-
การจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมิกส์ - NGS
เมตาจีโนมคือชุดของสารพันธุกรรมทั้งหมดของชุมชนสิ่งมีชีวิตผสม เช่น เมตาจีโนมจากสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ มันประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่เพาะเลี้ยงได้และเพาะเลี้ยงไม่ได้ การจัดลำดับเมตาจีโนมแบบช็อตกันด้วยเทคโนโลยี NGS ช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์ทางพันธุกรรมที่ซับซ้อนเหล่านี้ซึ่งฝังอยู่ในตัวอย่างจากสิ่งแวดล้อมได้ โดยให้ข้อมูลมากกว่าแค่การจำแนกทางอนุกรมวิธาน แต่ยังให้ข้อมูลเชิงลึกที่ละเอียดเกี่ยวกับความหลากหลายของสายพันธุ์ พลวัตของความอุดมสมบูรณ์ และโครงสร้างประชากรที่ซับซ้อน นอกเหนือจากการศึกษาทางอนุกรมวิธานแล้ว เมตาจีโนมแบบช็อตกันยังให้มุมมองด้านจีโนมิกส์เชิงหน้าที่ ทำให้สามารถสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทที่อาจเกิดขึ้นในกระบวนการทางนิเวศวิทยาได้ สุดท้าย การสร้างเครือข่ายความสัมพันธ์ระหว่างองค์ประกอบทางพันธุกรรมและปัจจัยทางสิ่งแวดล้อมมีส่วนช่วยให้เข้าใจอย่างรอบด้านถึงปฏิสัมพันธ์ที่ซับซ้อนระหว่างชุมชนจุลินทรีย์และพื้นหลังทางนิเวศวิทยาของพวกมัน โดยสรุปแล้ว การจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมิกส์ถือเป็นเครื่องมือสำคัญในการไขปริศนาความซับซ้อนทางพันธุกรรมของชุมชนจุลินทรีย์ที่หลากหลาย ซึ่งช่วยให้เข้าใจความสัมพันธ์หลายแง่มุมระหว่างพันธุกรรมและนิเวศวิทยาภายในระบบนิเวศที่ซับซ้อนเหล่านี้ได้ดียิ่งขึ้น
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq และ DNBSEQ-T7
-
การจัดลำดับจีโนมแบบเมตาจีโนมิกส์-TGS
เมตาจีโนมคือชุดของสารพันธุกรรมจากชุมชนสิ่งมีชีวิตผสม เช่น เมตาจีโนมของสิ่งแวดล้อมและมนุษย์ มันประกอบด้วยจีโนมของจุลินทรีย์ทั้งที่เพาะเลี้ยงได้และเพาะเลี้ยงไม่ได้ การจัดลำดับเมตาจีโนมช่วยให้สามารถศึกษาภูมิทัศน์ทางจีโนมที่ซับซ้อนเหล่านี้ซึ่งฝังอยู่ในตัวอย่างทางนิเวศวิทยาได้ โดยให้ข้อมูลมากกว่าแค่การจำแนกทางอนุกรมวิธาน นอกจากนี้ยังให้มุมมองทางจีโนมิกส์เชิงหน้าที่โดยการสำรวจยีนที่เข้ารหัสและบทบาทที่คาดการณ์ได้ในกระบวนการทางสิ่งแวดล้อม ในขณะที่วิธีการจัดลำดับแบบช็อตกัน (shotgun) แบบดั้งเดิมด้วยการจัดลำดับของ Illumina ถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาเมตาจีโนม การเกิดขึ้นของเทคโนโลยีการจัดลำดับแบบอ่านยาว Nanopore และ PacBio ได้เปลี่ยนแปลงวงการนี้ไป เทคโนโลยี Nanopore และ PacBio ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศในขั้นตอนต่อไป โดยเฉพาะอย่างยิ่งการประกอบเมตาจีโนม ทำให้มั่นใจได้ว่าการประกอบมีความต่อเนื่องมากขึ้น รายงานระบุว่า เมตาจีโนมิกส์ที่ใช้เทคโนโลยี Nanopore และ PacBio ประสบความสำเร็จในการสร้างจีโนมแบคทีเรียที่สมบูรณ์และปิดสนิทจากไมโครไบโอมที่ซับซ้อน (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) การผสานรวมข้อมูลจาก Nanopore กับข้อมูลจาก Illumina เป็นแนวทางเชิงกลยุทธ์สำหรับการแก้ไขข้อผิดพลาด ช่วยลดความแม่นยำที่ต่ำโดยธรรมชาติของ Nanopore การผสมผสานที่ลงตัวนี้ใช้ประโยชน์จากจุดแข็งของแต่ละแพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอ ทำให้เกิดโซลูชันที่แข็งแกร่งเพื่อเอาชนะข้อจำกัดที่อาจเกิดขึ้น และเพิ่มความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของการวิเคราะห์เมตาจีโนมิกส์
แพลตฟอร์ม: Nanopore PromethION 48, Illumia และ PacBio Revio
-
การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS - PacBio
ยีน 16S และ 18S rRNA พร้อมด้วยบริเวณ Internal Transcribed Spacer (ITS) ทำหน้าที่เป็นเครื่องหมายทางโมเลกุลที่สำคัญยิ่งในการระบุเอกลักษณ์ของสิ่งมีชีวิต เนื่องจากมีทั้งบริเวณที่มีการอนุรักษ์สูงและบริเวณที่มีความแปรผันสูง ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าสำหรับการจำแนกลักษณะของสิ่งมีชีวิตทั้งโปรคาริโอตและยูคาริโอต การขยายและการจัดลำดับของบริเวณเหล่านี้ช่วยให้สามารถตรวจสอบองค์ประกอบและความหลากหลายของจุลินทรีย์ในระบบนิเวศต่างๆ ได้โดยไม่ต้องแยกสิ่งมีชีวิตออกมา ในขณะที่การจัดลำดับด้วย Illumina มักจะกำหนดเป้าหมายไปที่บริเวณที่มีความแปรผันสูงสั้นๆ เช่น V3-V4 ของ 16S และ ITS1 แต่ก็มีการแสดงให้เห็นแล้วว่าสามารถระบุอนุกรมวิธานได้ดีกว่าโดยการจัดลำดับ 16S, 18S และ ITS ทั้งหมด วิธีการที่ครอบคลุมนี้ส่งผลให้ได้เปอร์เซ็นต์ของลำดับที่จำแนกได้อย่างถูกต้องสูงขึ้น และได้ระดับความละเอียดที่ขยายไปถึงการระบุชนิดของสิ่งมีชีวิตได้ แพลตฟอร์มการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบเรียลไทม์ระดับโมเลกุลเดี่ยว (SMRT) ของ PacBio โดดเด่นด้วยการให้ข้อมูลการอ่านลำดับยาวที่มีความแม่นยำสูง (HiFi) ซึ่งครอบคลุมแอมพลิคอนแบบเต็มความยาว เทียบเท่ากับความแม่นยำของการจัดลำดับดีเอ็นเอของ Illumina ความสามารถนี้ช่วยให้นักวิจัยได้รับข้อได้เปรียบที่ไม่มีใครเทียบได้ นั่นคือ มุมมองแบบพาโนรามาของภูมิทัศน์ทางพันธุกรรม การครอบคลุมที่กว้างขึ้นช่วยเพิ่มความละเอียดในการระบุสายพันธุ์อย่างมีนัยสำคัญ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในชุมชนแบคทีเรียหรือเชื้อรา ทำให้เกิดความเข้าใจที่ลึกซึ้งยิ่งขึ้นเกี่ยวกับความซับซ้อนของประชากรจุลินทรีย์
-
การจัดลำดับแอมพลิคอน 16S/18S/ITS (NGS)
การจัดลำดับแอมพลิคอนด้วยเทคโนโลยี Illumina โดยเฉพาะอย่างยิ่งการกำหนดเป้าหมายไปที่เครื่องหมายทางพันธุกรรม 16S, 18S และ ITS เป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพในการไขปริศนาเกี่ยวกับวิวัฒนาการทางสายพันธุ์ อนุกรมวิธาน และความอุดมสมบูรณ์ของสายพันธุ์ภายในชุมชนจุลินทรีย์ วิธีการนี้เกี่ยวข้องกับการจัดลำดับบริเวณที่มีความแปรผันสูงของเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่ทำหน้าที่พื้นฐาน เดิมทีถูกนำเสนอในฐานะลายนิ้วมือระดับโมเลกุลโดยโวเซสและคณะในปี 1977 เทคนิคนี้ได้ปฏิวัติการวิเคราะห์จุลินทรีย์ในร่างกายโดยทำให้สามารถวิเคราะห์ได้โดยไม่ต้องแยกเชื้อ ด้วยการลำดับเบสของ 16S (แบคทีเรีย), 18S (เชื้อรา) และ Internal Transcribed Spacer (ITS, เชื้อรา) นักวิจัยสามารถระบุได้ไม่เพียงแต่สายพันธุ์ที่พบมากเท่านั้น แต่ยังรวมถึงสายพันธุ์ที่หายากและสายพันธุ์ที่ยังไม่ได้รับการระบุอีกด้วย การลำดับเบสแบบแอมพลิคอนได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางว่าเป็นเครื่องมือสำคัญ และมีบทบาทสำคัญในการจำแนกองค์ประกอบของจุลินทรีย์ที่แตกต่างกันในสภาพแวดล้อมที่หลากหลาย รวมถึงในช่องปาก ลำไส้ อุจจาระ และอื่นๆ ของมนุษย์
-
การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของแบคทีเรียและเชื้อราใหม่
โครงการถอดรหัสลำดับจีโนมทั้งหมดของแบคทีเรียและเชื้อรามีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการพัฒนาศาสตร์ด้านจีโนมของจุลินทรีย์ โดยทำให้สามารถเติมเต็มและเปรียบเทียบจีโนมของจุลินทรีย์ได้ ซึ่งจะช่วยอำนวยความสะดวกในด้านวิศวกรรมการหมัก การเพิ่มประสิทธิภาพกระบวนการทางอุตสาหกรรม และการสำรวจเส้นทางการเผาผลาญสารทุติยภูมิ นอกจากนี้ การถอดรหัสลำดับจีโนมของเชื้อราและแบคทีเรียยังมีความสำคัญต่อการทำความเข้าใจการปรับตัวให้เข้ากับสิ่งแวดล้อม การเพิ่มประสิทธิภาพสายพันธุ์ และการเปิดเผยพลวัตวิวัฒนาการทางพันธุกรรม ซึ่งมีผลกระทบอย่างกว้างขวางในด้านการแพทย์ การเกษตร และวิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม
-
การจัดลำดับอาร์เอ็นเอของโปรคาริโอต
การถอดรหัสลำดับ RNA ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูล RNA ทั้งหมดภายในเซลล์ได้อย่างครอบคลุมภายใต้สภาวะที่กำหนด เทคโนโลยีล้ำสมัยนี้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการเปิดเผยข้อมูลการแสดงออกของยีน โครงสร้างยีน และกลไกโมเลกุลที่ซับซ้อนซึ่งเกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่หลากหลาย การถอดรหัสลำดับ RNA ได้รับการนำไปใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยพื้นฐาน การวินิจฉัยทางคลินิก และการพัฒนายา โดยให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับความซับซ้อนของพลวัตของเซลล์และการควบคุมทางพันธุกรรม กระบวนการประมวลผลตัวอย่าง RNA ของโปรคาริโอตของเราได้รับการปรับแต่งสำหรับทรานสคริปโตมของโปรคาริโอต ซึ่งเกี่ยวข้องกับการกำจัด rRNA และการเตรียมไลบรารีแบบกำหนดทิศทาง
-
การจัดลำดับเมตาทรานสคริปโตม
ด้วยการใช้เทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอของ Illumina บริการจัดลำดับเมตาแทรนสคริปโตมของ BMKGENE เผยให้เห็นการแสดงออกของยีนแบบไดนามิกของจุลินทรีย์หลากหลายชนิด ตั้งแต่ยูคาริโอต โปรคาริโอต ไปจนถึงไวรัส ภายในสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ เช่น ดิน น้ำ ทะเล อุจจาระ และลำไส้ บริการที่ครอบคลุมของเราช่วยให้นักวิจัยสามารถเจาะลึกเข้าไปในโปรไฟล์การแสดงออกของยีนที่สมบูรณ์ของชุมชนจุลินทรีย์ที่ซับซ้อนได้ นอกเหนือจากการวิเคราะห์ทางอนุกรมวิธานแล้ว บริการจัดลำดับเมตาแทรนสคริปโตมของเรายังช่วยให้สามารถสำรวจการเสริมสร้างหน้าที่การทำงาน โดยให้ความกระจ่างเกี่ยวกับยีนที่แสดงออกแตกต่างกันและบทบาทของพวกมัน ค้นพบข้อมูลเชิงลึกทางชีววิทยามากมายในขณะที่คุณสำรวจภูมิทัศน์ที่ซับซ้อนของการแสดงออกของยีน ความหลากหลายทางอนุกรมวิธาน และพลวัตการทำงานภายในแหล่งที่อยู่อาศัยทางสิ่งแวดล้อมที่หลากหลายเหล่านี้
-
การประกอบจีโนมเชื้อราเดอโนโว
BMKGENE นำเสนอโซลูชันที่หลากหลายสำหรับจีโนมของเชื้อรา ตอบสนองความต้องการด้านการวิจัยที่แตกต่างกันและความสมบูรณ์ของจีโนมที่ต้องการ การใช้การจัดลำดับดีเอ็นเอแบบ Illumina ที่มีลำดับสั้นเพียงอย่างเดียวช่วยให้สามารถสร้างจีโนมฉบับร่างได้ การผสมผสานการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบลำดับสั้นและแบบลำดับยาวโดยใช้ Nanopore หรือ Pacbio จะช่วยให้ได้จีโนมของเชื้อราที่ละเอียดขึ้นและมีคอนติ๊กที่ยาวขึ้น
-
เดอโนโว การประกอบจีโนมของแบคทีเรีย
เราให้บริการประกอบจีโนมแบคทีเรียแบบครบวงจร รับประกันว่าไม่มีช่องว่าง ซึ่งเป็นไปได้ด้วยการบูรณาการเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านยาว เช่น Nanopore และ PacBio สำหรับการประกอบจีโนม และเทคโนโลยีการจัดลำดับดีเอ็นเอแบบอ่านสั้นด้วย Illumina สำหรับการตรวจสอบความถูกต้องของการประกอบจีโนมและการแก้ไขข้อผิดพลาดของข้อมูล ONT บริการของเราครอบคลุมกระบวนการทำงานทางชีวสารสนเทศอย่างครบวงจร ตั้งแต่การประกอบจีโนม การระบุหน้าที่ และการวิเคราะห์ทางชีวสารสนเทศขั้นสูง เพื่อตอบสนองเป้าหมายการวิจัยที่เฉพาะเจาะจง บริการนี้ช่วยให้สามารถพัฒนาจีโนมอ้างอิงที่แม่นยำสำหรับการศึกษาทางพันธุกรรมและจีโนมต่างๆ นอกจากนี้ยังเป็นพื้นฐานสำหรับการใช้งานต่างๆ เช่น การปรับปรุงสายพันธุ์ วิศวกรรมพันธุกรรม และการพัฒนาเทคโนโลยีจุลินทรีย์ ทำให้มั่นใจได้ว่าข้อมูลจีโนมมีความน่าเชื่อถือและปราศจากช่องว่าง ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนาความรู้ทางวิทยาศาสตร์และนวัตกรรมทางเทคโนโลยีชีวภาพ
