Analisis Segregant Pukal
Kelebihan Perkhidmatan
Takagi et al., Jurnal tumbuhan, 2013
● Penyetempatan yang tepat: Mencampur pukal dengan 30+30 hingga 200+200 individu untuk meminimumkan hingar latar belakang;ramalan wilayah calon berasaskan mutan bukan sinonim.
● Analisis komprehensif: Anotasi fungsi gen calon yang mendalam, termasuk NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, dsb.
● Masa pemulihan yang lebih pantas: Penyetempatan gen pantas dalam masa 45 hari bekerja.
● Pengalaman yang luas: BMK telah menyumbang dalam ribuan penyetempatan ciri, meliputi pelbagai spesies seperti tanaman, produk akuatik, hutan, bunga, buah-buahan, dsb.
Spesifikasi Perkhidmatan
Penduduk:
Mengasingkan keturunan ibu bapa dengan fenotip yang bertentangan.
cth keturunan F2, Palang Belakang (SM), Garisan inbred rekombinan(RIL)
Kolam campuran
Untuk ciri kualitatif: 30 hingga 50 individu (minimum 20)/pukal
Untuk tratis kuantitatif: 5% hingga 10% individu teratas dengan sama ada fenotip ekstrem dalam keseluruhan populasi (minimum 30+30).
Kedalaman penjujukan yang disyorkan
Sekurang-kurangnya 20X/ibu bapa dan 1X/anak individu (cth untuk kumpulan pencampuran anak 30+30 individu, kedalaman penjujukan ialah 30X setiap pukal)
Analisis bioinformatik
● Penjujukan semula genom keseluruhan
● Pemprosesan data
● Panggilan SNP/Indel
● Saringan wilayah calon
● Anotasi fungsi gen calon
Keperluan Sampel dan Penghantaran
Keperluan Sampel:
Nukleotida:
| sampel gDNA | Sampel tisu |
| Kepekatan: ≥30 ng/μl | Tumbuhan: 1-2 g |
| Jumlah: ≥2 μg (Isipadu ≥15 μl) | Haiwan: 0.5-1 g |
| Ketulenan: OD260/280= 1.6-2.5 | Darah keseluruhan: 1.5 ml |
Aliran Kerja Perkhidmatan
Reka bentuk eksperimen
Contoh penghantaran
Pengekstrakan RNA
Pembinaan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
Perkhidmatan selepas jualan
1.Analisis persatuan berdasarkan Jarak Euclidean (ED) untuk mengenal pasti wilayah calon.Dalam rajah berikut
Paksi X: Nombor kromosom;Setiap titik mewakili nilai ED bagi SNP.Garis Hitam sepadan dengan nilai ED yang dipasang.Nilai ED yang lebih tinggi menunjukkan perkaitan yang lebih ketara antara tapak dan fenotip.Garis sempang merah mewakili ambang perkaitan penting.
2.Analisis persatuan berdasarkan tiada indeks-SNP
Paksi X: Nombor kromosom;Setiap titik mewakili nilai indeks SNP.Garis hitam bermaksud nilai indeks SNP yang dipasang.Semakin besar nilainya, semakin signifikan perkaitannya.
Kes BMK
Lokus sifat kuantitatif kesan utama Fnl7.1 mengekod protein embriogenesis lewat yang banyak dikaitkan dengan panjang leher buah dalam timun
Diterbitkan: Jurnal Bioteknologi Tumbuhan, 2020
Strategi urutan:
Ibu bapa (Jin5-508, YN): Penjujukan semula genom keseluruhan untuk 34× dan 20×.
Kumpulan DNA (50 berleher panjang dan 50 berleher pendek): Menjujukan semula untuk 61× dan 52×
Keputusan utama
Dalam kajian ini, pengasingan populasi (F2 dan F2:3) dijana dengan melintasi garis timun leher panjang Jin5-508 dan YN berleher pendek.Dua kumpulan DNA telah dibina oleh 50 individu berleher panjang ekstrem dan 50 individu berleher pendek ekstrem.QTL kesan utama telah dikenal pasti pada Chr07 oleh analisis BSA dan pemetaan QTL tradisional.Rantau calon diperkecilkan lagi dengan pemetaan halus, kuantifikasi ekspresi gen dan eksperimen transgenik, yang mendedahkan gen utama dalam mengawal panjang leher, CsFnl7.1.Di samping itu, polimorfisme dalam rantau promoter CsFnl7.1 didapati dikaitkan dengan ungkapan yang sepadan.Analisis filogenetik selanjutnya mencadangkan bahawa lokus Fnl7.1 berkemungkinan besar berasal dari India.
 Pemetaan QTL dalam analisis BSA untuk mengenal pasti kawasan calon yang dikaitkan dengan panjang leher timun |  Profil LOD QTL sepanjang leher timun dikenal pasti pada Chr07 |
Xu, X. , et al."Lokus sifat kuantitatif kesan utama Fnl7.1 mengekod protein embriogenesis lewat yang banyak dikaitkan dengan panjang leher buah dalam timun."Jurnal Bioteknologi Tumbuhan 18.7(2020).
