Көлемді сегрегант талдауы
Қызметтің артықшылықтары
Такаги және т.б., Зауыт журналы, 2013 ж
● Дәл локализация: фондық шуды азайту үшін 30+30-дан 200+200-ге дейінгі жеке бөліктерді араластыру;синонимдік емес мутанттарға негізделген кандидаттық аймақты болжау.
● Кешенді талдау: кандидат генінің функциясына тереңдетілген аннотация, соның ішінде NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG және т.б.
● Жылдамырақ өңдеу уақыты: 45 жұмыс күні ішінде генді жылдам локализациялау.
● Үлкен тәжірибе: BMK дақылдар, су өнімдері, орман, гүлдер, жемістер және т.б. сияқты әртүрлі түрлерді қамтитын мыңдаған белгілерді локализациялауға үлес қосты.
Қызмет сипаттамалары
Халық саны:
Қарама-қарсы фенотиптері бар ата-аналардың ұрпақтарын бөлу.
мысалы, F2 ұрпақтары, Бэккроссинг (BC), Рекомбинантты инбредтік желі (RIL)
Араластыру бассейні
Сапалық белгілер үшін: 30-дан 50-ге дейін (кемінде 20)/көлемдік
Сандық сипаттамалар үшін: бүкіл популяциядағы экстремалды фенотиптері бар ең жоғары 5% - 10% адамдар (кемінде 30+30).
Ұсынылатын реттілік тереңдігі
Кемінде 20X/ата-ана және 1X/ұрпақ жеке (мысалы, 30+30 жеке ұрпақты араластыру пулы үшін, реттілік тереңдігі бір массаға 30X болады)
Биоинформатикалық талдаулар
● Тұтас геномды қайта секвенирлеу
● Деректерді өңдеу
● SNP/Indel қоңырауы
● Үміткерлердің аймақтық скринингі
● Кандидат генінің функциясына аннотация
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
Нуклеотидтер:
| гДНҚ үлгісі | Тін үлгісі |
| Концентрация: ≥30 нг/мкл | Өсімдіктер: 1-2 г |
| Мөлшері: ≥2 мкг (көлемі ≥15 мкл) | Жануарлар: 0,5-1 г |
| Тазалық: OD260/280= 1,6-2,5 | Жалпы қан: 1,5 мл |
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1. Үміткер аймақты анықтау үшін Евклидтік қашықтық (ED) бойынша ассоциациялық талдау базасы.Келесі суретте
X осі: хромосома саны;Әрбір нүкте SNP ED мәнін білдіреді.Қара сызық орнатылған ED мәніне сәйкес келеді.Жоғары ED мәні сайт пен фенотип арасындағы маңыздырақ байланысты көрсетеді.Қызыл сызықша маңызды байланыстың шегін білдіреді.
2. SNP-индекс негізіндегі ассоциациялық талдау
X осі: хромосома саны;Әрбір нүкте SNP-индекс мәнін білдіреді.Қара сызық орнатылған SNP индексінің мәнін білдіреді.Мән неғұрлым үлкен болса, байланыс соғұрлым маңызды болады.
BMK ісі
Негізгі әсерлі сандық локус Fnl7.1 қиярдағы жеміс мойынының ұзындығына байланысты кеш эмбриогенез мол ақуызды кодтайды.
Жарияланды: Өсімдік биотехнологиясы журналы, 2020
Тізбектеу стратегиясы:
Ата-аналар (Jin5-508, YN): 34 × және 20 × үшін бүкіл геномды қайта секвенирлеу.
ДНҚ пулдары (50 ұзын мойын және 50 қысқа мойын): 61× және 52× үшін қайта секвенирлеу
Негізгі нәтижелер
Бұл зерттеуде бөлектеу популяциясы (F2 және F2:3) Jin5-508 ұзын мойын қияр сызығы мен қысқа мойын YN сызығын кесіп өту арқылы жасалды.Екі ДНҚ пулын 50 экстремалды ұзын мойын адамдары және 50 экстремалды қысқа мойындар жасаған.Негізгі әсер QTL Chr07-де BSA талдауы және дәстүрлі QTL картасы арқылы анықталды.Үміткер аймақ дәл карталау, гендік экспрессияны сандық анықтау және трансгендік эксперименттер арқылы одан әрі тарылды, ол мойын ұзындығын бақылауда негізгі генді ашты, CsFnl7.1.Сонымен қатар, CsFnl7.1 промотор аймағындағы полиморфизм сәйкес өрнекпен байланысты екені анықталды.Әрі қарай филогенетикалық талдау Fnl7.1 локусы Үндістаннан шыққан болуы мүмкін екенін көрсетті.
 Қияр мойнының ұзындығымен байланысты үміткер аймақты анықтау үшін BSA талдауындағы QTL-карталау |  Chr07-де анықталған қияр мойны ұзындығы QTL LOD профильдері |
Сю, X. және т.б.«Fnl7.1 негізгі әсерлі сандық локус қиярдағы жеміс мойынының ұзындығына байланысты кеш эмбриогенездің мол ақуызын кодтайды».Өсімдік биотехнологиясы журналы 18.7(2020).
