BMKCloud Log in
条形banner-03

Mga produkto

Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)

Ang high-throughput genotyping, lalo na sa malakihang populasyon, ay isang pangunahing hakbang sa genetic association studies, na nagbibigay ng genetic na batayan para sa functional gene discovery, evolutionary analysis, atbp. Sa halip na malalim na buong genome re-sequencing, binawasan ang representasyon ng genome sequencing (RRGS ) ay ipinakilala upang mabawasan ang gastos sa pagkakasunud-sunod sa bawat sample, habang pinapanatili ang makatwirang kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker.Ito ay karaniwang nakakamit sa pamamagitan ng pag-extract ng fragment ng paghihigpit sa loob ng ibinigay na hanay ng laki, na pinangalanang reduced representation library (RRL).Ang specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) ay isang self-developed na diskarte para sa SNP genotyping na mayroon o walang reference na genome.
Platform: Plataporma ng Illumina NovaSeq


Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Mga Tampok na Lathalain

Mga Detalye ng Serbisyo

Teknikal na Scheme

111

Daloy ng trabaho

流程图

Mga Kalamangan sa Serbisyo

Mataas na kahusayan sa pagtuklas ng marker- Ang teknolohiya ng high-throughput na sequencing ay tumutulong sa SLAF-Seq sa pagtuklas ng daan-daang libong mga tag sa loob ng buong genome.

Mababang pag-asa sa genome- Maaari itong ilapat sa mga species na mayroon man o walang reference na genome.

Flexible na disenyo ng scheme- Single-enzyme, dual-enzyme, multi-enzyme digestion at iba't ibang uri ng enzymes, lahat ay maaaring piliin upang matugunan ang iba't ibang layunin ng pananaliksik o species.Ang paunang pagsusuri sa silico ay ginagamit upang tiyakin ang isang pinakamainam na disenyo ng enzyme.

Mahusay na enzymatic digestion- Isinagawa ang paunang eksperimento upang ma-optimize ang mga kundisyon, na ginagawang matatag at maaasahan ang pormal na eksperimento.Ang kahusayan sa koleksyon ng fragment ay maaaring makamit ang higit sa 95%.

Pantay na ipinamahagi ang mga SLAF tag- Ang mga tag ng SLAF ay pantay na ipinamahagi sa lahat ng chromosome sa pinakamalawak, na nakakamit ng average na 1 SLAF bawat 4 kb.

Epektibong pag-iwas sa mga paulit-ulit- Ang paulit-ulit na pagkakasunud-sunod sa data ng SLAF-Seq ay binabawasan sa mas mababa sa 5%, lalo na sa mga species na may mataas na antas ng pag-uulit, tulad ng trigo, mais, atbp.

Malawak na karanasan-Higit sa 2000 saradong proyekto ng SLAF-Seq sa daan-daang species na sumasaklaw sa mga halaman, mammal, ibon, insekto, aqua-organism, atbp.

Self-developed bioinformatic workflow- Isang pinagsama-samang bioinformatic workflow para sa SLAF-Seq ay binuo ng BMKGENE upang matiyak ang pagiging maaasahan at katumpakan ng huling output.

 

Mga Detalye ng Serbisyo

 

Platform

Conc.(ng/gl)

Kabuuan (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Tomo>15μl)

1.6-2.5

Tandaan: Tatlong sample, bawat isa ay may tatlong enzyme scheme, ang isasagawa para sa pre-experiment.

Inirerekomendang Diskarte sa Pagkakasunud-sunod

Depth ng sequencing: 10X/Tag

Sukat ng Genome

Inirerekomendang SLAF Tag

< 500 Mb

100K o WGS

500 Mb- 1 Gb

100 K

1 Gb -2 Gb

200 K

Mga higante o kumplikadong genome

300 - 400K

 

Mga aplikasyon

 

Inirerekomenda

Skala ng Populasyon

 

Diskarte sa pagkakasunud-sunod at lalim

 

Lalim

 

Numero ng Tag

 

GWAS

 

Halimbawang numero ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Ayon kay

laki ng genome

 

Genetic Evolution

 

Mga indibidwal ng bawat isa

subgroup ≥ 10;

kabuuang sample ≥ 30

 

10X

 

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube

Para sa karamihan ng mga sample, inirerekumenda namin na huwag itago sa ethanol.

Sample na pag-label: Ang mga sample ay kailangang malinaw na may label at magkapareho sa isinumiteng sample na form ng impormasyon.

Pagpapadala: Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay muna sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Sample QC
Eksperimento ng piloto
Eksperimento ng SLAF
Paghahanda sa Aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Sample QC

Eksperimento ng piloto

SLAF-eksperimento

Paghahanda sa Aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga Serbisyong Pagkatapos ng Pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • 1. Mga istatistika ng resulta ng mapa

    larawan1

    A1

    2. Pag-unlad ng SLAF marker

    A2

    3. Variation annotation

    A3

    taon

    Talaarawan

    IF

    Pamagat

    Mga aplikasyon

    2022

    Mga komunikasyon sa kalikasan

    17.694

    Genomic na batayan ng giga-chromosome at giga-genome ng tree peony

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015

    Bagong Phytologist

    7.433

    Domestication footprints anchor genomic rehiyon ng agronomic kahalagahan sa

    soybeans

    SLAF-GWAS

    2022

    Journal ng Advanced na Pananaliksik

    12.822

    Genome-wide artificial introgressions ng Gossypium barbadense sa G. hirsutum

    ipakita ang superior loci para sa sabay-sabay na pagpapabuti ng kalidad at ani ng cotton fiber

    mga katangian

    SLAF-Evolutionary genetics

    2019

    Molecular Plant

    10.81

    Ang Pagsusuri ng Genomic ng Populasyon at De Novo Assembly ay Inihayag ang Pinagmulan ng Weedy

    Rice bilang isang Evolutionary Game

    SLAF-Evolutionary genetics

    2019

    Genetika ng Kalikasan

    31.616

    Genome sequence at genetic diversity ng karaniwang carp, Cyprinus carpio

    SLAF-Linkage na mapa

    2014

    Genetika ng Kalikasan

    25.455

    Ang genome ng cultivated peanut ay nagbibigay ng insight sa legume karyotypes, polyploid

    ebolusyon at crop domestication.

    SLAF-Linkage na mapa

    2022

    Plant Biotechnology Journal

    9.803

    Ang pagkakakilanlan ng ST1 ay nagpapakita ng isang seleksyon na kinasasangkutan ng hitchhiking ng seed morphology

    at nilalaman ng langis sa panahon ng soybean domestication

    Pag-unlad ng SLAF-Marker

    2022

    International Journal of Molecular Sciences

    6.208

    Identification at DNA Marker Development para sa isang Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Disomic Chromosome Substitution

    Pag-unlad ng SLAF-Marker

    kumuha ka ng kota

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: