-
მეტაგენომიური სეკვენირება -NGS
მეტაგენომი არის ორგანიზმების შერეული საზოგადოების, როგორიცაა გარემოს და ადამიანის მეტაგენომები, მთლიანი გენეტიკური მასალის ერთობლიობა. იგი შეიცავს როგორც კულტივირებადი, ასევე არაკულტივირებადი მიკროორგანიზმების გენომებს. NGS-ის გამოყენებით მეტაგენომიკური სეკვენირება საშუალებას იძლევა შესწავლილ იქნას გარემოს ნიმუშებში ჩადგმული ეს რთული გენომური ლანდშაფტები, რაც უზრუნველყოფს არა მხოლოდ ტაქსონომიურ პროფილირებას, არამედ სახეობების მრავალფეროვნების, სიმრავლის დინამიკისა და კომპლექსური პოპულაციური სტრუქტურების დეტალურ ხედვას. ტაქსონომიური კვლევების გარდა, მეტაგენომიკა ასევე გვთავაზობს ფუნქციურ გენომიკის პერსპექტივას, რაც საშუალებას იძლევა შესწავლილ იქნას კოდირებული გენები და მათი სავარაუდო როლები ეკოლოგიურ პროცესებში. და ბოლოს, გენეტიკურ ელემენტებსა და გარემო ფაქტორებს შორის კორელაციის ქსელების შექმნა ხელს უწყობს მიკრობულ საზოგადოებებსა და მათ ეკოლოგიურ ფონს შორის რთული ურთიერთქმედების ჰოლისტურ გაგებას. დასკვნის სახით, მეტაგენომიკური სეკვენირება წარმოადგენს მნიშვნელოვან ინსტრუმენტს მრავალფეროვანი მიკრობული საზოგადოებების გენომური სირთულეების ამოსახსნელად, რაც ნათელს ჰფენს გენეტიკასა და ეკოლოგიას შორის მრავალმხრივ ურთიერთობებს ამ რთულ ეკოსისტემებში.
პლატფორმები: Illumina NovaSeq და DNBSEQ-T7
-
მეტაგენომიური სეკვენირება-TGS
მეტაგენომი არის ორგანიზმების შერეული საზოგადოების გენეტიკური მასალის ერთობლიობა, როგორიცაა გარემოს და ადამიანის მეტაგენომები. იგი შეიცავს როგორც კულტივირებადი, ასევე არაკულტივირებადი მიკროორგანიზმების გენომებს. მეტაგენომიკური სეკვენირება საშუალებას იძლევა შესწავლილ იქნას ეკოლოგიურ ნიმუშებში ჩადგმული ეს რთული გენომური ლანდშაფტები, რაც ტაქსონომიურ პროფილირებაზე მეტს გვთავაზობს. ის ასევე გვთავაზობს ფუნქციურ გენომიკურ პერსპექტივას კოდირებული გენების და მათი სავარაუდო როლების შესწავლით გარემოსდაცვით პროცესებში. მიუხედავად იმისა, რომ Illumina სეკვენირების ტრადიციული მიდგომები ფართოდ გამოიყენება მეტაგენომიკურ კვლევებში, Nanopore-ისა და PacBio-ს ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების გაჩენამ შეცვალა სფერო. Nanopore-ისა და PacBio-ს ტექნოლოგიები აძლიერებს ბიოინფორმატიკულ ანალიზებს, განსაკუთრებით მეტაგენომის აწყობას, რაც უზრუნველყოფს უფრო უწყვეტ აწყობას. ანგარიშები მიუთითებს, რომ Nanopore-სა და PacBio-ზე დაფუძნებულმა მეტაგენომიკამ წარმატებით წარმოქმნა სრული და დახურული ბაქტერიული გენომები რთული მიკრობიომებიდან (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore-ის Illumina-ს რეიდებთან ინტეგრირება შეცდომების კორექციის სტრატეგიულ მიდგომას უზრუნველყოფს, რაც ამცირებს Nanopore-ის თანდაყოლილ დაბალ სიზუსტეს. ეს სინერგიული კომბინაცია იყენებს თითოეული სეკვენირების პლატფორმის ძლიერ მხარეებს და გვთავაზობს საიმედო გადაწყვეტას პოტენციური შეზღუდვების დასაძლევად და მეტაგენომიკური ანალიზების სიზუსტისა და სანდოობის გასაუმჯობესებლად.
