-
Pengurutan Metagenomik - NGS
Metagenom adalah kumpulan total materi genetik dari komunitas organisme campuran, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Metagenom mengandung genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan yang tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik shotgun dengan NGS memungkinkan studi lanskap genomik yang rumit yang tertanam dalam sampel lingkungan dengan memberikan lebih dari sekadar profil taksonomi, tetapi juga memberikan wawasan mendalam tentang keanekaragaman spesies, dinamika kelimpahan, dan struktur populasi yang kompleks. Di luar studi taksonomi, metagenomik shotgun juga menawarkan perspektif genomik fungsional, memungkinkan eksplorasi gen yang dikodekan dan peran potensialnya dalam proses ekologis. Terakhir, pembentukan jaringan korelasi antara elemen genetik dan faktor lingkungan berkontribusi pada pemahaman holistik tentang interaksi rumit antara komunitas mikroba dan latar belakang ekologisnya. Kesimpulannya, pengurutan metagenomik merupakan instrumen penting untuk mengungkap kerumitan genomik dari beragam komunitas mikroba, menerangi hubungan multifaset antara genetika dan ekologi dalam ekosistem kompleks ini.
Platform: Illumina NovaSeq dan DNBSEQ-T7
-
Pengurutan Metagenomik-TGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik dari komunitas organisme campuran, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Metagenom mengandung genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan yang tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik memungkinkan studi lanskap genomik yang rumit yang tertanam dalam sampel ekologis dengan memberikan lebih dari sekadar profil taksonomi. Pengurutan ini juga menawarkan perspektif genomik fungsional dengan mengeksplorasi gen yang dikodekan dan peran potensialnya dalam proses lingkungan. Meskipun pendekatan shotgun tradisional dengan pengurutan Illumina telah banyak digunakan dalam studi metagenomik, munculnya pengurutan bacaan panjang Nanopore dan PacBio telah mengubah bidang ini. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatika hilir, terutama perakitan metagenom, memastikan perakitan yang lebih berkelanjutan. Laporan menunjukkan bahwa metagenomik berbasis Nanopore dan PacBio telah berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma kompleks (Moss, EL, dkk., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan pembacaan Nanopore dengan pembacaan Illumina memberikan pendekatan strategis untuk koreksi kesalahan, mengurangi akurasi rendah yang melekat pada Nanopore. Kombinasi sinergis ini memanfaatkan kekuatan masing-masing platform pengurutan, menawarkan solusi yang kuat untuk mengatasi potensi keterbatasan dan meningkatkan presisi serta keandalan analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
-
Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS - PacBio
Gen 16S dan 18S rRNA, bersama dengan daerah Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda sidik jari molekuler yang sangat penting karena kombinasi daerah yang sangat lestari dan sangat bervariasi, menjadikannya alat yang sangat berharga untuk mengkarakterisasi organisme prokariotik dan eukariotik. Amplifikasi dan pengurutan daerah-daerah ini menawarkan pendekatan bebas isolasi untuk menyelidiki komposisi dan keanekaragaman mikroba di berbagai ekosistem. Meskipun pengurutan Illumina biasanya menargetkan daerah hipervariabel pendek seperti V3-V4 dari 16S dan ITS1, telah ditunjukkan bahwa anotasi taksonomi yang lebih unggul dapat dicapai dengan mengurutkan seluruh panjang 16S, 18S, dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan persentase urutan yang diklasifikasikan secara akurat lebih tinggi, mencapai tingkat resolusi yang meluas hingga identifikasi spesies. Platform sekuensing Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menonjol karena menyediakan pembacaan panjang yang sangat akurat (HiFi) yang mencakup amplikon lengkap, menyaingi presisi sekuensing Illumina. Kemampuan ini memungkinkan para peneliti untuk memperoleh keunggulan yang tak tertandingi — pandangan menyeluruh tentang lanskap genetik. Cakupan yang diperluas secara signifikan meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, khususnya dalam komunitas bakteri atau jamur, memungkinkan pemahaman yang lebih dalam tentang seluk-beluk populasi mikroba.
