-
Secuenciación metaxenómica -NGS
Un metaxenoma é unha colección do material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica por inxección de novo en NGS permite o estudo destas intrincadas paisaxes xenómicas integradas en mostras ambientais ao proporcionar máis que perfís taxonómicos, dando tamén información granular sobre a diversidade de especies, a dinámica de abundancia e as complexas estruturas de poboación. Máis alá dos estudos taxonómicos, a metaxenómica por inxección de inxección de inxección tamén ofrece unha perspectiva xenómica funcional, o que permite a exploración de xenes codificados e os seus posibles papeis nos procesos ecolóxicos. Finalmente, o establecemento de redes de correlación entre elementos xenéticos e factores ambientais contribúe a unha comprensión holística da intrincada interacción entre as comunidades microbianas e o seu contexto ecolóxico. En conclusión, a secuenciación metaxenómica eríxese como un instrumento fundamental para desentrañar as complexidades xenómicas de diversas comunidades microbianas, iluminando as multifacéticas relacións entre a xenética e a ecoloxía dentro destes complexos ecosistemas.
Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
-
Secuenciación metaxenómica-TGS
Un metaxenoma é unha colección do material xenético dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica permite o estudo destas intrincadas paisaxes xenómicas integradas en mostras ecolóxicas ao proporcionar algo máis que a elaboración de perfís taxonómicos. Tamén ofrece unha perspectiva xenómica funcional ao explorar os xenes codificados e os seus posibles papeis nos procesos ambientais. Aínda que as abordaxes tradicionais de escopeta coa secuenciación Illumina foron amplamente utilizadas en estudos metaxenómicos, a chegada da secuenciación de lectura longa Nanopore e PacBio cambiou o campo. A tecnoloxía Nanopore e PacBio mellora as análises bioinformáticas posteriores, especialmente a ensamblaxe de metaxenomas, garantindo ensamblaxes máis continuas. Os informes indican que a metaxenómica baseada en Nanopore e PacBio xerou con éxito xenomas bacterianos completos e pechados a partir de microbiomas complexos (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). A integración de lecturas de Nanopore con lecturas Illumina proporciona unha abordaxe estratéxica para a corrección de erros, mitigando a baixa precisión inherente de Nanopore. Esta combinación sinérxica aproveita os puntos fortes de cada plataforma de secuenciación, ofrecendo unha solución robusta para superar as posibles limitacións e mellorar a precisión e a fiabilidade das análises metaxenómicas.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia e PacBio Revio
-
Secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS-PacBio
Os xenes ARNr 16S e 18S, xunto coa rexión do Espazador Transcrito Interno (ITS), serven como marcadores de pegadas dixitais moleculares esenciais debido á súa combinación de rexións altamente conservadas e hipervariables, o que os converte en ferramentas inestimables para caracterizar organismos procariotas e eucariotas. A amplificación e secuenciación destas rexións ofrecen unha estratexia sen illamento para investigar a composición e diversidade microbiana en varios ecosistemas. Aínda que a secuenciación de Illumina normalmente se dirixe a rexións hipervariables curtas como V3-V4 de 16S e ITS1, demostrouse que se pode conseguir unha anotación taxonómica superior secuenciando a lonxitude completa de 16S, 18S e ITS. Esta estratexia integral resulta en maiores porcentaxes de secuencias clasificadas con precisión, conseguindo un nivel de resolución que se estende á identificación de especies. A plataforma de secuenciación en tempo real de molécula única (SMRT) de PacBio destaca por proporcionar lecturas longas (HiFi) altamente precisas que cobren os amplicóns de lonxitude completa, rivalizando coa precisión da secuenciación de Illumina. Esta capacidade permite aos investigadores obter unha vantaxe inigualable: unha visión panorámica da paisaxe xenética. A cobertura ampliada eleva significativamente a resolución na anotación de especies, especialmente dentro das comunidades bacterianas ou fúnxicas, o que permite unha comprensión máis profunda das complexidades das poboacións microbianas.
-
Secuenciación de amplicóns 16S/18S/ITS-NGS
A secuenciación de amplicóns con tecnoloxía Illumina, dirixida especificamente aos marcadores xenéticos 16S, 18S e ITS, é un método potente para desentrañar a filoxenia, a taxonomía e a abundancia de especies dentro das comunidades microbianas. Esta estratexia implica a secuenciación das rexións hipervariables dos marcadores xenéticos básicos. Introducida orixinalmente como unha pegada dixital molecular porWoeses e outrosEn 1977, esta técnica revolucionou a elaboración de perfís do microbioma ao permitir análises sen illamento. Mediante a secuenciación de 16S (bacterias), 18S (fungos) e Espazador Transcrito Interno (ITS, fungos), os investigadores poden identificar non só especies abundantes, senón tamén especies raras e non identificadas. Amplamente adoptada como ferramenta fundamental, a secuenciación de amplicóns converteuse en ferramenta fundamental para discernir composicións microbianas diferenciais en diversos ambientes, incluíndo a boca humana, os intestinos, as feces e outros.
-
Resecuenciación do xenoma completo de bacterias e fungos
Os proxectos de resecuenciación de xenomas completos de bacterias e fungos son fundamentais para o avance da xenómica microbiana ao permitir a finalización e comparación de xenomas microbianos. Isto facilita a enxeñaría da fermentación, a optimización dos procesos industriais e a exploración das vías do metabolismo secundario. Ademais, a resecuenciación de fungos e bacterias é crucial para comprender a adaptación ambiental, optimizar as cepas e revelar a dinámica da evolución xenética, con amplas implicacións na medicina, a agricultura e a ciencia ambiental.
-
Secuenciación de ARN procariota
A secuenciación de ARN permite a elaboración de perfís exhaustivos de todos os transcritos de ARN dentro das células en condicións específicas. Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha ferramenta potente, que revela perfís complexos de expresión xénica, estruturas xénicas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos. Amplamente adoptada na investigación fundamental, o diagnóstico clínico e o desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARN ofrece información sobre as complexidades da dinámica celular e a regulación xenética. O noso procesamento de mostras de ARN procariota está adaptado para transcriptomas procariotas, o que implica o esgotamento do ARNr e a preparación de bibliotecas direccionais.
-
Secuenciación do metatranscriptoma
Aproveitando a tecnoloxía de secuenciación Illumina, o servizo de secuenciación de metatranscriptomas de BMKGENE revela a expresión xénica dinámica dunha ampla gama de microbios, que abarcan desde eucariotas ata procariotas e virus, en contornas naturais como o solo, a auga, o mar, as feces e o intestino. O noso servizo integral permite aos investigadores afondar nos perfís completos de expresión xénica de comunidades microbianas complexas. Máis alá da análise taxonómica, o noso servizo de secuenciación de metatranscriptomas facilita a exploración do enriquecemento funcional, arroxando luz sobre os xenes expresados diferencialmente e os seus papeis. Descubra unha gran cantidade de coñecementos biolóxicos mentres navega polas complexas paisaxes da expresión xénica, a diversidade taxonómica e a dinámica funcional dentro destes diversos nichos ambientais.
-
Asemblea do xenoma de fungos de novo
BMKGENE ofrece solucións versátiles para xenomas de fungos, atendendo a diversas necesidades de investigación e á integridade desexada do xenoma. O uso unicamente da secuenciación Illumina de lectura curta permite a xeración dun borrador de xenoma. As lecturas curtas e a secuenciación de lectura longa usando Nanopore ou Pacbio combínanse para obter un xenoma de fungos máis refinado con contigs máis longos.
-
Ensamble de xenoma bacteriano de novo
Ofrecemos un servizo completo de ensamblaxe de xenomas bacterianos, garantindo 0 lagoas. Isto é posible integrando tecnoloxías de secuenciación de lectura longa, como Nanopore e PacBio para a ensamblaxe e secuenciación de lectura curta con Illumina para a validación da ensamblaxe e a corrección de erros das lecturas ONT. O noso servizo proporciona o fluxo de traballo bioinformático completo, desde a ensamblaxe, a anotación funcional e a análise bioinformática avanzada, cumprindo obxectivos de investigación específicos. Este servizo permite o desenvolvemento de xenomas de referencia precisos para diversos estudos xenéticos e xenómicos. Ademais, constitúe a base para aplicacións como a optimización de cepas, a enxeñaría xenética e o desenvolvemento de tecnoloxía microbiana, garantindo datos xenómicos fiables e sen lagoas, cruciais para o avance dos coñecementos científicos e a innovación biotecnolóxica.