პლატფორმა: Nanopore PromethION 48, Illumia და PacBio Revio
-
16S/18S/ITS ამპლიკონების სეკვენირება - PacBio
16S და 18S rRNA გენები, შინაგანი ტრანსკრიფციის შუასადების (ITS) რეგიონთან ერთად, მნიშვნელოვან მოლეკულურ თითის ანაბეჭდის მარკერებს წარმოადგენენ მაღალკონსერვატიული და ჰიპერვარიაბელური რეგიონების კომბინაციის გამო, რაც მათ ფასდაუდებელ ინსტრუმენტებად აქცევს პროკარიოტული და ეუკარიოტული ორგანიზმების დასახასიათებლად. ამ რეგიონების ამპლიფიკაცია და სეკვენირება გვთავაზობს იზოლაციისგან თავისუფალ მიდგომას სხვადასხვა ეკოსისტემაში მიკრობული შემადგენლობისა და მრავალფეროვნების შესასწავლად. მიუხედავად იმისა, რომ Illumina-ს სეკვენირება, როგორც წესი, მიზნად ისახავს მოკლე ჰიპერვარიაბელურ რეგიონებს, როგორიცაა 16S და ITS1-ის V3-V4, დადასტურდა, რომ უმაღლესი ტაქსონომიური ანოტაცია მიიღწევა 16S, 18S და ITS-ის სრული სიგრძის სეკვენირებით. ეს ყოვლისმომცველი მიდგომა იწვევს ზუსტად კლასიფიცირებული თანმიმდევრობების უფრო მაღალ პროცენტულ მაჩვენებლებს, რაც აღწევს გარჩევადობის დონეს, რომელიც ვრცელდება სახეობების იდენტიფიკაციამდე. PacBio-ს ერთმოლეკულურ რეალურ დროში (SMRT) სეკვენირების პლატფორმა გამოირჩევა მაღალი სიზუსტის გრძელი წაკითხვის (HiFi) უზრუნველყოფით, რომელიც მოიცავს სრული სიგრძის ამპლიკონებს, რაც კონკურენციას უწევს Illumina-ს სეკვენირების სიზუსტეს. ეს შესაძლებლობა მკვლევრებს საშუალებას აძლევს მიაღწიონ შეუდარებელ უპირატესობას — გენეტიკური ლანდშაფტის პანორამულ ხედს. გაფართოებული დაფარვა მნიშვნელოვნად ზრდის სახეობების ანოტაციის გარჩევადობას, განსაკუთრებით ბაქტერიულ ან სოკოვან თემებში, რაც საშუალებას იძლევა მიკრობული პოპულაციების სირთულეების უფრო ღრმად გააზრების.
-
16S/18S/ITS ამპლიკონური სეკვენირება-NGS
Illumina ტექნოლოგიით ამპლიკონების სეკვენირება, რომელიც კონკრეტულად 16S, 18S და ITS გენეტიკურ მარკერებს ისახავს მიზნად, მიკრობულ საზოგადოებებში ფილოგენიის, ტაქსონომიისა და სახეობების სიმრავლის გაშიფვრის მძლავრ მეთოდს წარმოადგენს. ეს მიდგომა გულისხმობს გენეტიკური მარკერების ჰიპერვარიაბელური რეგიონების სეკვენირებას. თავდაპირველად წარმოდგენილი იყო, როგორც მოლეკულური თითის ანაბეჭდი...ვოესესი და სხვ.1977 წელს, ამ ტექნიკამ რევოლუცია მოახდინა მიკრობიომის პროფილირებაში იზოლაციისგან თავისუფალი ანალიზის ჩატარების გზით. 16S (ბაქტერიები), 18S (სოკოები) და შინაგანი ტრანსკრიფციული სპეისერის (ITS, სოკოები) სეკვენირების გზით, მკვლევარებს შეუძლიათ არა მხოლოდ უხვი სახეობების, არამედ იშვიათი და ამოუცნობი სახეობების იდენტიფიცირებაც. ფართოდ გავრცელებული, როგორც მნიშვნელოვანი ინსტრუმენტი, ამპლიკონების სეკვენირება ინსტრუმენტული გახდა მრავალფეროვან გარემოში, მათ შორის ადამიანის პირის ღრუში, ნაწლავებში, განავალში და სხვაგან, მიკრობული შემადგენლობის დიფერენცირებული გარჩევისთვის.
-
ბაქტერიული და სოკოვანი მთლიანი გენომის ხელახალი სეკვენირება
ბაქტერიული და სოკოვანი მთლიანი გენომის ხელახალი სეკვენირების პროექტები გადამწყვეტია მიკრობული გენომიკის წინსვლისთვის, რადგან ისინი შესაძლებელს ხდის მიკრობული გენომების დასრულებას და შედარებას. ეს ხელს უწყობს ფერმენტაციის ინჟინერიას, სამრეწველო პროცესების ოპტიმიზაციას და მეორადი მეტაბოლიზმის გზების შესწავლას. გარდა ამისა, სოკოვანი და ბაქტერიული ხელახალი სეკვენირება გადამწყვეტია გარემოსთან ადაპტაციის გასაგებად, შტამების ოპტიმიზაციისა და გენეტიკური ევოლუციის დინამიკის გამოსავლენად, რაც ფართო გავლენას ახდენს მედიცინაზე, სოფლის მეურნეობასა და გარემოსდაცვით მეცნიერებაზე.
