-
ריצוף מטאגנומי -NGS
מטא-גנום הוא אוסף של החומר הגנטי הכולל של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטא-גנומים סביבתיים ובני אדם. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים הניתנים לגידול וגם של מיקרואורגניזמים שאינם ניתנים לגידול. ריצוף מטא-גנומי של רובה ציד באמצעות NGS מאפשר מחקר של נופים גנומיים מורכבים אלה המוטמעים בדגימות סביבתיות על ידי מתן תובנות מפורטות יותר לגבי מגוון מינים, דינמיקת שפע ומבני אוכלוסייה מורכבים. מעבר למחקרים טקסונומיים, מטא-גנומיקה של רובה ציד מציעה גם פרספקטיבה גנומית פונקציונלית, המאפשרת חקירה של גנים מקודדים ותפקידיהם המשוערים בתהליכים אקולוגיים. לבסוף, הקמת רשתות קורלציה בין אלמנטים גנטיים לגורמים סביבתיים תורמת להבנה הוליסטית של יחסי הגומלין המורכבים בין קהילות מיקרוביאליות לרקע האקולוגי שלהן. לסיכום, ריצוף מטא-גנומי מהווה כלי מרכזי לפענוח המורכבויות הגנומיות של קהילות מיקרוביאליות מגוונות, תוך הארת הקשרים הרב-גוניים בין גנטיקה לאקולוגיה בתוך מערכות אקולוגיות מורכבות אלה.
פלטפורמות: Illumina NovaSeq ו-DNBSEQ-T7
-
ריצוף מטאגנומי-TGS
מטא-גנום הוא אוסף של חומר גנטי של קהילה מעורבת של אורגניזמים, כגון מטא-גנומים סביבתיים ובני אדם. הוא מכיל גנומים של מיקרואורגניזמים הניתנים לגידול וגם של מיקרואורגניזמים שאינם ניתנים לגידול. ריצוף מטא-גנומי מאפשר מחקר של נופים גנומיים מורכבים אלה המוטמעים בדגימות אקולוגיות על ידי מתן יותר מאשר פרופיל טקסונומי. הוא גם מציע פרספקטיבה גנומית פונקציונלית על ידי חקר הגנים המקודדים ותפקידיהם המשוערים בתהליכים סביבתיים. בעוד שגישות מסורתיות של "shotgun shotgun" עם ריצוף Illumina נמצאות בשימוש נרחב במחקרי מטא-גנום, הופעתם של ריצוף ארוך-קריאה Nanopore ו-PacBio שינתה את התחום. טכנולוגיית Nanopore ו-PacBio משפרת ניתוחים ביואינפורמטיים במורד הזרם, ובמיוחד הרכבת מטא-גנומים, ומבטיחה הרכבות רציפות יותר. דיווחים מצביעים על כך שמטא-גנומיקה מבוססת Nanopore ו-PacBio יצרה בהצלחה גנומים חיידקיים שלמים וסגורים ממיקרוביום מורכב (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). שילוב קריאות Nanopore עם קריאות Illumina מספק גישה אסטרטגית לתיקון שגיאות, ומפחיתה את הדיוק הנמוך הטמון ב-Nanopore. שילוב סינרגטי זה ממנף את נקודות החוזק של כל פלטפורמת ריצוף, ומציע פתרון חזק להתגברות על מגבלות פוטנציאליות ולקידום הדיוק והאמינות של ניתוחים מטאגנומיים.
פלטפורמה: Nanopore PromethION 48, Illumia ו-PacBio Revio
-
ריצוף אמפליקונים 16S/18S/ITS - PacBio
גני ה-rRNA 16S ו-18S, יחד עם אזור ה-ITS (Internal Transcribed Spacer), משמשים כסמני טביעת אצבע מולקולריים מרכזיים בשל שילובם של אזורים שמורים מאוד ומשתנים במיוחד, מה שהופך אותם לכלי רב ערך לאפיון אורגניזמים פרוקריוטיים ואאוקריוטיים. הגברה וריצוף של אזורים אלה מציעים גישה נטולת בידוד לחקירת הרכב המיקרוביאלים והגיוון במערכות אקולוגיות שונות. בעוד שריצוף Illumina מכוון בדרך כלל לאזורים קצרים בעלי משתנה יתר כמו V3-V4 של 16S ו-ITS1, הוכח כי ניתן להשיג ביאור טקסונומי מעולה על ידי ריצוף מלא של 16S, 18S ו-ITS. גישה מקיפה זו מביאה לאחוזים גבוהים יותר של רצפים מסווגים במדויק, ומשיגה רמת רזולוציה המשתרעת על פני זיהוי מינים. פלטפורמת הריצוף SMRT (Molecule-Single-Molecule Real-Time) של PacBio בולטת בכך שהיא מספקת קריאות ארוכות (HiFi) מדויקות ביותר המכסות את האמפליקונים באורך מלא, ומתחרות בדיוק של ריצוף Illumina. יכולת זו מאפשרת לחוקרים להשיג יתרון שאין שני לו - מבט פנורמי של הנוף הגנטי. הכיסוי המורחב משפר משמעותית את הרזולוציה בביאור מינים, במיוחד בתוך קהילות חיידקים או פטריות, ומאפשר הבנה מעמיקה יותר של המורכבויות של אוכלוסיות מיקרוביאליות.