-
Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Pengurutan amplikon dengan teknologi Illumina, khususnya yang menargetkan penanda genetik 16S, 18S, dan ITS, adalah metode ampuh untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba. Pendekatan ini melibatkan pengurutan wilayah hipervariabel dari penanda genetik pengatur rumah tangga. Awalnya diperkenalkan sebagai sidik jari molekuler olehWoeses dkk.Pada tahun 1977, teknik ini telah merevolusi profil mikrobioma dengan memungkinkan analisis tanpa isolasi. Melalui pengurutan 16S (bakteri), 18S (jamur), dan Internal Transcribed Spacer (ITS, jamur), para peneliti dapat mengidentifikasi tidak hanya spesies yang melimpah tetapi juga spesies langka dan yang belum teridentifikasi. Diadopsi secara luas sebagai alat penting, pengurutan amplikon telah menjadi instrumen penting dalam membedakan komposisi mikroba yang berbeda di berbagai lingkungan, termasuk mulut manusia, usus, tinja, dan lainnya.
-
Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur
Proyek pengurutan ulang genom lengkap bakteri dan jamur sangat penting untuk memajukan genomika mikroba dengan memungkinkan penyelesaian dan perbandingan genom mikroba. Hal ini memfasilitasi rekayasa fermentasi, optimalisasi proses industri, dan eksplorasi jalur metabolisme sekunder. Lebih lanjut, pengurutan ulang jamur dan bakteri sangat penting untuk memahami adaptasi lingkungan, mengoptimalkan strain, dan mengungkap dinamika evolusi genetik, dengan implikasi luas dalam bidang kedokteran, pertanian, dan ilmu lingkungan.
-
Pengurutan RNA Prokariotik
Pengurutan RNA memungkinkan pembuatan profil komprehensif semua transkrip RNA di dalam sel dalam kondisi tertentu. Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis. Digunakan secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan RNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik. Pemrosesan sampel RNA prokariotik kami dirancang khusus untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan pengurangan rRNA dan persiapan pustaka terarah.
-
Pengurutan Metatranskriptom
Dengan memanfaatkan teknologi sekuensing Illumina, layanan sekuensing metatranskriptom BMKGENE mengungkap ekspresi gen dinamis dari beragam mikroba, mulai dari eukariota hingga prokariota dan virus, dalam lingkungan alami seperti tanah, air, laut, feses, dan usus. Layanan komprehensif kami memberdayakan para peneliti untuk mempelajari profil ekspresi gen lengkap dari komunitas mikroba yang kompleks. Di luar analisis taksonomi, layanan sekuensing metatranskriptom kami memfasilitasi eksplorasi pengayaan fungsional, memberikan wawasan tentang gen yang diekspresikan secara berbeda dan perannya. Temukan kekayaan wawasan biologis saat Anda menavigasi lanskap kompleks ekspresi gen, keanekaragaman taksonomi, dan dinamika fungsional dalam berbagai ceruk lingkungan ini.
-
Majelis Genom Jamur De novo
BMKGENE menawarkan solusi serbaguna untuk genom jamur, yang memenuhi beragam kebutuhan penelitian dan kelengkapan genom yang diinginkan. Pemanfaatan sekuensing Illumina bacaan pendek saja memungkinkan pembuatan draf genom. Sekuensing bacaan pendek dan bacaan panjang menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk menghasilkan genom jamur yang lebih halus dengan kontig yang lebih panjang.
-
Perakitan Genom Bakteri De novo
Kami menyediakan layanan perakitan genom bakteri lengkap, dengan jaminan 0 celah. Hal ini dimungkinkan dengan mengintegrasikan teknologi pengurutan bacaan panjang, seperti Nanopore dan PacBio untuk perakitan dan pengurutan bacaan pendek dengan Illumina untuk validasi perakitan dan koreksi kesalahan bacaan ONT. Layanan kami menyediakan alur kerja bioinformatika lengkap mulai dari perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatika tingkat lanjut, yang memenuhi tujuan penelitian tertentu. Layanan ini memungkinkan pengembangan genom referensi yang tepat untuk berbagai studi genetik dan genomik. Selain itu, layanan ini menjadi dasar untuk aplikasi seperti optimasi strain, rekayasa genetika, dan pengembangan teknologi mikroba, memastikan data genomik yang andal dan bebas celah yang sangat penting untuk memajukan wawasan ilmiah dan inovasi bioteknologi.
