ØMataas na kalidad na pagpupulong-Pagpapahusay ng katumpakan ng pagkilala sa mga species at paghula ng funcational gene
ØIsinara ang bacterial genome isolation
ØMas malakas at maaasahang aplikasyon sa magkakaibang lugar, hal. pagtuklas ng mga pathogenic microorganism o mga gene na nauugnay sa resistensya ng antibiotic
ØComparative metagenome analysis
Pagsusunod-sunodPlatform | Aklatan | Inirerekomendang ani ng data | Tinantyang oras ng turn-around |
Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Mga Tag | 30 Araw |
üKontrol sa kalidad ng raw data
üPagpupulong ng metagenome
üNon-redundant gene set at anotasyon
üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng species
üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function
üPagsusuri sa pagitan ng pangkat
üPagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong kadahilanan
Mga Sample na Kinakailangan:
Para saMga extract ng DNA:
Uri ng Sample | Halaga | Konsentrasyon | Kadalisayan |
Mga extract ng DNA | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Para sa mga sample ng kapaligiran:
Uri ng sample | Inirerekomendang pamamaraan ng sampling |
Lupa | Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation. |
Mga dumi | Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon. |
Mga nilalaman ng bituka | Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes. |
Putik | Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon |
Katawan ng tubig | Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Magtipon ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube. |
Balat | Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube. |
I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.
1.Heatmap: Pagkumpol ng kayamanan ng mga species2. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways
3. Network ng ugnayan ng mga species
4.Circos ng CARD antibiotic resistance genes
Kaso ng BMK
Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection
Nai-publish:Nature Biotechnology, 2019
Mga Teknikal na Highlight
Sequencing: Nanopore Minion
Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA depletion, WIMP at ARMA analysis
Mabilis na pagtuklas: 6 na oras
Mataas na sensitivity: 96.6%
Mga pangunahing resulta
Noong 2006, ang lower respiratory infection (LR) ay nagdulot ng 3 milyong pagkamatay ng tao sa buong mundo.Ang karaniwang paraan para sa LR1 pathogen detection ay cultivation, na may mahinang sensitivity, mahabang turn-around-time at kakulangan ng gabay sa maagang antibiotic therapy.Ang mabilis at tumpak na microbial diagnosis ay matagal nang isang kagyat na pangangailangan.Si Dr. Justin mula sa University of East Anglia at ang kanyang mga kasosyo ay matagumpay na nakabuo ng isang Nanopore-based na metagenomic na paraan para sa pagtuklas ng pathogen.Ayon sa kanilang daloy ng trabaho, 99.99% ng host DNA ay maaaring maubos.Ang pagtuklas sa mga pathogen at mga gene na lumalaban sa antibiotic ay maaaring matapos sa loob ng 6 na oras.
Sanggunian
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection.Nature Biotechnology, 37(7), 1.