-
ריצוף אמפליקונים 16S/18S/ITS-NGS
ריצוף אמפליקונים בטכנולוגיית Illumina, המכוון ספציפית לסמנים הגנטיים 16S, 18S ו-ITS, הוא שיטה רבת עוצמה לפענוח הפילוגניה, הטקסונומיה ושפע המינים בתוך קהילות מיקרוביאליות. גישה זו כוללת ריצוף האזורים ההיפר-משתנים של סמנים גנטיים בעלי משק בית. במקור הוצג כטביעת אצבע מולקולרית על ידיווסס ואחריםבשנת 1977, טכניקה זו חוללה מהפכה ביצירת פרופילים של המיקרוביום בכך שאפשרה ניתוחים ללא בידוד. באמצעות ריצוף של 16S (חיידקים), 18S (פטריות) ומרווחים משוחררים פנימיים (ITS, פטריות), חוקרים יכולים לזהות לא רק מינים בשפע אלא גם מינים נדירים ולא מזוהים. ריצוף אמפליקונים, שאומץ באופן נרחב ככלי מרכזי, הפך לכלי מרכזי באבחנה של הרכבים מיקרוביאליים שונים בסביבות מגוונות, כולל הפה האנושי, המעיים, הצואה ועוד.
-
ריצוף מחדש של גנום שלם של חיידקים ופטריות
פרויקטים של ריצוף מחדש של גנומים שלמים של חיידקים ופטריות הם קריטיים לקידום הגנומיקה המיקרוביאלית בכך שהם מאפשרים השלמה והשוואה של גנומים מיקרוביאליים. זה מקל על הנדסת תסיסה, אופטימיזציה של תהליכים תעשייתיים וחקר מסלולי מטבוליזם משניים. יתר על כן, ריצוף מחדש של פטריות וחיידקים הוא קריטי להבנת הסתגלות סביבתית, אופטימיזציה של זנים וחשיפת דינמיקת אבולוציה גנטית, עם השלכות רחבות ברפואה, חקלאות ומדעי הסביבה.
-
ריצוף RNA פרוקריוטי
ריצוף RNA מאפשר יצירת פרופיל מקיף של כל תעתיקי ה-RNA בתוך תאים בתנאים ספציפיים. טכנולוגיה חדשנית זו משמשת ככלי רב עוצמה, וחושפת פרופילי ביטוי גנים מורכבים, מבני גנים ומנגנונים מולקולריים הקשורים לתהליכים ביולוגיים מגוונים. ריצוף RNA, שאומץ באופן נרחב במחקר בסיסי, אבחון קליני ופיתוח תרופות, מציע תובנות לגבי המורכבויות של דינמיקה תאית ורגולציה גנטית. עיבוד דגימות ה-RNA הפרוקריוטי שלנו מותאם לטרנסקריפטומים פרוקריוטיים, הכולל דלדול rRNA והכנת ספרייה כיוונית.
-
ריצוף מטא-טרנסקריפטומים
שירות ריצוף המטא-טרנסקריפטומים של BMKGENE, המממץ את טכנולוגיית הריצוף של Illumina, חושף את ביטוי הגנים הדינמי של מגוון רחב של מיקרואורגניזמים, החל מאיקריוטים ועד פרוקריוטים ווירוסים, בסביבות טבעיות כמו אדמה, מים, ים, צואה ומעיים. השירות המקיף שלנו מאפשר לחוקרים להתעמק בפרופילי ביטוי גנים מלאים של קהילות מיקרוביאליות מורכבות. מעבר לניתוח טקסונומי, שירות ריצוף המטא-טרנסקריפטומים שלנו מאפשר חקירה של העשרה תפקודית, ושופך אור על גנים המתבטאים באופן דיפרנציאלי ותפקידיהם. גלו שפע של תובנות ביולוגיות תוך כדי ניווט בנופים המורכבים של ביטוי גנים, גיוון טקסונומי ודינמיקה תפקודית בתוך נישות סביבתיות מגוונות אלה.
-
אספת הגנום הפטרייתי דה נובו
BMKGENE מציעה פתרונות רב-תכליתיים לגנומים של פטריות, המספקים מענה לצרכים מגוונים של מחקר ולשלמות הגנום הרצויה. שימוש בריצוף Illumina קצר-קריאה בלבד מאפשר יצירת טיוטת גנום. ריצוף קצר-קריאה וריצוף ארוך-קריאה באמצעות Nanopore או Pacbio משולבים לקבלת גנום פטרייתי מעודן יותר עם קונטיגים ארוכים יותר.
-
אספת הגנום החיידקי דה נובו
אנו מספקים שירות הרכבת גנום חיידקי מלא, המבטיח 0 פערים. זה אפשרי על ידי שילוב טכנולוגיות ריצוף קריאה ארוכה, כגון Nanopore ו-PacBio להרכבה וריצוף קריאה קצרה עם Illumina לאימות הרכבה ותיקון שגיאות של קריאות ONT. השירות שלנו מספק את תהליך העבודה הביואינפורמטי המלא, החל מהרכבה, ביאור פונקציונלי וניתוח ביואינפורמטי מתקדם, תוך עמידה ביעדי מחקר ספציפיים. שירות זה מאפשר פיתוח של גנומים מדויקים להתייחסות למחקרים גנטיים וגנומיים שונים. בנוסף, הוא מהווה את הבסיס ליישומים כגון אופטימיזציית זנים, הנדסה גנטית ופיתוח טכנולוגיה מיקרוביאלית, ומבטיח נתונים גנומיים אמינים וללא פערים החיוניים לקידום תובנות מדעיות וחדשנות ביוטכנולוגית.
