Mga produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ang subunit sa 16S at 18S rRNA na naglalaman ng parehong lubos na natipid at hyper-variable na mga rehiyon ay isang perpektong molekular na fingerprint para sa prokaryotic at eukaryotic organism identification.Sinasamantala ang pagkakasunud-sunod, ang mga amplicon na ito ay maaaring ma-target batay sa mga conserved na bahagi at ang mga hyper-variable na rehiyon ay maaaring ganap na mailalarawan para sa microbial identification na nag-aambag sa mga pag-aaral na sumasaklaw sa microbial diversity analysis, taxonomy, phylogeny, atbp. Single-molecule real-time(SMRT ) ang pagkakasunud-sunod ng platform ng PacBio ay nagbibigay-daan sa pagkuha ng napakatumpak na mahabang pagbabasa, na maaaring sumaklaw sa mga full-length na amplicon (tinatayang 1.5 Kb).Ang pagpapalawak ng pagtingin sa genetic field ay lubos na nagpahusay sa resolusyon sa anotasyon ng mga species sa komunidad ng bakterya o fungi.

Platform:PacBio Sequel II

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Mahabang pagbabasa na nagpapakita ng buong-haba na pagkakasunud-sunod ng 16S/18S/ITS

● Lubos na tumpak na base calling gamit ang PacBio CCS mode sequencing

● Resolusyon sa antas ng species sa annotation ng OTU/ASV

● Pinakabagong daloy ng pagsusuri ng QIIME2 na may magkakaibang pagsusuri sa mga tuntunin ng database, anotasyon, OTU/ASV.

● Naaangkop sa magkakaibang pag-aaral sa komunidad ng microbial

● Ang BMK ay nagmamay-ari ng malawak na karanasan sa mahigit 100,000 sample/taon，na sumasaklaw sa lupa, tubig, gas, putik, dumi, bituka, balat, fermentation broth, insekto, halaman, atbp.

● Pinadali ng BMKCloud ang interpretasyon ng data na naglalaman ng 45 personalized na tool sa pagsusuri

Mga Detalye ng Serbisyo

Pagsusunod-sunodPlatform	Aklatan	Inirerekomendang data	Oras ng Turnaround
PacBio Sequel II	SMRT-bell	5K/10K/20K Mga Tag	44 araw ng trabaho

Pagsusuri ng bioinformatics

● Kontrol sa kalidad ng raw data

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● OTU annotation

● Alpha pagkakaiba-iba

● Beta pagkakaiba-iba

● Pagsusuri sa pagitan ng pangkat

● Pagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong salik

● Function gene prediction

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample	Halaga	Konsentrasyon	Kadalisayan
Mga extract ng DNA	＞ 1 μg	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample	Inirerekomendang pamamaraan ng sampling
Lupa	Dami ng sampling: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga dumi	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga nilalaman ng bituka	Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;I-centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.
Putik	Dami ng sampling: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katawan ng tubig	Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Mangolekta ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.
Balat	Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Paghahatid ng sample

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Susunod: Assay para sa Transposase-Accessible Chromatin na may High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

1. Rate ng anotasyon ng V3+V4(Illumina)-based na microbial community profiling kumpara sa Full-length (PacBio)-based na profileing.
(Ang data ng 30 random na piniling proyekto ay inilapat para sa mga istatistika)

2. Rate ng anotasyon ng full-length na pagkakasunud-sunod ng amplicon sa antas ng species sa iba't ibang uri ng sample

3.Pamamahagi ng mga species

4.Phylogenetic tree

Kaso ng BMK

Ang pagkakalantad ng arsenic ay nagdudulot ng pinsala sa bituka na hadlang at bunga ng pag-activate ng gat-liver axis na humahantong sa pamamaga at pyroptosis ng atay sa mga duck

Nai-publish:Agham ng Kabuuang Kapaligiran,2021

Diskarte sa pagkakasunud-sunod:

Mga Sample: Control vs 8 mg/kg ATO exposed group
Sequencing data yield: 102,583 raw CCS sequence sa kabuuan
Kontrol: 54,518 ± 747 epektibong CCS
ATO-exposed : 45,050 ± 1675 epektibong CCS

Mga pangunahing resulta

Pagkakaiba-iba ng Alpha:Ang pagkakalantad ng ATO ay makabuluhang binago ang kayamanan at pagkakaiba-iba ng bituka ng microbial sa mga duck.

Pagsusuri ng metastats:
Sa antas ng phylum: 2 bacterial phyla ang nakita lamang sa mga control group
Sa antas ng genus: 6 na genera ang natagpuang malaki ang pagkakaiba sa relatibong kasaganaan
Sa antas ng species: 36 na species ang natukoy sa kabuuan, na may 6 sa kanila na makabuluhang naiiba sa muling buhay na kasaganaan

Sanggunian

Thingholm, LB , et al."Ang mga Obese na Indibidwal na mayroon at walang Type 2 Diabetes ay Nagpapakita ng Iba't Ibang Gut Microbial Functional Capacity at Komposisyon."Cell Host at Microbe26.2(2019).