-
პროკარიოტული რნმ-ის სეკვენირება
რნმ-ის სეკვენირება უზრუნველყოფს უჯრედებში არსებული ყველა რნმ ტრანსკრიპტის ყოვლისმომცველ პროფილირებას კონკრეტულ პირობებში. ეს უახლესი ტექნოლოგია წარმოადგენს ძლიერ ინსტრუმენტს, რომელიც ავლენს გენის ექსპრესიის რთულ პროფილებს, გენის სტრუქტურებს და მოლეკულურ მექანიზმებს, რომლებიც დაკავშირებულია მრავალფეროვან ბიოლოგიურ პროცესებთან. ფუნდამენტურ კვლევებში, კლინიკურ დიაგნოსტიკასა და წამლების შემუშავებაში ფართოდ გამოყენებული რნმ-ის სეკვენირება გვთავაზობს წარმოდგენას უჯრედული დინამიკისა და გენეტიკური რეგულირების სირთულეებზე. ჩვენი პროკარიოტული რნმ-ის ნიმუშების დამუშავება მორგებულია პროკარიოტული ტრანსკრიპტომებისთვის, რაც მოიცავს rRNA-ს გამოფიტვას და მიმართულების ბიბლიოთეკის მომზადებას.
-
მეტატრანსკრიპტომის სეკვენირება
Illumina-ს სეკვენირების ტექნოლოგიის გამოყენებით, BMKGENE-ის მეტატრანსკრიპტომის სეკვენირების სერვისი ავლენს მიკრობების მრავალფეროვანი სპექტრის დინამიურ გენის ექსპრესიას, ეუკარიოტებიდან პროკარიოტებამდე და ვირუსებამდე, ისეთ ბუნებრივ გარემოში, როგორიცაა ნიადაგი, წყალი, ზღვა, განავალი და ნაწლავები. ჩვენი ყოვლისმომცველი სერვისი საშუალებას აძლევს მკვლევარებს, ჩაუღრმავდნენ კომპლექსური მიკრობული საზოგადოებების გენის ექსპრესიის სრულ პროფილებს. ტაქსონომიური ანალიზის გარდა, ჩვენი მეტატრანსკრიპტომის სეკვენირების სერვისი ხელს უწყობს ფუნქციური გამდიდრების შესწავლას, ნათელს ჰფენს დიფერენცირებულად ექსპრესირებულ გენებსა და მათ როლებს. აღმოაჩინეთ ბიოლოგიური ცოდნის სიმდიდრე, როდესაც ნავიგაციას გაუკეთებთ გენის ექსპრესიის, ტაქსონომიური მრავალფეროვნებისა და ფუნქციური დინამიკის რთულ ლანდშაფტებს ამ მრავალფეროვან გარემო ნიშებში.
-
სოკოს გენომის დე ნოვო ასამბლეა
BMKGENE სოკოვანი გენომებისთვის მრავალმხრივ გადაწყვეტილებებს გვთავაზობს, რომლებიც აკმაყოფილებს მრავალფეროვან კვლევით საჭიროებებს და გენომის სასურველ სისრულეს. მხოლოდ მოკლე წაკითხვის Illumina სეკვენირების გამოყენება გენომის დრაფტის გენერირების საშუალებას იძლევა. Nanopore-ის ან Pacbio-ს გამოყენებით მოკლე და ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირება გაერთიანებულია უფრო დახვეწილი სოკოვანი გენომის მისაღებად უფრო გრძელი კონტიგებით.
-
De novo ბაქტერიული გენომის ასამბლეა
ჩვენ გთავაზობთ ბაქტერიული გენომის აწყობის სრულ სერვისს, რომელიც გარანტიას იძლევა 0 ხარვეზისგან. ეს შესაძლებელია ხანგრძლივი წაკითხვის სეკვენირების ტექნოლოგიების, როგორიცაა Nanopore და PacBio აწყობისთვის და მოკლე წაკითხვის სეკვენირების Illumina-სთან ინტეგრირებით აწყობის ვალიდაციისთვის და ONT წაკითხვის შეცდომების გასწორებისთვის. ჩვენი სერვისი უზრუნველყოფს ბიოინფორმატიკული სამუშაო პროცესის სრულ პროცესს აწყობიდან დაწყებული, ფუნქციური ანოტაციით და მოწინავე ბიოინფორმატიული ანალიზით დამთავრებული, კონკრეტული კვლევითი მიზნების მისაღწევად. ეს სერვისი საშუალებას იძლევა შეიქმნას ზუსტი საცნობარო გენომები სხვადასხვა გენეტიკური და გენომიური კვლევებისთვის. გარდა ამისა, ის ქმნის საფუძველს ისეთი აპლიკაციებისთვის, როგორიცაა შტამების ოპტიმიზაცია, გენეტიკური ინჟინერია და მიკრობული ტექნოლოგიების შემუშავება, რაც უზრუნველყოფს საიმედო და ხარვეზებისგან თავისუფალ გენომურ მონაცემებს, რომლებიც აუცილებელია სამეცნიერო მიგნებებისა და ბიოტექნოლოგიური ინოვაციების წინსვლისთვის.
