ნაყარი სეგრეგანტული ანალიზი
სერვისის უპირატესობები
Takagi et al., მცენარეთა ჟურნალი, 2013 წ
● ზუსტი ლოკალიზაცია: ნაყარის შერევა 30+30-დან 200+200 ადამიანთან ფონური ხმაურის შესამცირებლად;არასინონიმურ მუტატანტებზე დაფუძნებული კანდიდატის რეგიონის პროგნოზირება.
● ყოვლისმომცველი ანალიზი: კანდიდატის გენის ფუნქციის სიღრმისეული ანოტაცია, მათ შორის NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG და ა.შ.
● უფრო სწრაფი შემობრუნების დრო: გენის სწრაფი ლოკალიზაცია 45 სამუშაო დღის განმავლობაში.
● დიდი გამოცდილება: BMK-მ ხელი შეუწყო ათასობით მახასიათებლის ლოკალიზაციას, რომელიც მოიცავს მრავალფეროვან სახეობას, როგორიცაა კულტურები, წყლის პროდუქტები, ტყე, ყვავილები, ხილი და ა.შ.
სერვისის სპეციფიკაციები
მოსახლეობა:
საპირისპირო ფენოტიპების მქონე მშობლების შთამომავლების გამოყოფა.
მაგ. F2 შთამომავლობა, უკან გადაკვეთა (BC), რეკომბინანტული შიდა ხაზი (RIL)
შერევის აუზი
ხარისხობრივი მახასიათებლებისთვის: 30-დან 50-მდე ინდივიდი (მინიმუმ 20)/ნაყარი
რაოდენობრივი ტრატისთვის: ტოპ 5%-დან 10%-მდე ინდივიდები, რომლებსაც აქვთ რომელიმე ექსტრემალური ფენოტიპი მთელ პოპულაციაში (მინიმუმ 30+30).
რეკომენდებული თანმიმდევრობის სიღრმე
მინიმუმ 20X/მშობელი და 1X/შთამომავალი ინდივიდი (მაგ. შთამომავლობის შერევის აუზი 30+30 ინდივიდისთვის, თანმიმდევრობის სიღრმე იქნება 30X თითო ნაყარზე)
ბიოინფორმატიკის ანალიზები
● მთლიანი გენომის რეsequencing
● მონაცემთა დამუშავება
● SNP/Indel დარეკვა
● კანდიდატის რეგიონის სკრინინგი
● კანდიდატის გენის ფუნქციის ანოტაცია
ნიმუშის მოთხოვნები და მიწოდება
ნიმუშის მოთხოვნები:
ნუკლეოტიდები:
| გდნმ ნიმუში | ქსოვილის ნიმუში |
| კონცენტრაცია: ≥30 ნგ/მკლ | მცენარეები: 1-2 გ |
| რაოდენობა: ≥2 μg (მოცულობა ≥15 μl) | ცხოველები: 0,5-1 გ |
| სისუფთავე: OD260/280= 1.6-2.5 | მთლიანი სისხლი: 1,5 მლ |
სერვისის სამუშაო ნაკადი
ექსპერიმენტის დიზაინი
ნიმუშის მიწოდება
რნმ-ის ექსტრაქცია
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
გაყიდვის შემდგომი მომსახურება
1. ასოციაციის ანალიზის ბაზა ევკლიდეს დისტანციაზე (ED) კანდიდატი რეგიონის იდენტიფიცირებისთვის.შემდეგ ფიგურაში
X-ღერძი: ქრომოსომის რიცხვი;თითოეული წერტილი წარმოადგენს SNP-ის ED მნიშვნელობას.შავი ხაზი შეესაბამება მორგებულ ED მნიშვნელობას.უფრო მაღალი ED მნიშვნელობა მიუთითებს უფრო მნიშვნელოვან კავშირზე ადგილსა და ფენოტიპს შორის.წითელი ტირე ხაზი წარმოადგენს მნიშვნელოვანი ასოციაციის ზღურბლს.
2. ასოციაციის ანალიზი არ ეფუძნება SNP-ის ინდექსს
X-ღერძი: ქრომოსომის რიცხვი;თითოეული წერტილი წარმოადგენს SNP ინდექსის მნიშვნელობას.შავი ხაზი დგას დამონტაჟებული SNP-ინდექსის მნიშვნელობაზე.რაც უფრო დიდია მნიშვნელობა, მით უფრო მნიშვნელოვანი ასოციაციაა.
BMK საქმე
ძირითადი ეფექტის რაოდენობრივი თვისების ლოკუსი Fnl7.1 კოდირებს გვიანი ემბრიოგენეზის უხვი პროტეინს, რომელიც დაკავშირებულია ნაყოფის ყელის სიგრძესთან კიტრში.
გამოქვეყნებულია: მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი2020 წელი
თანმიმდევრობის სტრატეგია:
მშობლები (Jin5-508, YN): მთლიანი გენომის გადანაწილება 34× და 20×.
დნმ-ის აუზები (50 გრძელყელიანი და 50 მოკლეყელიანი): განმეორებითი 61× და 52×
ძირითადი შედეგები
ამ კვლევაში, პოპულაციის სეგრეგირება (F2 და F2:3) წარმოიქმნა გრძელყელიანი კიტრის ხაზის Jin5-508 და მოკლე კისრის YN-ის გადაკვეთით.დნმ-ის ორი აუზი აშენდა 50 უკიდურესი გრძელყელიანი და 50 უკიდურესი მოკლეყელიანი ინდივიდის მიერ.ძირითადი ეფექტის QTL იდენტიფიცირებული იყო Chr07-ზე BSA ანალიზით და ტრადიციული QTL რუკებით.კანდიდატი რეგიონი კიდევ უფრო შევიწროვდა წვრილმანი რუქების, გენის გამოხატვის რაოდენობრივი და ტრანსგენური ექსპერიმენტებით, რომლებმაც გამოავლინეს საკვანძო გენი კისრის სიგრძის კონტროლში, CsFnl7.1.გარდა ამისა, პოლიმორფიზმი CsFnl7.1 პრომოტორულ რეგიონში აღმოჩნდა ასოცირებული შესაბამის ექსპრესიასთან.შემდგომი ფილოგენეტიკური ანალიზი ვარაუდობს, რომ Fnl7.1 ლოკუსი, სავარაუდოდ, ინდოეთიდან არის წარმოშობილი.
 BSA ანალიზში QTL რუკების დადგენა კანდიდატი რეგიონის იდენტიფიცირებისთვის, რომელიც დაკავშირებულია კიტრის კისრის სიგრძესთან |  კიტრის კისერამდე სიგრძის QTL-ის LOD პროფილები იდენტიფიცირებულია Chr07-ზე |
Xu, X. და სხვ.„ძირითადი ეფექტის რაოდენობრივი თვისების ლოკუსი Fnl7.1 კოდირებს გვიანი ემბრიოგენეზის უხვი ცილას, რომელიც დაკავშირებულია კიტრის ნაყოფის ყელის სიგრძესთან“.მცენარეთა ბიოტექნოლოგიის ჟურნალი 18.7 (2020).
