מגוון מיקרוביאלי. הצינור מכיל ניתוח בסיסי סטנדרטי, המכסה את תוכן הניתוח המרכזי של מחקר מיקרוביאלי עדכני וניתוח מותאם אישית. דוח הניתוח עשיר ומקיף, עם אפשרות לבצע ניתוח אישי מגוון. בנוסף, ניתן לשנות דגימות וקבוצות תוך כדי תנועה להתאמה אישית ובקרה נוספות.
ניתוח מטאגנומיקה של רובה ציד
צינור הניתוח המטאגנומי של Shotgun משתמש בנתוני NGS מחומרים גנומיים מעורבים המופקים מדגימות סביבתיות. הניתוחים הכלולים מספקים מידע מפורט על גיוון ושפע מינים, מבנה אוכלוסייה, קשר פילוגנטי, גנים פונקציונליים ורשתות קורלציה עם גורמים סביבתיים.
ניתוח וריאנט NGS-WGS
ניתוח וריאנטים של NGS-WGS הוא צינור משולב לגילוי וריאנטים המבצע בקרת איכות נתונים, יישור רצפים, ביאור וניתוח מוטציות גנטיות. הצינור פועל לפי שיטות העבודה המומלצות של GATK לגילוי SNP ו-InDel ומשתמש ב-Manta לקריאה לוריאנטים מבניים.
מחקר אסוציאציה כלל-גנומית (GWAS)
צינור ה-GWAS הוא ניתוח במורד הזרם אשר מקבל כקלט קבצי VCF שנוצרו בעבר ונתוני פנוטיפ תואמים עבור קבוצת פרטים. באמצעות מתודולוגיות סטטיסטיות ספציפיות, GWAS שואפת לחשוף וריאציות נוקלאוטידיות כלל-גנומיות המתואמות עם הבדלים פנוטיפיים. הוא ממלא תפקיד מכריע בחקר גנים פונקציונליים הקשורים למחלות אנושיות מורכבות ותכונות מורכבות בצמחים ובבעלי חיים.
ניתוח הפרדה בכמות גדולה (BSA)
ניתוח BSA כרוך באיסוף פרטים בעלי תכונות פנוטיפיות קיצוניות מאוכלוסייה מבודדת. על ידי השוואת לוקוסים דיפרנציאליים בין הדגימות המאוגדות, גישה זו מזהה במהירות סמנים מולקולריים קשורים זה לזה הקשורים לגנים המטרה. גישה זו, הנמצאת בשימוש נרחב במיפוי גנטי של צמחים ובעלי חיים, מהווה כלי בעל ערך לרבייה בסיוע סמנים.
ניתוח גנטיקה אבולוציונית
תהליך העבודה של ניתוח גנטיקה אבולוציונית ממנפ את הניסיון הרב של BMKGENE בפרויקטים של אבולוציה גנטית וכולל בניית עצים פילוגנטיים, ניתוח חוסר שיווי משקל בקישוריות, הערכת גיוון גנטי, זיהוי סלקטיבי, ניתוח קרבה משפחתית, ניתוח רכיבים עיקריים ואפיון מבנה אוכלוסיות.
