条形banner-03

ไมโครไบโอมิกส์

  • การหาลำดับเมเทจโนมิก -NGS

    การหาลำดับเมเทจโนมิก -NGS

    รูปที่62

    เมตาจีโนมคือกลุ่มของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนผสมของสิ่งมีชีวิต เช่น เมตาจีโนมด้านสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ ประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่สามารถเพาะปลูกได้และไม่สามารถเพาะปลูกได้ การจัดลำดับ metagenomic ของปืนลูกซองด้วย NGS ช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์จีโนมที่ซับซ้อนเหล่านี้ที่ฝังอยู่ในตัวอย่างสิ่งแวดล้อมโดยให้มากกว่าการทำโปรไฟล์อนุกรมวิธาน ให้ข้อมูลเชิงลึกที่ละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายของสายพันธุ์ พลวัตของความอุดมสมบูรณ์ และโครงสร้างประชากรที่ซับซ้อน นอกเหนือจากการศึกษาอนุกรมวิธานแล้ว metagenomics ของปืนลูกซองยังเสนอมุมมองด้านจีโนมิกส์เชิงหน้าที่ ช่วยให้สามารถสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทสมมุติของพวกมันในกระบวนการทางนิเวศวิทยา ในที่สุด การสร้างเครือข่ายความสัมพันธ์ระหว่างองค์ประกอบทางพันธุกรรมและปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อมก่อให้เกิดความเข้าใจแบบองค์รวมเกี่ยวกับการทำงานร่วมกันที่ซับซ้อนระหว่างชุมชนจุลินทรีย์และภูมิหลังทางนิเวศน์ของพวกเขา โดยสรุป การจัดลำดับเมตาเจโนมิกถือเป็นเครื่องมือสำคัญในการไขความซับซ้อนของจีโนมของชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย โดยให้ความกระจ่างถึงความสัมพันธ์ที่หลากหลายระหว่างพันธุศาสตร์และนิเวศวิทยาภายในระบบนิเวศที่ซับซ้อนเหล่านี้

    แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq และ DNBSEQ-T7

  • ลำดับเมเทจโนมิก-TGS

    ลำดับเมเทจโนมิก-TGS

    รูปที่67

    เมตาจีโนมคือกลุ่มของสารพันธุกรรมของชุมชนผสมของสิ่งมีชีวิต เช่น เมตาจีโนมด้านสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ ประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่สามารถเพาะปลูกได้และไม่สามารถเพาะปลูกได้ การจัดลำดับเมทาโนมิกช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์จีโนมที่ซับซ้อนเหล่านี้ที่ฝังอยู่ในตัวอย่างทางนิเวศวิทยาโดยให้มากกว่าการทำโปรไฟล์อนุกรมวิธาน นอกจากนี้ยังเสนอมุมมองด้านจีโนมิกส์เชิงฟังก์ชันด้วยการสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทสมมุติของพวกมันในกระบวนการด้านสิ่งแวดล้อม แม้ว่าการใช้ปืนลูกซองแบบดั้งเดิมกับการจัดลำดับของอิลลูมินาถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาด้านเมตาจีโนมิก แต่การถือกำเนิดของลำดับการอ่านแบบยาวของ Nanopore และ PacBio ได้เปลี่ยนแปลงวงการนี้ เทคโนโลยี Nanopore และ PacBio ปรับปรุงการวิเคราะห์ข้อมูลทางชีวสารสนเทศขั้นปลาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งการประกอบเมตาจีโนม เพื่อให้มั่นใจว่าการประกอบจะต่อเนื่องมากขึ้น รายงานระบุว่าเมตาเจโนมิกส์ที่ใช้ Nanopore และ PacBio ได้สร้างจีโนมของแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดจากไมโครไบโอมที่ซับซ้อนได้สำเร็จ (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) การรวมการอ่าน Nanopore เข้ากับการอ่านของ Illumina ถือเป็นแนวทางเชิงกลยุทธ์สำหรับการแก้ไขข้อผิดพลาด ซึ่งช่วยลดความแม่นยำต่ำโดยธรรมชาติของ Nanopore การผสมผสานที่ทำงานร่วมกันนี้ใช้ประโยชน์จากจุดแข็งของแต่ละแพลตฟอร์มการจัดลำดับ โดยนำเสนอโซลูชันที่แข็งแกร่งเพื่อเอาชนะข้อจำกัดที่อาจเกิดขึ้น และเพิ่มความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของการวิเคราะห์เมเทเจโนมิก

