Pagsunod-sunod ng Metagenomic-TGS
Ang metagenome ay isang koleksyon ng genetic material ng isang halo-halong komunidad ng mga organismo, tulad ng mga metagenome sa kapaligiran at tao. Naglalaman ito ng mga genome ng parehong nabubungkal at hindi nabubungkal na mga mikroorganismo. Ang metagenomic sequencing ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng mga masalimuot na genomic landscape na ito na nakabaon sa mga ecological sample sa pamamagitan ng pagbibigay ng higit pa sa taxonomic profiling. Nag-aalok din ito ng isang functional genomics perspective sa pamamagitan ng paggalugad sa mga naka-encode na gene at ang kanilang mga posibleng papel sa mga prosesong pangkapaligiran. Habang ang mga tradisyonal na shotgun approach na may Illumina sequencing ay malawakang ginagamit sa mga metagenomic studies, ang pagdating ng Nanopore at PacBio long-read sequencing ay nagpabago sa larangan. Pinahuhusay ng teknolohiyang Nanopore at PacBio ang mga downstream bioinformatic analyses, lalo na ang metagenome assembly, na tinitiyak ang mas tuluy-tuloy na assembly. Ipinapahiwatig ng mga ulat na ang Nanopore-based at PacBio-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genomes mula sa mga kumplikadong microbiome (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Ang pagsasama ng Nanopore reads sa Illumina reads ay nagbibigay ng isang estratehikong diskarte para sa pagwawasto ng error, na nagpapagaan sa likas na mababang katumpakan ng Nanopore. Ginagamit ng synergistic na kombinasyong ito ang mga kalakasan ng bawat platform ng sequencing, na nag-aalok ng isang matibay na solusyon upang malampasan ang mga potensyal na limitasyon at isulong ang katumpakan at pagiging maaasahan ng mga pagsusuri ng metagenomic.
Plataporma: Nanopore PromethION 48, Illumia at PacBio Revio
Mga Tampok ng Serbisyo
● Mahabang pagbasa ng pagkakasunod-sunod sa Nanopore P48 (10Kb library); PacBio Revio (8Kb library)
● Pagwawasto ng error: sequencing sa Illumina NovaSeq (PE150 library)
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Mataas na Kalidad na Metagenome Assembly:Na may mas kaunting contigs na may mas mataas na continuity.
●Mas Mataas na Katumpakan:Pagtukoy sa uri at paghula ng gumaganang gene.
●Pinahusay na Pagsasama-samaPagpapadali sa paghihiwalay ng genome ng bakterya at paghahambing na pagsusuri ng metagenome.
●Komprehensibong Pagsusuri ng Bioinformatika:Ang aming pagsusuri ay nakatuon hindi lamang sa pagkakaiba-iba ng taxonomy kundi pati na rin sa functional diversity ng komunidad.
●Malawak na KaranasanAng aming koponan ay nagdadala ng saganang karanasan sa bawat proyekto, na may rekord ng matagumpay na pagsasara ng maraming proyekto ng metagenomics sa iba't ibang larangan ng pananaliksik at pagproseso ng mahigit 200,000 sample, kaya ang aming koponan ay nagdadala ng saganang karanasan sa bawat proyekto.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Plataporma ng pagkakasunod-sunod | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Inirerekomendang datos |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8kb | 10 / 20 Gb |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang dami (µg) | Dami (µL) | |
| Aklatan ng Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Aklatan ng Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Aklatan ng PacBio na may 8 kb | ≥50 | 10 µg/selula | ≥20 |
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
● Pagkontrol sa Kalidad ng Data ng Pagkakasunod-sunod
● Pagsasama-sama ng Metagenome at Paghula ng Gene
● Anotasyon ng Gene
● Pagsusuri ng Dibersidad ng Alpha sa Taksonomiya
● Pagsusuri ng Tungkulin ng Komunidad: Tungkuling Biyolohikal, Metaboliko, Paglaban sa Antibiotic
● Pagsusuri sa parehong Functional at Taxonomic Diversity:
Pagsusuri ng Beta Diversity
Pagsusuri sa pagitan ng mga grupo
Pagsusuri ng Korelasyon: sa pagitan ng mga salik sa kapaligiran at komposisyon at pagkakaiba-iba ng OUT
Distribusyon ng set ng gene na hindi kalabisan:
Anotasyon ng gene: landas ng KEGG
Anotasyon ng gene: eggNOG
Anotasyon ng gene: CAZY carbohydrates
Network ng ugnayan ng mga uri:
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng serbisyo ng metagenomics sequencing ng BMKGene gamit ang Nanopore + Illumina gamit ang itinatampok na publikasyong ito:
Jin, H. et al. (2023) 'Isang mataas na kalidad na genome compendium ng human gut microbiome ng mga Inner Mongolian', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), pp. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
