Mahabang Non-coding Sequencing-Illumina
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Pinagsamang pagsusuri ng mRNA at lncRNASa pamamagitan ng pagsasama-sama ng kwantipikasyon ng mga transcript ng mRNA sa pag-aaral ng lncRNA at ng kanilang mga target, posibleng makakuha ng malalimang pangkalahatang-ideya ng mekanismo ng regulasyon na pinagbabatayan ng tugon ng cellular.
●Malawak na KadalubhasaanMahigit 230,000 na sample ang aming naproseso, na sumasaklaw sa iba't ibang sample at layunin ng mga proyekto. Dala namin ang kayamanan ng kadalubhasaan sa bawat proyekto.
●Pinagsamang pagsusuri ng mRNA at lncRNAPinagsasama namin ang pagkuwantipika ng mga transcript ng mRNA sa pag-aaral ng lncRNA at ng kanilang mga target, na ginagawang posible ang malalimang pangkalahatang-ideya ng mekanismo ng regulasyon na pinagbabatayan ng tugon ng cellular.
●Mahigpit na Kontrol sa KalidadNagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample hanggang sa paghahanda ng library, sequencing, at bioinformatics. Tinitiyak ng aming masusing pagsubaybay ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
●Komprehensibong AnotasyonGumagamit kami ng maraming database upang ma-annotate nang maayos ang mga Differentially Expressed Genes (DEG) at magsagawa ng kaukulang mga pagsusuri sa pagpapayaman. Ang komprehensibong pamamaraang ito ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng tugon ng transcriptome, na tinitiyak na makukuha mo ang lahat ng posibleng impormasyon tungkol sa datos ng iyong eksperimento.
●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaNauunawaan namin kung gaano kahalaga ang pagiging presente, kaya naman ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Plataporma | Inirerekomendang datos | QC ng Datos |
| Naubos na directional library ng rRNA | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Mga Nukleotida:
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
● Mga Halaman:
Ugat, Tangkay o Talulot: 450 mg
Dahon o Buto: 300 mg
Prutas: 1.2 g
● Hayop:
Puso o Bituka: 450 mg
Laman-loob o Utak: 240 mg
Kalamnan: 600 mg
Buto, Buhok o Balat: 1.5g
● Mga Arthropod:
Mga Insekto: 9g
Mga krustaseo: 450 mg
● Buong dugo:2 tubo
● Mga Selula: 106 mga selula
● Serum at Plasma6 mL
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Padala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na nagpapatatag ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Bioinformatika
- Hilaw na datos
- QC ng Datos
- Pag-align ng genome
- Istruktura ng gene (Alternatibong splicing, pag-optimize ng istruktura ng gene at nobelang prediksyon ng gene)
- Pagkalkula ng ekspresyon ng gene
- Pagsusuri ng pagkakaiba-iba ng ekspresyon
- Anotasyon at pagpapayaman ng DEG + Mga gene na target na lncRNA na may naiibang ekspresyon
- Pagkilala sa transcript
- Pagkilala sa lncRNA (konserbasyon ng lncRNA at kilalang lncRNA)
- Paghula ng mga target na gene ng lncRNA
- Pagkalkula ng ekspresyon ng lncRNA
- Pinagsamang pagsusuri gamit ang datos ng mRNA
Pagsusuri ng Differential Gene Expression (DEGs)
Pagkuwantipika ng ekspresyon ng lncRNA – kumpol
Pagpapayaman ng mga target na gene ng lncRNA
Pagsusuri ng posisyon ng magkasanib na mRNA at lncRNA – Circos plot (ang gitnang bilog ay mRNA at ang panloob na circle ay lncRNA)
Galugarin ang mga pagsulong na dulot ng mga serbisyo ng lncRNA sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Ji, H. et al. (2020) 'Pagkilala, paghula sa tungkulin, at pangunahing beripikasyon ng lncRNA ng mga lncRNA na may kaugnayan sa cold stress sa atay ng mga daga',Mga Ulat na Siyentipiko2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Ipinapakita ng Integrative Transcriptomic Analysis ang Mekanismo ng Immune para sa isang CyHV-3-Resistant Common Carp Strain',Mga Hangganan sa Imunolohiya, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Pagbibigay-priyoridad Batay sa Multi-Omics Integration ng Naglalaban-labang Endogenous RNA Regulation Networks sa Small Cell Lung Cancer: Mga Katangian ng Molekular at mga Kandidato sa Gamot',Mga Hangganan sa Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Henetikong pag-disseksyon ng network ng koekspresyon ng gene na pinagbabatayan ng potosintesis sa Populus',Dyornal ng Bioteknolohiya ng Halaman, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Isang Pandaigdigang Network ng Regulasyon para sa Dysregulated Gene Expression at Abnormal Metabolic Signaling sa mga Immune Cell sa Microenvironment ng Graves' Disease at Hashimoto's Thyroiditis',Mga Hangganan sa Imunolohiya, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
