Mag-log in sa BMKCloud

Mga Produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ang mga gene ng 16S at 18S rRNA, kasama ang rehiyon ng Internal Transcribed Spacer (ITS), ay nagsisilbing mga pivotal molecular fingerprinting marker dahil sa kanilang kombinasyon ng mga rehiyon na lubos na na-conserve at hyper-variable, na ginagawa silang napakahalagang kagamitan para sa pagkilala sa mga prokaryotic at eukaryotic na organismo. Ang amplipikasyon at sequencing ng mga rehiyong ito ay nag-aalok ng isang diskarte na walang isolation para sa pagsisiyasat sa komposisyon at pagkakaiba-iba ng microbial sa iba't ibang ecosystem. Bagama't karaniwang tinatarget ng Illumina sequencing ang mga maiikling hypervariable na rehiyon tulad ng V3-V4 ng 16S at ITS1, naipakita na ang superior taxonomic annotation ay makakamit sa pamamagitan ng sequencing ng buong haba ng 16S, 18S, at ITS. Ang komprehensibong diskarteng ito ay nagreresulta sa mas mataas na porsyento ng mga tumpak na nauri na mga sequence, na nakakamit ang isang antas ng resolution na umaabot sa pagkilala sa species. Ang Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform ng PacBio ay namumukod-tangi sa pamamagitan ng pagbibigay ng lubos na tumpak na mahahabang pagbasa (HiFi) na sumasaklaw sa mga full-length amplicon, na kapantay ng katumpakan ng Illumina sequencing. Ang kakayahang ito ay nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na makamit ang isang walang kapantay na kalamangan — isang malawak na tanawin ng genetic landscape. Ang pinalawak na saklaw ay makabuluhang nagpapataas ng resolusyon sa anotasyon ng mga species, lalo na sa loob ng mga komunidad ng bacterial o fungal, na nagbibigay-daan sa mas malalim na pag-unawa sa mga masalimuot na katangian ng mga populasyon ng microbial.

Makipag-ugnayan sa Amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatika

Mga Resulta ng Demo

Mga itinatampok na publikasyon

Mga Tampok ng Serbisyo

● Plataporma ng sequencing: PacBio Revio

● Paraan ng pagkakasunod-sunod: CCS (mga pagbasa ng HiFi)

● Pag-amplipikasyon ng target na rehiyon na sinusundan ng tandem linking ng mga amplicon bago ang paghahanda ng HiFi SMRT bell library

Mga Kalamangan sa Serbisyo

●Mas mataas na resolusyon sa taxonomy: Than short-amplicon sequencing,na nagbibigay-daan sa mas mataas na mga rate ng klasipikasyon ng OTU sa antas ng uri.

●Lubos na tumpak na pagtawag sa base: Pagkakasunod-sunod ng PacBio CCS mode (mga pagbasa gamit ang HiFi).

●Walang paghihiwalayMabilis na pagtukoy sa komposisyon ng mikrobyo sa mga sample ng kapaligiran.

●Malawakang naaangkopIba't ibang pag-aaral sa komunidad ng mikrobyo.

●Komprehensibong pagsusuri ng bioinformatikoAng pinakabagong pakete ng QIIME2 (quantitative insight into microbial ecology) na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, anotasyon, OTU/ASV.

●Malawak na KadalubhasaanDahil sa libu-libong proyekto ng amplicon sequencing na isinasagawa taun-taon, ang BMKGENE ay may mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.

Mga Espesipikasyon ng Serbisyo

Aklatan	Istratehiya sa Pagsunod-sunod	Inirerekomendang datos
Amplicon	PacBio Revio	10/30/50 K tags (CCS)

Mga Kinakailangan sa Halimbawa

Konsentrasyon (ng/µL)	Kabuuang dami (µg)	Dami (µL)
≥5	≥0.3	≥20

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o sa -80 degrees para sa pangmatagalang reserbasyon. Kinakailangan ang pagpapadala ng sample na may kasamang dry-ice.

Daloy ng Trabaho sa Serbisyo

Paghahatid ng halimbawa

Pagtatayo ng aklatan

Pagsunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Mga serbisyo pagkatapos ng benta

Nakaraan: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Susunod: Pagsusuri para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:

●Pagkontrol sa kalidad ng hilaw na datos

●Pagkumpol/Pag-alis ng ingay ng OTU (ASV)

●Anotasyon ng OTU

●Pagsusuri ng alpha diversity: maraming index, kabilang ang Shannon, Simpson at ACE.

●Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Beta

●Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo

●Pagsusuri ng ugnayan: sa pagitan ng mga salik sa kapaligiran at komposisyon at pagkakaiba-iba ng OUT

●16S functional gene prediction

Histogram ng distribusyon ng taxonomy

Puno ng pilohenetiko sa distribusyon ng komunidad

Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Alpha: ACE

indeks

Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng Beta: PCoA

Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo: ANOVA

Galugarin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng amplicon sequencing ng BMKGene gamit ang PacBio sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.

Gao, X. at Wang, H. (2023) 'Paghahambing na Pagsusuri ng mga Profile at Tungkulin ng Bakterya ng Rumen sa Panahon ng Pag-aangkop sa Iba't Ibang Penolohiya (Regreen vs. Grassy) sa mga Tupa ng Alpine Merino na may Dalawang Yugto ng Paglaki sa Isang Alpine Meadow', Fermentation, 9(1), p. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Pagkuha ng microbial dark matter sa mga lupang disyerto gamit ang metagenomics na nakabatay sa culturomics at high-resolution analysis', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Mga epekto ng mga asin ng fatty acid sa mga katangian ng fermentation, bacterial diversity at aerobic stability ng mixed silage na inihanda gamit ang alfalfa, dayami ng palay at wheat bran', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Ang Interaksyon sa Pagitan ng mga Oxidative Stress Biomarker at Gut Microbiota sa mga Antioxidant na Epekto ng mga Extract mula sa Sonchus brachyotus DC. sa Oxazolone-Induced Intestinal Oxidative Stress sa mga Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Tomo 12, Pahina 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.