China Metagenomic Sequencing-Nanopore factory at mga tagagawa |BMK

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Ang metagenomics ay isang molecular tool na ginagamit upang pag-aralan ang pinaghalong genomic na materyales na nakuha mula sa mga sample ng kapaligiran, na nagbibigay ng detalyadong impormasyon sa pagkakaiba-iba at kasaganaan ng mga species, istraktura ng populasyon, phylogenetic na relasyon, functional na mga gene at network ng ugnayan na may mga kadahilanan sa kapaligiran, atbp. Ang mga platform ng pagkakasunud-sunod ng Nanopore ay ipinakilala kamakailan. sa metagenomic studies.Ang pambihirang pagganap nito sa haba ng pagbasa ay higit na pinahusay ang down stream metagenomic analysis, lalo na ang metagenome assembly.Ang pagkuha ng mga bentahe ng read-length, Nanopore-based metagenomic na pag-aaral ay nakakamit ng mas tuluy-tuloy na pagpupulong kumpara sa shot-gun metagenomics.Nai-publish na ang Nanopore-based metagenomics ay matagumpay na nakabuo ng kumpleto at saradong bacterial genome mula sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kalikasan Biotech, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Kaso ng BMK

Mga Kalamangan sa Serbisyo

ØMataas na kalidad na pagpupulong-Pagpapahusay ng katumpakan ng pagkilala sa mga species at paghula ng funcational gene

ØIsinara ang bacterial genome isolation

ØMas malakas at maaasahang aplikasyon sa magkakaibang lugar, hal. pagtuklas ng mga pathogenic microorganism o mga gene na nauugnay sa resistensya ng antibiotic

ØComparative metagenome analysis

Mga Detalye ng Serbisyo

Pagsusunod-sunodPlatform	Aklatan	Inirerekomendang ani ng data	Tinantyang oras ng turn-around
Illumina NovaSeq 6000	PE250	50K/100K/300K Mga Tag	30 Araw

Pagsusuri ng bioinformatics

üKontrol sa kalidad ng raw data

üPagpupulong ng metagenome

üNon-redundant gene set at anotasyon

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng species

üPagsusuri ng pagkakaiba-iba ng genetic function

üPagsusuri sa pagitan ng pangkat

üPagsusuri ng asosasyon laban sa mga pang-eksperimentong kadahilanan

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Mga sample na kinakailangan at paghahatid

Mga Sample na Kinakailangan:

Para saMga extract ng DNA:

Uri ng Sample	Halaga	Konsentrasyon	Kadalisayan
Mga extract ng DNA	＞ 30 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample ng kapaligiran:

Uri ng sample	Inirerekomendang pamamaraan ng sampling
Lupa	Sampling amount: approx.5 g;Ang natitirang lantang sangkap ay kailangang alisin sa ibabaw;Gumiling ng malalaking piraso at dumaan sa 2 mm na filter;Aliquot sample sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga dumi	Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga nilalaman ng bituka	Ang mga sample ay kailangang iproseso sa ilalim ng kondisyong aseptiko.Hugasan ang nakolektang tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS at kolektahin ang precipitant sa EP-tubes.
Putik	Sampling amount: approx.5 g;Kolektahin at aliquot ang sample ng putik sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katawan ng tubig	Para sa sample na may limitadong dami ng microbial, tulad ng tubig sa gripo, tubig ng balon, atbp., Magtipon ng hindi bababa sa 1 L na tubig at dumaan sa 0.22 μm na filter upang pagyamanin ang microbial sa lamad.Itago ang lamad sa sterile tube.
Balat	Maingat na simutin ang ibabaw ng balat gamit ang sterile cotton swab o surgical blade at ilagay ito sa sterile tube.

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sa loob ng 3-4 na oras at iimbak sa liquid nitrogen o -80 degree hanggang sa pangmatagalang reserbasyon.Kinakailangan ang sample na pagpapadala gamit ang dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Paghahatid ng sample

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Buong genome bisulfite sequencing

Susunod: Metagenomic Sequencing (NGS)

1.Heatmap: Pagkumpol ng kayamanan ng mga species2. Mga functional na gene na naka-annotate sa KEGG metabolic pathways3. Network ng ugnayan ng mga species4.Circos ng CARD antibiotic resistance genes

Kaso ng BMK

Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection

Nai-publish:Nature Biotechnology, 2019

Mga Teknikal na Highlight
Sequencing: Nanopore Minion
Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA depletion, WIMP at ARMA analysis
Mabilis na pagtuklas: 6 na oras
Mataas na sensitivity: 96.6%

Mga pangunahing resulta

Noong 2006, ang lower respiratory infection (LR) ay nagdulot ng 3 milyong pagkamatay ng tao sa buong mundo.Ang karaniwang paraan para sa LR1 pathogen detection ay cultivation, na may mahinang sensitivity, mahabang turn-around-time at kakulangan ng gabay sa maagang antibiotic therapy.Ang mabilis at tumpak na microbial diagnosis ay matagal nang isang kagyat na pangangailangan.Si Dr. Justin mula sa University of East Anglia at ang kanyang mga kasosyo ay matagumpay na nakabuo ng isang Nanopore-based na metagenomic na paraan para sa pagtuklas ng pathogen.Ayon sa kanilang daloy ng trabaho, 99.99% ng host DNA ay maaaring maubos.Ang pagtuklas sa mga pathogen at mga gene na lumalaban sa antibiotic ay maaaring matapos sa loob ng 6 na oras.

Sanggunian
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Binibigyang-daan ng Nanopore metagenomics ang mabilis na klinikal na pagsusuri ng bacterial lower respiratory infection.Nature Biotechnology, 37(7), 1.