page_head_bg

Mga produkto

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Ang metagenomics ay isang molecular tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at network ng ugnayan na may mga kadahilanan sa kapaligiran, atbp. Ang mga platform ng pagkakasunud-sunod ng Nanopore ay ipinakilala kamakailan. sa metagenomic studies.Ang pambihirang pagganap nito sa haba ng pagbasa ay higit na pinahusay ang down stream metagenomic analysis, lalo na ang metagenome assembly.Ang pagkuha ng mga bentahe ng read-length, Nanopore-based metagenomic na pag-aaral ay nakakamit ng mas tuluy-tuloy na pagpupulong kumpara sa shot-gun metagenomics.Nai-publish na ang Nanopore-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genome mula sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kalikasan Biotech, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Kaso ng BMK

Mga Kalamangan sa Serbisyo

ØMataas na kalidad na pagpupulong-Pagpapahusay ng katumpakan ng pagkilala sa mga species at paghula ng funcational gene

ØIsinara ang bacterial genome isolation

ØMas malakas at maaasahang aplikasyon sa magkakaibang lugar, hal. pagtuklas ng mga pathogenic microorganism o mga gene na nauugnay sa resistensya ng antibiotic

ØComparative metagenome analysis

Mga Detalye ng Serbisyo

Pagsusunod-sunodPlatform

Aklatan

Inirerekomendang ani ng data

Tinantyang oras ng turn-around

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Mga Tag

30 Araw

Pagsusuri ng bioinformatics

üKontrol sa kalidad ng raw data

üPagpupulong ng metagenome

üNon-redundant gene set at anotasyon

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng species

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function

üPagsusuri sa pagitan ng pangkat

üPagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong kadahilanan

2

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga sample na kinakailangan at paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:   

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample

Halaga

Konsentrasyon

Kadalisayan

Mga extract ng DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample

Inirerekomendang pamamaraan ng sampling

Lupa

Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.

Mga dumi

Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.

Mga nilalaman ng bituka

Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.

Putik

Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon

Katawan ng tubig

Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Magtipon ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.

Balat

Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

logo_02

Paghahatid ng sample

logo_04

Paggawa ng aklatan

logo_05

Pagsusunod-sunod

logo_06

Pagsusuri sa datos

logo_07

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • 1.Heatmap: Pagkumpol ng kayamanan ng mga species32. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways43. Network ng ugnayan ng mga species54.Circos ng CARD antibiotic resistance genes
    6

    Kaso ng BMK

    Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection

    Nai-publish:Nature Biotechnology, 2019

    Mga Teknikal na Highlight
    Sequencing: Nanopore Minion
    Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA depletion, WIMP at ARMA analysis
    Mabilis na pagtuklas: 6 na oras
    Mataas na sensitivity: 96.6%

    Mga pangunahing resulta

    Noong 2006, ang lower respiratory infection (LR) ay nagdulot ng 3 milyong pagkamatay ng tao sa buong mundo.Ang karaniwang paraan para sa LR1 pathogen detection ay cultivation, na may mahinang sensitivity, mahabang turn-around-time at kakulangan ng gabay sa maagang antibiotic therapy.Ang mabilis at tumpak na microbial diagnosis ay matagal nang isang kagyat na pangangailangan.Si Dr. Justin mula sa University of East Anglia at ang kanyang mga kasosyo ay matagumpay na nakabuo ng isang Nanopore-based na metagenomic na paraan para sa pagtuklas ng pathogen.Ayon sa kanilang daloy ng trabaho, 99.99% ng host DNA ay maaaring maubos.Ang pagtuklas sa mga pathogen at mga gene na lumalaban sa antibiotic ay maaaring matapos sa loob ng 6 na oras.

    Sanggunian
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: