ବିବର୍ତ୍ତନଗତ ଜେନେଟିକ୍ସ |
ସେବା ସୁବିଧା
ଟାକାଗି ଇତ୍ୟାଦି,ଉଦ୍ଭିଦ ପତ୍ରିକା |, 2013
Øନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ଏବଂ ଆମିନୋ ଏସିଡ୍ ସ୍ତରରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଉପରେ ଆଧାର କରି ପ୍ରଜାତିର ବିଭେଦ ସମୟ ଏବଂ ଗତିର ଆକଳନ |
Øଏକତ୍ରିତ ବିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ ସମାନ୍ତରାଳ ବିବର୍ତ୍ତନର ସର୍ବନିମ୍ନ ପ୍ରଭାବ ସହିତ ପ୍ରଜାତି ମଧ୍ୟରେ ଅଧିକ ନିର୍ଭରଯୋଗ୍ୟ ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ସମ୍ପର୍କର ପ୍ରକାଶ |
Øଗୁଣ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ଜିନ୍ଗୁଡ଼ିକୁ ଆବିଷ୍କାର କରିବା ପାଇଁ ଜେନେଟିକ୍ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଏବଂ ଫେନୋଟାଇପ୍ ମଧ୍ୟରେ ଲିଙ୍କ୍ ଗଠନ |
Øଜେନେଟିକ ବିବିଧତାକୁ ଆକଳନ କରିବା, ଯାହା ପ୍ରଜାତିର ବିବର୍ତ୍ତନଶୀଳ ସମ୍ଭାବନାକୁ ପ୍ରତିଫଳିତ କରେ |
Øଶୀଘ୍ର ଟର୍ନାରାଉଣ୍ଡ ସମୟ |
Øବିସ୍ତୃତ ଅଭିଜ୍ଞତା: ବିଏମକେ ଜନସଂଖ୍ୟା ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ ସମ୍ବନ୍ଧୀୟ ପ୍ରକଳ୍ପଗୁଡିକରେ 12 ବର୍ଷରୁ ଅଧିକ ସମୟ ଧରି ଶହ ଶହ ପ୍ରଜାତି ଆଚ୍ଛାଦନ କରି ବହୁ ଅଭିଜ୍ଞତା ସଂଗ୍ରହ କରିଛି ଏବଂ ପ୍ରକୃତି ଯୋଗାଯୋଗ, ମଲିକୁଲାର ପ୍ଲାଣ୍ଟ, ପ୍ଲାଣ୍ଟ ବାୟୋଟେକ୍ନୋଲୋଜି ଜର୍ଣ୍ଣାଲ ଇତ୍ୟାଦିରେ ପ୍ରକାଶିତ 80 ରୁ ଅଧିକ ଉଚ୍ଚ ସ୍ତରୀୟ ପ୍ରକଳ୍ପରେ ସହଯୋଗ କରିଛି।
ସେବା ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟକରଣ |
ସାମଗ୍ରୀ:
ସାଧାରଣତ ,, ଅତିକମରେ ତିନୋଟି ଉପ-ଜନସଂଖ୍ୟା (ଯଥା ଉପ-ପ୍ରଜାତି କିମ୍ବା ଷ୍ଟ୍ରେନ୍) ସୁପାରିଶ କରାଯାଏ |ପ୍ରତ୍ୟେକ ଉପ-ଜନସଂଖ୍ୟାରେ ୧୦୦ରୁ କମ୍ ବ୍ୟକ୍ତି ରହିବା ଉଚିତ୍ (ଉଦ୍ଭିଦ ＞ 15, ବିରଳ ପ୍ରଜାତି ପାଇଁ ହ୍ରାସ କରାଯାଇପାରେ) |
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
