Mga produkto

Mahabang non-coding sequencing-Illumina

Ang mga long non-coding RNAs (lncRNAs) ay isang uri ng mga molekula ng RNA na may haba na higit sa 200 nt, na nailalarawan sa pamamagitan ng napakababang potensyal na pag-coding.Ang LncRNA, bilang pangunahing miyembro sa mga non-coding na RNA, ay pangunahing matatagpuan sa nucleus at plasma.Ang pag-unlad sa teknolohiya ng pagkakasunud-sunod at bioinformtics ay nagbibigay-daan sa pagkilala sa maraming mga nobelang lncRNA at iugnay ang mga may biological function.Ang mga naipon na ebidensya ay nagmumungkahi na ang lncRNA ay malawak na kasangkot sa epigenetic regulation, transcription regulation at post-transcription regulation.

Makipag-ugnayan sa amin

Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Pag-aaral ng Kaso

Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Mga Kalamangan sa Serbisyo

● Partikular sa cellular at tissue

● Ang partikular na yugto ay nagpapahayag at nagpapakita ng dynamic na pagbabago sa ekspresyon

● Tumpak na mga pattern ng pagpapahayag ng oras at espasyo

● Pinagsamang pagsusuri sa data ng mRNA.

● Paghahatid ng resulta na nakabatay sa BMKCloud: Available sa platform ang customized na data-mining.

● Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta na may bisa sa loob ng 3 buwan pagkatapos makumpleto ang proyekto

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Aklatan	Platform	Inirerekomendang data	Data QC
pagkaubos ng rRNA	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85%

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 100

≥ 0.5

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥6.5;

Para sa mga hayop: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

Nucleotides:

Tissue: Timbang(tuyo): ≥1 g

*Para sa tissue na mas maliit sa 5 mg, inirerekomenda naming magpadala ng flash frozen(sa liquid nitrogen) sample ng tissue.

Pagsuspinde ng cell: Bilang ng cell = 3×10⁷
*Inirerekomenda naming ipadala ang frozen cell lysate.Kung sakaling mas maliit ang cell na iyon sa 5×10⁵, inirerekomenda ang flash frozen sa likidong nitrogen.

Sampol ng dugo:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol at 2mL na dugo(TRIzol:Blood=3:1)

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Eksperimento na disenyo

Paghahatid ng sample

Pagkuha ng RNA

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri sa datos

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Nakaraan: Maliit na RNA sequencing-Illumina

Susunod: Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatics

1.Pag-uuri ng LncRNA

Ang LncRNA na hinulaang ng apat na software sa itaas ay inuri sa 4 na kategorya: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.Ang pag-uuri ng LncRNA ay ipinakita sa histogram sa ibaba.

Pag-uuri ng LncRNA

2.Cis-targeted na mga gene ng pagsusuri sa pagpapayaman ng DE-lncRNA

Ang ClusterProfiler ay ginamit sa pagsusuri sa pagpapayaman ng GO sa mga cis-targeted na gene ng differentially expressed lncRNA (DE-lncRNA), sa mga tuntunin ng mga biological na proseso, mga pag-andar ng molekular at mga bahagi ng cellular.Ang pagsusuri sa pagpapayaman ng GO ay isang proseso upang matukoy ang nakadirekta ng DEG na makabuluhang pinayaman ang mga termino ng GO kumpara sa buong genome.Ang mga pinayamang termino ay ipinakita sa histogram, bubble chart, atbp. tulad ng ipinapakita sa ibaba.

Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chart Cis-targeted na mga gene ng DE-lncRNA enrichment analysis -Bubble chart

3. Sa pamamagitan ng paghahambing ng haba, numero ng exon, ORF at halaga ng expression ng mRNA at lncRNA, mauunawaan natin ang mga pagkakaiba sa istruktura, pagkakasunud-sunod at iba pa sa pagitan ng mga ito, at ma-verify din kung ang nobelang lncRNA na hinulaang sa amin ay sumusunod sa mga pangkalahatang katangian.

Kaso ng BMK

Deregulated lncRNA expression profile sa mouse lung adenocarcinomas na may KRAS-G12D mutation at P53 knockout

Nai-publish:Journal ng Cellular at Molecular Medicine，2019

Diskarte sa pagkakasunud-sunod

Illumina

Sample ng koleksyon

Ang NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) na mga cell at negatibong kontrol (sh-Scr) na mga cell ay nakuha sa ika-6 na araw ng isang tiyak na impeksyon sa viral.

Mga pangunahing resulta

Ang pag-aaral na ito ay nag-iimbestiga sa mga aberrant na ipinahayag na lncRNA sa mouse lung adenocarcinoma na may P53 knockout at ang KrasG12D mutation.
Ang 1.6424 lncRNA ay naiiba na ipinahayag (≥ 2-tiklop na pagbabago, P <0.05).
2.Sa lahat ng 210 lncRNAs(FC≥8), 11 lncRNAs' expression ay kinokontrol ng P53, 33 lncRNAs ng KRAS at 13 lncRNAs ng hypoxia sa pangunahing KP cells, ayon sa pagkakabanggit.
3.NONMMUT015812, na kapansin-pansing na-regulate sa mouse lung adenocarcinoma at negatibong kinokontrol ng P53 re-expression, ay nakita upang pag-aralan ang cellular function nito.
4. Ang pag-knockdown ng NONMMUT015812 ng mga shRNA ay nagpababa ng mga kakayahan sa paglaganap at paglilipat ng mga cell ng KP.Ang NONMMUT015812 ay isang potensyal na oncogene.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

KEGG pathway analysis ng differentially expressed genes sa NONMMUT015812-knockdown KP cells

Pagsusuri ng Gene Ontology ng mga differentially expressed genes sa NONMMUT015812-knockdown KP cells

Sanggunian

Deregulated lncRNA expression profile sa mouse lung adenocarcinomas na may KRAS-G12D mutation at P53 knockout [J].Journal ng Cellular at Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584