-
Urutan Metagenomik -NGS
Metagenome mengacu pada kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan, metagenom manusia, dll. Metagenome berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan.Urutan metagenomik adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.
Platform:Platform Iluminasi NovaSeq
-
Urutan Metagenomik-Nanopore
Metagenomics adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi terperinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan, dll. Platform pengurutan nanopore baru-baru ini diperkenalkan. untuk studi metagenomik.Kinerjanya yang luar biasa dalam panjang baca sebagian besar meningkatkan analisis metagenomik hilir, terutama perakitan metagenom.Memanfaatkan panjang baca, studi metagenomik berbasis Nanopore mampu mencapai perakitan yang lebih berkesinambungan dibandingkan dengan metagenomik senapan.Telah dipublikasikan bahwa metagenomik berbasis Nanopore berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma (Moss, EL, et. al,Bioteknologi Alam, 2020)
Platform:Nanopore Prometion P48
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Subunit pada rRNA 16S dan 18S yang mengandung daerah yang sangat terkonservasi dan hiper-variabel merupakan sidik jari molekuler yang sempurna untuk identifikasi organisme prokariotik dan eukariotik.Memanfaatkan pengurutan, amplikon ini dapat ditargetkan berdasarkan bagian yang dilestarikan dan wilayah hiper-variabel dapat sepenuhnya dikarakterisasi untuk identifikasi mikroba yang berkontribusi pada penelitian yang mencakup analisis keanekaragaman mikroba, taksonomi, filogeni, dll. Waktu nyata molekul tunggal (SMRT ) pengurutan platform PacBio memungkinkan perolehan pembacaan panjang yang sangat akurat, yang dapat mencakup amplikon panjang penuh (sekitar 1,5 Kb).Pandangan yang lebih luas tentang bidang genetika sangat meningkatkan resolusi anotasi spesies dalam komunitas bakteri atau jamur.
Platform:Sekuel PacBio II
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Pengurutan amplikon 16S/18S/ITS bertujuan untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba dengan menyelidiki produk PCR dari penanda genetik rumah tangga yang mengandung bagian yang sangat berkonversi dan hipervariabel.Pengenalan sidik jari molekuler yang sempurna ini oleh Woeses dkk, (1977) memberdayakan pembuatan profil mikrobioma bebas isolasi.Urutan 16S (bakteri), 18S (jamur) dan Spacer transkripsi internal (ITS, jamur) memungkinkan identifikasi spesies yang melimpah serta spesies langka dan tidak teridentifikasi.Teknologi ini telah menjadi alat yang diterapkan secara luas dan utama dalam mengidentifikasi perbedaan komposisi mikroba di berbagai lingkungan, seperti mulut manusia, usus, feses, dll.
Platform:Platform Iluminasi NovaSeq
-
Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur
Pengurutan ulang seluruh genom bakteri dan jamur adalah alat penting untuk melengkapi genom bakteri dan jamur yang diketahui, serta untuk membandingkan beberapa genom atau memetakan genom organisme baru.Mengurutkan seluruh genom bakteri dan jamur sangatlah penting untuk menghasilkan genom referensi yang akurat, untuk melakukan identifikasi mikroba dan studi genom komparatif lainnya.
Peron:Platform Illumina NovaSeq
-
Urutan Metatranskriptome
Urutan metatranskriptome mengidentifikasi ekspresi gen mikroba (eukariota dan prokariota) dalam lingkungan alami (yaitu tanah, air, laut, tinja, dan usus.). Secara khusus, layanan ini memungkinkan Anda memperoleh profil ekspresi gen keseluruhan komunitas mikroba kompleks, analisis taksonomi spesies, analisis pengayaan fungsional gen yang diekspresikan secara berbeda, dan banyak lagi.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Genom Jamur
Teknologi Biomarker menyediakan survei genom, genom halus, dan genom jamur lengkap tergantung pada tujuan penelitian tertentu.Pengurutan genom, perakitan, dan anotasi fungsional dapat dicapai dengan menggabungkan pengurutan generasi berikutnya + pengurutan generasi ketiga untuk mencapai perakitan genom tingkat tinggi.Teknologi Hi-C juga dapat digunakan untuk memfasilitasi perakitan genom pada tingkat kromosom.
Platform:Sekuel PacBio II
Nanopore Prometion P48
Platform Iluminasi NovaSeq
-
Genom Lengkap Bakteri
Biomarker Technologies menyediakan layanan pengurutan untuk membangun genom bakteri lengkap dengan celah nol.Alur kerja utama konstruksi genom lengkap bakteri mencakup pengurutan generasi ketiga, perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatik tingkat lanjut untuk memenuhi tujuan penelitian tertentu.Profil genom bakteri yang lebih komprehensif memberdayakan pengungkapan mekanisme mendasar yang mendasari proses biologis mereka, yang juga dapat memberikan referensi berharga untuk penelitian genom pada spesies eukariotik tingkat tinggi.
Platform:Nanopore PromethION P48 + Platform Illumina NovaSeq
Sekuel PacBio II
