lncrna

Dlhé nekódujúce RNA (lncRNA) sú RNA dlhšie ako 200 nukleotidov s nízkym kódovacím potenciálom, ale s kritickými regulačnými funkciami. Pipeline lncRNA BMKCloud je navrhnutý na analýzu knižníc s depletovaným rRNA s vysoko kvalitným, dobre anotovaným referenčným genómom, a to spoločnou analýzou expresie lncRNA a mRNA. Po orezaní čítaní a kontrole kvality sú čítania zarovnané s referenčným genómom, aby sa zostavili transkripty, a následná analýza génovej štruktúry odhalí alternatívne zostrihy a nové gény. Transkripty sú identifikované ako mRNA alebo lncRNA a analýza diferenciálnej expresie identifikuje diferenciálne exprimované lncRNA, ich ciele a diferenciálne exprimované gény (DEGS). DEG aj diferenciálne exprimované ciele lncRNA sú funkčne anotované, aby sa našli obohatené funkčné kategórie.