* ଉଚ୍ଚ-ଗୁଣାତ୍ମକ ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ସହିତ ପ୍ରଜାତିଗୁଡିକ ପାଇଁ WGS ନିୟୋଜିତ ହୋଇପାରିବ, ଯେତେବେଳେ କି SLAF-Seq ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ସହିତ କିମ୍ବା ଖରାପ ଗୁଣର ରେଫରେନ୍ସ ଜିନୋମ ସହିତ ପ୍ରଯୁଜ୍ୟ |
| ଜେନୋମ ଆକାର ପାଇଁ ପ୍ରଯୁଜ୍ୟ | | WGS | SLAF- ଟ୍ୟାଗ୍ସ | (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | ≥ 5 × / ବ୍ୟକ୍ତିଗତ | | 10 |
| 500 Mb - 1.5 Gb | 20 - 30 | |
| 1.5 Gb - 3 Gb | 30 - 40 | |
| ବିଶାଳ ବା ଜଟିଳ ଜେନୋମ | | 40 କିମ୍ବା ଅଧିକ |
ବାୟୋନ୍ଫର୍ମାଟିକ୍ସ ବିଶ୍ଳେଷଣ କରେ |
üବିବର୍ତ୍ତନ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
üସିଲେକ୍ଟ୍ ସୁଇପ୍ |
üଜିନ୍ ପ୍ରବାହ |
üଜନସଂଖ୍ୟା ଇତିହାସ
üବିଭେଦ ସମୟ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା ଏବଂ ବିତରଣ |
ନମୁନା ଆବଶ୍ୟକତା:
| gDNA ନମୁନା | | ଟିସୁ ନମୁନା | |
| ଏକାଗ୍ରତା: ≥30 ng / μl | | ଉଦ୍ଭିଦ: 1-2 ଗ୍ରାମ |
| ପରିମାଣ: ≥2 μg (ଭଲ୍ୟୁମ୍ ≥15 μl) | ଜୀବଜନ୍ତୁ: 0.5-1 ଗ୍ରାମ |
| ଶୁଦ୍ଧତା: OD260 / 280 = 1.6-2.5 | | ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ରକ୍ତ: 1.5 ମିଲି |
ସେବା କାର୍ଯ୍ୟ ପ୍ରବାହ |
ପରୀକ୍ଷଣ ଡିଜାଇନ୍ |
ନମୁନା ବିତରଣ |
ଲାଇବ୍ରେରୀ ନିର୍ମାଣ
କ୍ରମ
ତଥ୍ୟ ବିଶ୍ଳେଷଣ |
ବିକ୍ରୟ ପରେ ସେବା |
*ଏଠାରେ ଦେଖାଯାଇଥିବା ଡେମୋ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ ବାୟୋମାର୍କର ଟେକ୍ନୋଲୋଜି ସହିତ ପ୍ରକାଶିତ ଜେନୋମରୁ |
ବିବର୍ତ୍ତନ ବିଶ୍ଳେଷଣରେ ଜେନେଟିକ ପରିବର୍ତ୍ତନ ଉପରେ ଆଧାର କରି ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛର ନିର୍ମାଣ, ଜନସଂଖ୍ୟା ଗଠନ ଏବଂ PCA ଧାରଣ କରିଥାଏ |
ଫାଇଲୋଜେନେଟିକ୍ ଗଛ ସାଧାରଣ ପିତୃପୁରୁଷଙ୍କ ସହିତ ପ୍ରଜାତି ମଧ୍ୟରେ ଟ୍ୟାକ୍ସୋନୋମିକ୍ ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନିକ ସମ୍ପର୍କକୁ ପ୍ରତିପାଦିତ କରେ |
ଉପ-ଜନସଂଖ୍ୟା ମଧ୍ୟରେ ଘନିଷ୍ଠତାକୁ ଭିଜୁଆଲ୍ କରିବାକୁ PCA ଲକ୍ଷ୍ୟ ରଖିଛି |
ଜନସଂଖ୍ୟା ସଂରଚନା ଆଲେଲେ ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି ଦୃଷ୍ଟିରୁ ଜେନେଟିକ୍ ପୃଥକ ଉପ-ଜନସଂଖ୍ୟାର ଉପସ୍ଥିତି ଦର୍ଶାଏ |
ଚେନ୍, ଇତ୍ୟାଦି |al।,PNAS |, 2020
2. ସିଲେକ୍ଟିଭ୍ ସୁଇପ୍ |
ସିଲେକ୍ଟିଭ୍ ସ୍ୱିପ୍ ଏକ ପ୍ରକ୍ରିୟାକୁ ବୁ refers ାଏ ଯାହା ଦ୍ an ାରା ଏକ ସୁବିଧାଜନକ ସାଇଟ୍ ଚୟନ କରାଯାଇଥାଏ ଏବଂ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇଥିବା ନିରପେକ୍ଷ ସାଇଟଗୁଡିକର ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି ବ increased ିଯାଏ ଏବଂ ଲିଙ୍କ୍ ହୋଇନଥିବା ସାଇଟଗୁଡିକର ଫ୍ରିକ୍ୱେନ୍ସି କମିଯାଏ, ଫଳସ୍ୱରୂପ ଆଞ୍ଚଳିକ ହ୍ରାସ ହୁଏ |
ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ ପଦକ୍ଷେପରେ (100 Kb) ଏକ ସ୍ଲାଇଡିଂ ୱିଣ୍ଡୋ (100 Kb) ମଧ୍ୟରେ ସମସ୍ତ ଜେନେଟିକ୍ ଇଣ୍ଡେକ୍ସ population π st Fst, ତାଜିମାଙ୍କ D) ଗଣନା କରି ଚୟନକାରୀ ସ୍ୱିପ୍ ଅଞ୍ଚଳରେ ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ ଚିହ୍ନଟ ପ୍ରକ୍ରିୟା କରାଯାଏ |
ନ୍ୟୁକ୍ଲିଓଟାଇଡ୍ ବିବିଧତା (π）)
ତାଜିମାଙ୍କ ଡି
ଫିକ୍ସିଂ ଇଣ୍ଡେକ୍ସ (Fst)
ୱୁ, ଇତ୍ୟାଦିal।,ମଲିକୁଲାର ଉଦ୍ଭିଦ |, 2018
3. ଜିନ୍ ଫ୍ଲୋ
ୱୁ, ଇତ୍ୟାଦିal।,ମଲିକୁଲାର ଉଦ୍ଭିଦ |, 2018
4. ଡେମୋଗ୍ରାଫିକ୍ ଇତିହାସ |
Zhang ାଙ୍ଗ, ଇତ୍ୟାଦିal।,ପ୍ରକୃତି ଇକୋଲୋଜି ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ |, 2021
5. ବିବିଧତା ସମୟ |
Zhang ାଙ୍ଗ, ଇତ୍ୟାଦିal।,ପ୍ରକୃତି ଇକୋଲୋଜି ଏବଂ ବିବର୍ତ୍ତନ |, 2021
BMK କେସ୍ |
ଏକ ଜେନୋମିକ୍ ଭେରିଫିକେସନ୍ ମାନଚିତ୍ରରେ ବସନ୍ତ ଚାଇନିଜ୍ କୋବି (ବ୍ରାସିକା ରାପା ssp। Pekinensis) ଚୟନର ଜେନେଟିକ୍ ଆଧାର ବିଷୟରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରାଯାଇଛି |
ପ୍ରକାଶିତ: ମଲିକୁଲାର ଉଦ୍ଭିଦ |, 2018
କ୍ରମ କ strategy ଶଳ:
ଅନୁସନ୍ଧାନ: କ୍ରମର ଗଭୀରତା: 10 × |
ମୁଖ୍ୟ ଫଳାଫଳଗୁଡିକ
ଏହି ଅଧ୍ୟୟନରେ, ହାରାହାରି 10 × ଗଭୀରତା ସହିତ ପୁନ sequ କ୍ରମାଙ୍କ ପାଇଁ 194 ଟି ଚାଇନିଜ୍ କୋବି ପ୍ରକ୍ରିୟାକରଣ କରାଯାଇଥିଲା, ଯାହାକି 1,208,499 SNP ଏବଂ 416,070 InDels ଉତ୍ପାଦନ କରିଥିଲା |ଏହି 194 ଧାଡିରେ ଫିଲୋଜେନେଟିକ୍ ବିଶ୍ଳେଷଣ ଦର୍ଶାଇଲା ଯେ ଏହି ରେଖାଗୁଡ଼ିକୁ ତିନୋଟି ଇକୋଟାଇପ୍, ବସନ୍ତ, ଗ୍ରୀଷ୍ମ ଏବଂ ଶରତରେ ବିଭକ୍ତ କରାଯାଇପାରେ |ଏଥିସହ, ଜନସଂଖ୍ୟା ଗଠନ ଏବଂ PCA ବିଶ୍ଳେଷଣ ସୂଚାଇ ଦେଇଛି ଯେ ଚାଇନାର ଶାଣ୍ଡୋଙ୍ଗରେ ଏକ ଶରତ କୋବିରୁ ବସନ୍ତ ଚାଇନିଜ୍ କୋବି ଉତ୍ପନ୍ନ ହୋଇଛି |ଏହା ପରବର୍ତ୍ତୀ ସମୟରେ କୋରିଆ ଏବଂ ଜାପାନ ସହିତ ପରିଚିତ ହେଲା, ସ୍ଥାନୀୟ ରେଖା ଅତିକ୍ରମ କଲା ଏବଂ ସେଗୁଡିକର କିଛି ବିଳମ୍ବ-ବୋଲ୍ଟ କିସମ ଚାଇନାକୁ ପୁନ introduced ପରିଚିତ ହେଲା ଏବଂ ଶେଷରେ ବସନ୍ତ ଚାଇନିଜ୍ କୋବି ହେଲା |
ବସନ୍ତ ଚାଇନାର କୋବି ଏବଂ ଶରତ କୋବି ଉପରେ ଜେନୋମ-ୱାଇଡ୍ ସ୍କାନିଂରେ 23 ଟି ଜେନୋମିକ୍ ଲୋକି ପ୍ରକାଶ ପାଇଛି ଯାହା ଦୃ strong ଼ ଚୟନ ଦେଇ ଗତି କରିଛି, ସେଥିମଧ୍ୟରୁ ଦୁଇଟି QTL- ମ୍ୟାପିଂ ଉପରେ ଆଧାର କରି ବୋଲ୍ଟ ଟାଇମ୍ କଣ୍ଟ୍ରୋଲ୍ ଅଞ୍ଚଳ ସହିତ ଆବୃତ ହୋଇଛି |ଏହି ଦୁଇଟି ଅଞ୍ଚଳରେ ମୁଖ୍ୟ ଜିନ୍ ଧାରଣ କରିଥିବା ଦେଖିବାକୁ ମିଳିଥିଲା ଯାହା ଫୁଲକୁ ନିୟନ୍ତ୍ରଣ କରିଥାଏ, BrVIN3.1 ଏବଂ BrFLC1 |ଏହି ଦୁଇଟି ଜିନ୍ ଟ୍ରାନ୍ସକ୍ରିପଟୋମ୍ ଅଧ୍ୟୟନ ଏବଂ ଟ୍ରାନ୍ସଜେନିକ୍ ପରୀକ୍ଷଣ ଦ୍ୱାରା ସମୟ ବୋଲ୍ଟରେ ଜଡିତ ଥିବା ନିଶ୍ଚିତ କରାଯାଇଥିଲା |
 ଚାଇନିଜ୍ କୋବି ଉପରେ ଜନସଂଖ୍ୟା ଗଠନ ବିଶ୍ଳେଷଣ | |  ଚାଇନିଜ୍ କୋବି ଚୟନ ଉପରେ ଜେନେଟିକ୍ ସୂଚନା | |
ଟଙ୍ଗବିଙ୍ଗ, ଇତ୍ୟାଦି |“ଏକ ଜେନୋମିକ୍ ଭେରିଏସନ ମ୍ୟାପ୍ ସ୍ପ୍ରିଙ୍ଗ୍ ଚାଇନିଜ୍ କୋବି (ବ୍ରାସିକା ରାପା ssp.pekinensis) ଚୟନର ଜେନେଟିକ୍ ବେସ୍ ଉପରେ ଅନ୍ତର୍ନିହିତ ସୂଚନା ପ୍ରଦାନ କରେ |”ମଲିକୁଲାର ଉଦ୍ଭିଦ,11 (2018): 1360-1376 |
