Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Daloy ng trabaho
Ang serbisyo ay may ilang pre-design sa silico upang magarantiya ang pinakamainam na pagpili ng enzyme sa paghahanda ng library.
Teknikal na Scheme
Mga Tampok ng Serbisyo
● Pagsusunod-sunod sa NovaSeq gamit ang PE150.
● Paghahanda ng library na may double barcoding, na nagpapagana ng pagsasama-sama ng higit sa 1000 sample.
● Independent sa reference genome:
May reference genome: SNP at InDel discovery
Nang walang reference na genome: sample clustering at SNP discovery
● Sain-silicoAng yugto ng pre-design na multiple restriction enzyme combinations ay sinusuri upang mahanap ang mga bumubuo ng pare-parehong pamamahagi ng mga SLAF tag sa kahabaan ng genome.
● Sa panahon ng pre-experiment, tatlong kumbinasyon ng enzyme ang sinusuri sa 3 sample upang makabuo ng 9 na library ng SLAF, at ginagamit ang impormasyong ito para piliin ang pinakamainam na kumbinasyon ng restriction enzyme para sa proyekto.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Pagtuklas ng High Genetic Marker: Isinasama namin ang isang high-throughput na double barcode system na nagbibigay-daan para sa sabay-sabay na pagkakasunud-sunod ng malalaking populasyon, at locus-specific na amplification na nagpapahusay ng kahusayan, na tinitiyak na ang mga numero ng tag ay nakakatugon sa magkakaibang mga kinakailangan ng iba't ibang mga katanungan sa pananaliksik.
● Mababang Pag-asa sa Genome: Maaari itong ilapat sa mga species na mayroon o walang reference na genome.
●Flexible na Disenyo ng Scheme: Ang single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion, at iba't ibang uri ng enzymes ay maaaring mapili lahat upang matugunan ang iba't ibang layunin sa pananaliksik o species.
● Mataas na Kahusayan sa Enzymatic Digestion: Ang pagpapadaloy ng isangin-silicoTinitiyak ng pre-design at pre-experiment ang pinakamainam na disenyo na may pantay na pamamahagi ng mga SLAF tag sa chromosome (1 SLAF tag/4Kb) at pinababang paulit-ulit na sequence (<5%).
●Malawak na Dalubhasa: Nagdadala kami ng maraming karanasan sa bawat proyekto, na may track record ng pagsasara ng higit sa 5000 SLAF-Seq na proyekto sa daan-daang species, kabilang ang mga halaman, mammal, ibon, insekto, at aquatic na organismo.
● Self-developed Bioinformatic Workflow: Bumuo kami ng pinagsama-samang bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng panghuling output.
Mga Detalye ng Serbisyo
| Uri ng pagsusuri | Inirerekomendang sukat ng populasyon | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | |
| Lalim ng pagkakasunud-sunod ng tag | Numero ng tag | ||
| Mga Genetic na Mapa | 2 magulang at >150 supling | Mga Magulang: 20x WGS Mga supling: 10x | Laki ng genome: <400 Mb: Inirerekomenda ang WGS <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K na mga tag Max 500k na mga tag |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | ≥200 sample | 10x | |
| Genetic Evolution | ≥30 sample, na may >10 sample mula sa bawat subgroup | 10x | |
Mga Kinakailangan sa Serbisyo
Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL
Kabuuang halaga ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: wala o limitadong pagkasira o kontaminasyon
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube
(Para sa karamihan ng mga sample, inirerekomenda namin na huwag itago sa ethanol)
Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.
Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Sample QC
Eksperimento ng piloto
SLAF-eksperimento
Paghahanda sa Aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri ng Datos
Mga Serbisyong Pagkatapos ng Pagbebenta
Ang aming bioinformatical analysis ay binubuo ng:
Data QC at data trimming para alisin ang N-rich reads, adapter reads o mababang kalidad na reads.
Ang pangalawang kontrol sa kalidad ng malinis ay nagbabasa upang suriin ang pamamahagi ng base, kalidad ng pagkakasunud-sunod at isang pagtatasa ng data, ngunit upang suriin din ang kahusayan sa panunaw at ang mga pagsingit na nakuha.
Kapag nasuri ang mga nabasa, mayroong dalawang opsyon:
- Pagma-map upang sumangguni sa genome
- Nang walang reference na genome: clustering
Pagkatapos nito, ginagamit ang pagsusuri ng mga tag ng SLAF para gumawa ng ilang variant na pagtawag para tumulong sa pagtuklas ng marker: SNP, InDel, SNV, CV na pagtawag at anotasyon
Pamamahagi ng mga tag ng SLAF sa mga chromosome:
Pamamahagi ng mga SNP sa chromosome:
Anotasyon ng SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X at Shi C (2023) QTL mapping at transcriptome analysis ng sugar content sa panahon ng paghinog ng prutas ngPyrus pyrifolia.harap. Plant Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Ang pagkakakilanlan ng st1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication.Plant Biotechnology Journal, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Genome sequence at genetic diversity ng karaniwang carp,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Ang genome ng cultivated peanut ay nagbibigay ng insight sa legume karyotypes, polyploid evolution at crop domestication.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| taon | Journal | IF | Pamagat | Mga aplikasyon |
| 2022 | Mga komunikasyon sa kalikasan | 17.694 | Genomic na batayan ng giga-chromosome at giga-genome ng tree peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Bagong Phytologist | 7.433 | Domestication footprints anchor genomic rehiyon ng agronomic kahalagahan sa soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal ng Advanced na Pananaliksik | 12.822 | Genome-wide artificial introgressions ng Gossypium barbadense sa G. hirsutum ipakita ang superior loci para sa sabay-sabay na pagpapabuti ng kalidad at ani ng cotton fiber mga katangian | SLAF-Evolutionary genetics |
| 2019 | Molecular Plant | 10.81 | Ang Pagsusuri ng Genomic ng Populasyon at De Novo Assembly ay Inihayag ang Pinagmulan ng Weedy Rice bilang isang Evolutionary Game | SLAF-Evolutionary genetics |
| 2019 | Genetika ng Kalikasan | 31.616 | Genome sequence at genetic diversity ng karaniwang carp, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage na mapa |
| 2014 | Genetika ng Kalikasan | 25.455 | Ang genome ng cultivated peanut ay nagbibigay ng insight sa legume karyotypes, polyploid ebolusyon at crop domestication. | SLAF-Linkage na mapa |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication | Pag-unlad ng SLAF-Marker |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identification at DNA Marker Development para sa isang Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Substitution | Pag-unlad ng SLAF-Marker |
| taon | Journal | IF | Pamagat | Mga aplikasyon |
| 2023 | Mga hangganan sa agham ng halaman | 6.735 | QTL mapping at transcriptome analysis ng sugar content sa panahon ng fruit ripening ng Pyrus pyrifolia | Genetic na Mapa |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication
| Tumatawag sa SNP |
| 2022 | Mga hangganan sa agham ng halaman | 6.623 | Genome-Wide Association Mapping ng Hulless Barely Phenotypes sa Drought Environment.
| GWAS |