    แพลตฟอร์ม: Nanopore PromethION 48, Illumia และ PacBio Revio

  • 16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio

    16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-PacBio

    ยีน 16S และ 18S rRNA พร้อมด้วยขอบเขต Internal Transcribed Spacer (ITS) ทำหน้าที่เป็นเครื่องหมายพิมพ์ลายนิ้วมือระดับโมเลกุลที่สำคัญ เนื่องจากการรวมกันของบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ไว้สูงและมีความแปรผันสูง ทำให้พวกมันเป็นเครื่องมืออันล้ำค่าในการจำแนกลักษณะของสิ่งมีชีวิตโปรคาริโอตและยูคาริโอต การขยายและการจัดลำดับของภูมิภาคเหล่านี้นำเสนอแนวทางที่ปราศจากการแยกสำหรับการตรวจสอบองค์ประกอบและความหลากหลายของจุลินทรีย์ในระบบนิเวศต่างๆ แม้ว่าโดยทั่วไปแล้วการจัดลำดับของอิลลูมินาจะมุ่งเป้าไปที่บริเวณที่มีตัวแปรแปรผันสูงสั้น เช่น V3-V4 ของ 16S และ ITS1 แต่ก็ได้แสดงให้เห็นว่าคำอธิบายประกอบทางอนุกรมวิธานที่เหนือกว่านั้นสามารถทำได้โดยการจัดลำดับความยาวเต็มของ 16S, 18S และ ITS วิธีการที่ครอบคลุมนี้ส่งผลให้มีเปอร์เซ็นต์การจำแนกลำดับที่แม่นยำสูงขึ้น บรรลุระดับความละเอียดที่ขยายไปถึงการระบุชนิดพันธุ์ แพลตฟอร์มการจัดลำดับโมเลกุลเดี่ยวเรียลไทม์ (SMRT) ของ PacBio โดดเด่นด้วยการให้การอ่านค่าแบบยาว (ไฮไฟ) ที่มีความแม่นยำสูง ซึ่งครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาวคลื่น ซึ่งทัดเทียมกับความแม่นยำของการจัดลำดับอิลลูมินา ความสามารถนี้ช่วยให้นักวิจัยได้รับข้อได้เปรียบที่ไม่มีใครเทียบได้ นั่นคือ มุมมองแบบพาโนรามาของภูมิทัศน์ทางพันธุกรรม การขยายความครอบคลุมช่วยยกระดับความละเอียดในคำอธิบายประกอบสายพันธุ์ได้อย่างมีนัยสำคัญ โดยเฉพาะอย่างยิ่งภายในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อรา ช่วยให้เข้าใจความซับซ้อนของประชากรจุลินทรีย์ได้อย่างลึกซึ้งยิ่งขึ้น

  • 16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS

    16S/18S/ITS ลำดับแอมพลิคอน-NGS

    การจัดลำดับแอมพลิคอนด้วยเทคโนโลยีอิลลูมินา โดยกำหนดเป้าหมายไปที่เครื่องหมายทางพันธุกรรม 16S, 18S และ ITS โดยเฉพาะ เป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพในการถอดรหัสสายวิวัฒนาการ อนุกรมวิธาน และความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์ภายในชุมชนจุลินทรีย์ วิธีการนี้เกี่ยวข้องกับการจัดลำดับบริเวณที่มีความแปรผันสูงของเครื่องหมายทางพันธุกรรมในการดูแลบ้าน เดิมนำมาใช้เป็นลายพิมพ์โมเลกุลโดยความทุกข์และคณะในปี 1977 เทคนิคนี้ได้ปฏิวัติการสร้างโปรไฟล์ไมโครไบโอมโดยทำให้สามารถวิเคราะห์ได้โดยปราศจากการแยกส่วน ด้วยการเรียงลำดับของ 16S (แบคทีเรีย), 18S (เชื้อรา) และ Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi) นักวิจัยสามารถระบุได้ไม่เพียงแต่ชนิดพันธุ์ที่มีอยู่มากมายเท่านั้น แต่ยังรวมถึงชนิดที่หายากและไม่ปรากฏชื่ออีกด้วย การหาลำดับแอมพลิคอนที่ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางว่าเป็นเครื่องมือสำคัญ ได้กลายเป็นเครื่องมือสำคัญในการแยกแยะองค์ประกอบของจุลินทรีย์ที่แตกต่างกันในสภาพแวดล้อมที่หลากหลาย รวมถึงในปากของมนุษย์ ลำไส้ อุจจาระ และอื่นๆ อีกมากมาย

  • การจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อรา

    การจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อรา

    รูปที่48

     

     

    โครงการจัดลำดับจีโนมทั้งแบคทีเรียและเชื้อราเป็นหัวใจสำคัญในการพัฒนาจีโนมของจุลินทรีย์โดยการทำให้สมบูรณ์และเปรียบเทียบจีโนมของจุลินทรีย์ สิ่งนี้อำนวยความสะดวกด้านวิศวกรรมการหมัก การเพิ่มประสิทธิภาพของกระบวนการทางอุตสาหกรรม และการสำรวจเส้นทางเมแทบอลิซึมทุติยภูมิ นอกจากนี้ การจัดลำดับเชื้อราและแบคทีเรียเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการทำความเข้าใจการปรับตัวด้านสิ่งแวดล้อม การเพิ่มประสิทธิภาพสายพันธุ์ และการเปิดเผยพลวัตของวิวัฒนาการทางพันธุกรรม โดยมีผลกระทบในวงกว้างในด้านการแพทย์ การเกษตร และวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม

  • การจัดลำดับโปรคาริโอต RNA

    การจัดลำดับโปรคาริโอต RNA

    การจัดลำดับ RNA ช่วยให้สามารถสร้างโปรไฟล์ที่ครอบคลุมของการถอดเสียง RNA ทั้งหมดภายในเซลล์ภายใต้เงื่อนไขเฉพาะ เทคโนโลยีล้ำสมัยนี้ทำหน้าที่เป็นเครื่องมือที่มีศักยภาพในการเปิดเผยโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่ซับซ้อน โครงสร้างยีน และกลไกระดับโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลาย การจัดลำดับ RNA ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรม การประมวลผลตัวอย่างโปรคาริโอต RNA ของเราได้รับการปรับแต่งสำหรับทรานสคริปต์โปรคาริโอต ซึ่งเกี่ยวข้องกับการพร่อง rRNA และการเตรียมไลบรารีทิศทาง

    แพลตฟอร์ม: อิลลูมินา NovaSeq

  • ลำดับ Metatranscriptome

    ลำดับ Metatranscriptome

    บริการหาลำดับเมตาทรานสคริปต์โตมของ BMKGENE ใช้ประโยชน์จากเทคโนโลยีการจัดลำดับอิลลูมินา โดยเผยให้เห็นการแสดงออกของยีนแบบไดนามิกของจุลินทรีย์หลากหลายชนิด ตั้งแต่ยูคาริโอตไปจนถึงโปรคาริโอตและไวรัส ภายในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ เช่น ดิน น้ำ ทะเล อุจจาระ และลำไส้ บริการที่ครอบคลุมของเราช่วยให้นักวิจัยเจาะลึกโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่สมบูรณ์ของชุมชนจุลินทรีย์ที่ซับซ้อนได้ นอกเหนือจากการวิเคราะห์อนุกรมวิธานแล้ว บริการจัดลำดับเมตาทรานสคริปโตมของเรายังอำนวยความสะดวกในการสำรวจเพื่อเพิ่มฟังก์ชันการทำงาน โดยให้ความกระจ่างเกี่ยวกับยีนที่แสดงออกแตกต่างกันและบทบาทของยีนเหล่านั้น ค้นพบข้อมูลเชิงลึกทางชีวภาพมากมายในขณะที่คุณสำรวจภูมิทัศน์ที่ซับซ้อนของการแสดงออกของยีน ความหลากหลายทางอนุกรมวิธาน และพลวัตการทำงานภายในสภาพแวดล้อมที่หลากหลายเหล่านี้

  • การประกอบจีโนมเชื้อราเดอโนโว

    การประกอบจีโนมเชื้อราเดอโนโว

    รูป53

     

     

    BMKGENE นำเสนอโซลูชั่นที่หลากหลายสำหรับจีโนมของเชื้อรา เพื่อตอบสนองความต้องการด้านการวิจัยที่หลากหลายและความสมบูรณ์ของจีโนมที่ต้องการ การใช้การจัดลำดับอิลลูมินาแบบอ่านสั้นเพียงอย่างเดียวช่วยให้สามารถสร้างจีโนมแบบร่างได้ การจัดลำดับแบบอ่านสั้นและอ่านยาวโดยใช้ Nanopore หรือ Pacbio จะถูกรวมเข้าด้วยกันเพื่อให้ได้จีโนมของเชื้อราที่ละเอียดยิ่งขึ้นและมีส่วนที่ยาวกว่า นอกจากนี้ การบูรณาการการจัดลำดับ Hi-C ยังช่วยเพิ่มขีดความสามารถ ทำให้สามารถบรรลุจีโนมระดับโครโมโซมที่สมบูรณ์ได้

  • เดอโนโว การประกอบจีโนมของแบคทีเรีย

    เดอโนโว การประกอบจีโนมของแบคทีเรีย

    รูปที่49

     

     

    เราให้บริการประกอบจีโนมแบคทีเรียแบบครบวงจร รับประกันว่า 0 ช่องว่าง สิ่งนี้เกิดขึ้นได้โดยการผสานรวมเทคโนโลยีการจัดลำดับการอ่านแบบยาว เช่น Nanopore และ PacBio สำหรับการประกอบและการจัดลำดับการอ่านแบบสั้นเข้ากับ Illumina เพื่อการตรวจสอบความถูกต้องของการประกอบและการแก้ไขข้อผิดพลาดของการอ่าน ONT บริการของเรามอบขั้นตอนการทำงานทางชีวสารสนเทศที่สมบูรณ์ตั้งแต่การประกอบ คำอธิบายประกอบการทำงาน และการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศขั้นสูง ซึ่งบรรลุเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจง บริการนี้ช่วยให้สามารถพัฒนาจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมและจีโนมต่างๆ นอกจากนี้ ยังสร้างพื้นฐานสำหรับการใช้งาน เช่น การเพิ่มประสิทธิภาพความเครียด พันธุวิศวกรรม และการพัฒนาเทคโนโลยีจุลินทรีย์ เพื่อให้มั่นใจว่าข้อมูลจีโนมที่เชื่อถือได้และปราศจากช่องว่าง ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการพัฒนาข้อมูลเชิงลึกทางวิทยาศาสตร์และนวัตกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ

ส่งข้อความของคุณถึงเรา: