De novo Fungal Genome Assembly
Nag-aalok ang BMKGENE ng maraming nalalamang solusyon para sa mga fungal genome, na tumutugon sa magkakaibang pangangailangan sa pananaliksik at ninanais na pagkakumpleto ng genome. Ang paggamit lamang ng short-read Illumina sequencing ay nagbibigay-daan sa pagbuo ng isang draft genome. Ang mga short-read at long-read sequencing gamit ang Nanopore o Pacbio ay pinagsama para sa isang mas pinong fungal genome na may mas mahabang contigs. Bukod dito, ang pagsasama ng Hi-C sequencing ay higit na nagpapahusay sa mga kakayahan, na nagbibigay-daan sa pagkamit ng isang kumpletong chromosome-level genome.
Mga Tampok ng Serbisyo
May tatlong posibleng pagpipilian depende sa nais na antas ng pagkakumpleto ng genome:
● Opsyon sa Draft ng Genome: Maikling pagbasa ng sequencing gamit ang Illumina NovaSeq PE150.
● Opsyon sa Fungal Fine Genome:
Survey sa Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Pagsasama-sama ng Genome: PacBio Revio (mga HiFi read) o Nanopore PromethION 48.
● Genome ng Fungal sa Antas ng Chromosome:
Survey sa Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Pagsasama-sama ng Genome: PacBio Revio (mga HiFi read) o Nanopore PromethION 48.
Contig anchoring gamit ang Hi-C assembly.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Maramihang Istratehiya sa Pagsunod-sunod na MagagamitPara sa iba't ibang layunin ng pananaliksik at mga kinakailangan para sa pagkakumpleto ng genome
●Kumpletong Daloy ng Trabaho sa Bioinformatics:Kabilang dito ang genome assembly at ang prediksyon ng maraming genomic element, functional gene annotation, at contig anchoring.
●Malawak na KadalubhasaanDahil sa mahigit 12,000 microbial genomes na natipon, taglay namin ang mahigit isang dekadang karanasan, isang lubos na bihasang pangkat ng pagsusuri, komprehensibong nilalaman, at mahusay na suporta pagkatapos ng benta.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Serbisyo | Istratehiya sa Pagsunod-sunod | Kontrol ng Kalidad |
| Draft Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Pinong Genome | Survey ng genome: Illumina PE150 50 x Pagsasama-sama: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Iba pa） |
| Genome sa antas ng kromosoma | Survey ng genome: Illumina PE150 50 x Pagsasama-sama: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x | Proporsyon ng pag-angkla na contig>90%
|
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
| Konsentrasyon (ng/µL) | Kabuuang dami (µg) | Dami (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Uniselular na Fungus: ≥3.5x1010 mga selula
Makro-Hayup: ≥10 g
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Paghahatid ng halimbawa
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang ang Sumusunod na Pagsusuri:
Survey ng Genome:
- Pagkontrol sa kalidad ng datos sa pagkakasunud-sunod
- Pagtatantya ng genome: laki, heterozygosity, mga paulit-ulit na elemento
Pagsasama-sama ng Pinong Genome:
- Pagkontrol sa Kalidad ng Datos ng Pagkakasunod-sunod
- BagoAsembleya
- Pagsusuri ng Bahagi ng Genome: Prediksyon ng CDS at maraming elemento ng genomic
- Anotasyong pang-functional na may maraming pangkalahatang database (GO, KEGG, atbp.) at mga advanced na database (CARD, VFDB, atbp.)
Pagsasama-sama ng Hi-C:
- Pagtatasa ng Hi-C Library.
- Mga contig anchoring, clustering, ordering, at orienting
- Pagsusuri ng HI-C Assembly: Batay sa reference genome at heat map
Survey ng genome: distribusyon ng k-mer
Pagsasama-sama ng genome: anotasyon ng homologous ng gene (database ng NR)
Pagsasama-sama ng genome: functional gene annotation (GO)
Galugarin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng fungal genome assembly ng BMKGene sa pamamagitan ng isang piniling koleksyon ng mga publikasyon.
Hao, J. et al. (2023) 'Pinagsamang omic profiling ng nakapagpapagaling na kabute na Inonotus obliquus sa ilalim ng mga kondisyon sa ilalim ng tubig',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/MGA FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Ipinapakita ng genome sequencing ang ebolusyon at mga mekanismo ng pathogen ng wheat sharp eyespot pathogen na Rhizoctonia cerealis',Ang Talaarawan ng Pananim, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Mga Mapagkukunan ng Genome para sa Apat na Uri ng Clarireedia na Nagdudulot ng Dollar Spot sa Magkakaibang Turfgrasses',Sakit sa Halaman, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Ebidensyang Henetiko at Molekular ng Sistemang Tetrapolar sa Nakakaing Kabute na Grifola frondosa',Journal ng mga Fungi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
