Pagsunod-sunod ng Pinalawak na Fragment ng Specific-Locus (SLAF-Seq)
Daloy ng Trabaho
Ang serbisyo ay may ilang paunang disenyo in silico upang matiyak ang pinakamainam na pagpili ng enzyme sa paghahanda ng library.
Teknikal na Iskema
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagse-sequence sa NovaSeq gamit ang PE150.
● Paghahanda ng library na may dobleng barcoding, na nagbibigay-daan sa pagsasama-sama ng mahigit 1000 sample.
● Hindi nakabatay sa genome na sanggunian:
Gamit ang sangguniang genome: pagtuklas ng SNP at InDel
Walang sangguniang genome: sample clustering at pagtuklas ng SNP
● Sain-silicoSa yugto bago ang disenyo, sinusuri ang mga kumbinasyon ng multiple restriction enzyme upang mahanap ang mga bumubuo ng pare-parehong distribusyon ng mga SLAF tag sa genome.
● Sa panahon ng pre-experiment, tatlong kombinasyon ng enzyme ang sinubukan sa 3 sample upang makabuo ng 9 na SLAF libraries, at ang impormasyong ito ay ginagamit upang piliin ang pinakamainam na kombinasyon ng restriction enzyme para sa proyekto.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Pagtuklas sa Mataas na Genetic Marker: Isinasama namin ang isang high-throughput double barcode system na nagbibigay-daan para sa sabay-sabay na sequencing ng malalaking populasyon, at pinahuhusay ng locus-specific amplification ang kahusayan, na tinitiyak na natutugunan ng mga numero ng tag ang magkakaibang pangangailangan ng iba't ibang tanong sa pananaliksik.
● Mababang Pagdepende sa GenomeMaaari itong ilapat sa mga species na mayroon o walang reference genome.
●Disenyo ng Flexible na IskemaAng single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion, at iba't ibang uri ng enzyme ay maaaring mapili upang matugunan ang iba't ibang layunin ng pananaliksik o species.
● Mataas na Kahusayan sa Enzymatic Digestion: Ang pagpapadaloy ng isangin-silicoTinitiyak ng pre-design at pre-experiment ang pinakamainam na disenyo na may pantay na distribusyon ng mga SLAF tag sa chromosome (1 SLAF tag/4Kb) at nabawasang paulit-ulit na pagkakasunod-sunod (<5%).
●Malawak na KadalubhasaanNagdadala kami ng saganang karanasan sa bawat proyekto, na may rekord ng pagsasara ng mahigit 5000 proyektong SLAF-Seq sa daan-daang uri ng hayop, kabilang ang mga halaman, mamalya, ibon, insekto, at mga organismong nabubuhay sa tubig.
● Daloy ng Trabaho sa Bioinformatic na Sarili ang Pag-unladBumuo kami ng isang pinagsamang bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng pinal na output.
Mga Espesipikasyon ng Serbisyo
| Uri ng pagsusuri | Inirerekomendang sukat ng populasyon | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | |
| Lalim ng pagkakasunod-sunod ng tag | Numero ng tag | ||
| Mga Mapa ng Henetiko | 2 magulang at >150 supling | Mga Magulang: 20x WGS Pag-aalis: 10x | Laki ng genome: <400 Mb: Inirerekomenda ang WGS <1Gb: 100K na mga tag 1-2Gb:: 200K na mga tag >2Gb: 300K tag Pinakamataas na 500k na tag |
| Mga Pag-aaral sa Asosasyon sa Buong Genome (GWAS) | ≥200 na mga sample | 10x | |
| Ebolusyong Henetiko | ≥30 sample, na may >10 sample mula sa bawat subgroup | 10x | |
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL
Kabuuang dami ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: wala o limitado ang pagkasira o kontaminasyon
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge
(Para sa karamihan ng mga sample, inirerekomenda naming huwag i-preserve sa ethanol)
Paglalagay ng label sa mga halimbawa: Ang mga halimbawa ay kailangang malinaw na may label at kapareho ng isinumiteng form ng impormasyon para sa halimbawa.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Halimbawang QC
Eksperimento ng piloto
Eksperimento sa SLAF
Paghahanda sa Aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng Datos
Mga Serbisyo Pagkatapos ng Pagbebenta
Ang aming bioinformatical analysis ay binubuo ng:
Data QC at data trimming upang alisin ang mga N-rich read, adapter read, o mababang kalidad na read.
Ang pangalawang kontrol sa kalidad ng mga malinis na babasahin ay upang suriin ang distribusyon ng base, kalidad ng sequence at isang pagtatasa ng datos, ngunit upang suriin din ang kahusayan ng digestion at ang mga nakuhang insert.
Kapag nasuri na ang mga pagbasa, mayroong dalawang pagpipilian:
- Pagmamapa sa sangguniang genome
- Walang sangguniang genome: clustering
Pagkatapos nito, ang pagsusuri ng mga SLAF tag ay ginagamit upang magsagawa ng ilang variant calling upang makatulong sa pagtuklas ng marker: SNP, InDel, SNV, CV calling at annotation.
Distribusyon ng mga tag ng SLAF sa mga kromosoma:
Distribusyon ng mga SNP sa mga kromosoma:
Anotasyon ng SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X at Shi C (2023) Pagmamapa ng QTL at pagsusuri ng transcriptome ng nilalaman ng asukal habang nahihinog ang prutasPyrus pyrifolia.Harap. Agham ng Halaman.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ang pagtukoy sa st1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng pag-hitchhiking ng morpolohiya ng binhi at nilalaman ng langis habang inaalagaan ang soybean.Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.at iba pa.Pagkakasunod-sunod ng genome at pagkakaiba-iba ng henetiko ng karaniwang karpa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.at iba pa.Ang genome ng nilinang na mani ay nagbibigay ng kaalaman sa mga karyotype ng legume, ebolusyon ng polyploid, at pagpapaamo ng pananim.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Taon | Dyornal | IF | Pamagat | Mga Aplikasyon |
| 2022 | Mga komunikasyon sa kalikasan | 17.694 | Henomikong batayan ng mga giga-chromosome at giga-genome ng tree peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Bagong Phytologist | 7.433 | Ang mga bakas ng paa ng domestikasyon ay nag-aangkla sa mga rehiyon ng genomic na may kahalagahang agronomic sa soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal ng Maunlad na Pananaliksik | 12.822 | Mga artipisyal na introgresyon sa buong genome ng Gossypium barbadense sa G. hirsutum nagpapakita ng superior loci para sa sabay-sabay na pagpapabuti ng kalidad at ani ng hibla ng bulak mga katangian | SLAF-Henetikang Ebolusyonaryo |
| 2019 | Halamang Molekular | 10.81 | Ang Pagsusuri ng Henomiko ng Populasyon at De Novo Assembly ay Nagbubunyag ng Pinagmulan ng Weedy Rice bilang isang Ebolusyonaryong Laro | SLAF-Henetikang Ebolusyonaryo |
| 2019 | Genetika ng Kalikasan | 31.616 | Pagkakasunod-sunod ng genome at pagkakaiba-iba ng henetiko ng karaniwang karpa, Cyprinus carpio | Mapa ng SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika ng Kalikasan | 25.455 | Ang genome ng nilinang na mani ay nagbibigay ng kaalaman tungkol sa mga karyotype ng legume, polyploid ebolusyon at pagpapaamo ng pananim. | Mapa ng SLAF-Linkage |
| 2022 | Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman | 9.803 | Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng pag-hitchhiking ng morpolohiya ng binhi at nilalaman ng langis habang inaalagaan ang soybean | Pag-unlad ng SLAF-Marker |
| 2022 | Pandaigdigang Dyornal ng mga Agham Molekular | 6.208 | Pagkilala at Pagbuo ng DNA Marker para sa isang Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Pagpapalit ng Disomic Chromosome | Pag-unlad ng SLAF-Marker |
| Taon | Dyornal | IF | Pamagat | Mga Aplikasyon |
| 2023 | Mga Hangganan sa agham ng halaman | 6.735 | Pagmamapa ng QTL at pagsusuri ng transcriptome ng nilalaman ng asukal habang nahihinog ang prutas ng Pyrus pyrifolia | Mapa ng Henetiko |
| 2022 | Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman | 8.154 | Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng pag-hitchhiking ng morpolohiya ng binhi at nilalaman ng langis habang pinapaamo ang soybean
| Pagtawag sa SNP |
| 2022 | Mga Hangganan sa agham ng halaman | 6.623 | Pagmapa ng Asosasyon sa Buong Genome ng mga Phenotype ng Hulless Barely sa Kapaligiran ng Tagtuyot.
| GWAS |
