Mga produkto

DNA/RNA sequencing -PacBio Sequencer

Ang PacBio sequencing platform ay isang long-read sequencing platform, na kilala rin bilang isa sa mga teknolohiya ng Third-Generation Sequencing(TGS).Ang pangunahing teknolohiya, ang single-molecule real-time (SMRT), ay nagbibigay ng kapangyarihan sa pagbuo ng mga reads na may sampu-sampung kilo-base ang haba.Sa base ng "Sequencing-by-Synthesis", ang solong nucleotide resolution ay nakakamit ng Zero-mode waveguide(ZMW), kung saan limitado lamang ang volume sa ibaba(site ng molecule synthesis), ang iluminado.Bilang karagdagan, higit na iniiwasan ng SMRT sequencing ang bias na partikular sa pagkakasunud-sunod sa sistema ng NGS, dahil ang karamihan sa mga hakbang sa pagpapalakas ng PCR ay hindi kinakailangan sa proseso ng pagtatayo ng library.

Plataporma: Sequel II, Revio

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Mga Resulta ng Demo

Mga tampok

Dalawang sequencing mode sa PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) at Circular Consensus Read (CCS)

Sequencing Mode

Laki ng Aklatan

Teoretikal na DatosYield (Per Cell)

Single-baseKatumpakan

Mga aplikasyon

CLR

20Kb, 30Kb, atbp.

80 Gb hanggang 130 Gb

Tinatayang85%

De novo, SV na pagtawag, atbp.

CCS

15-20 Kb

14 hanggang 40 Gb/Cell (Sequel II)

70 hanggang 110 Gb/Cell (Revio)

Depende sa mga sample

Tinatayang99%

De novo, pagtawag sa SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Paghahambing ng pagganap at mga tampok ng Revio at Sequel II

Mga tuntunin	Sistema ng Sequel II	Sistema ng Revio	Taasan
Mas mataas na density	8 milyong ZMW	25 milyong ZMW	3x
Mga independiyenteng yugto	1	4	4x
Mas maikling mga oras ng pagtakbo	30 oras	24 na oras	1.25x
30X HiFi genome ng tao / taon	88	1,300	15x sa pangkalahatan

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Higit sa 8 taong karanasan sa PacBio sequencing platform na may libu-libong saradong proyekto na may iba't ibang species.

● Ganap na nilagyan ng pinakabagong mga platform ng PacBio Sequencing, Revio upang magarantiya ang sapat na sequencing throughput.

● Mas mabilis na turn-around time, mas mataas na data yield at mas tumpak na data.

● Nag-ambag sa daan-daang mga publikasyong nakabatay sa PacBio na may mataas na epekto.

Mga Sample na Kinakailangan

Uri ng Sample

Halaga

Konsentrasyon （Qubit®）

Dami

Kadalisayan

Ang iba

Genomic DNA

Depende sa Data Requirement

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5；
Maaliwalas na peak sa 260 nm，walang mga kontaminasyon

Kailangang sukatin ang konsentrasyon ng Qubit at Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

Kabuuang RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5；walang mga kontaminasyon

Halaga ng RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Paghahanda ng sample

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Paghahatid ng proyekto

Nakaraan: OEM manufacturer Mrna Sequencing Service - Long non-coding sequencing-Illumina – Biomarker

Susunod: Illumina at BGI

1.In-house na Data Yield

Nabuo ang data mula sa 63 CCS cell (mula sa 26 na species)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Karaniwan	Max	Min	Median
Yield - mga subread (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Yiled - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Mga subread na N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Average na haba-Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Average na haba-Mga Subread	15,866	21,036	11,657	16,012
Average na haba-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Nabuo ang data mula sa 16 na CLR cell (mula sa 76 na species)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Karaniwan	Max	Min	Median
Yield - mga subread (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Mga subread na N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Average na haba-Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Average na haba-Mga Subread	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – DemoMga istatistika sa ani ng data

Sample	Binabasa ng ccs ang Num	Kabuuang ccs Base (bp)	ccs Reads N50 (bp)	ccs Mean Length (bp)	ccs Pinakamahabang Nabasa (bp)	Mga subread na Base (bp)	ccs rate(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27