Metagenomics (NGS)

Ang shotgun metagenomics gamit ang Illumina ay isang sikat na kagamitan para sa pag-aaral ng mga microbiome sa pamamagitan ng direktang pag-sequence ng DNA mula sa mga kumplikadong sample, na nagbibigay-daan sa pag-aaral ng parehong taxonomic at functional diversity. Ang BMKCloud metagenomic (NGS) pipeline ay nagsisimula sa quality control at metagenome assembly, kung saan hinuhulaan ang mga gene at pinagsasama-sama sa mga non-redundant dataset na nilagyan ng anotasyon para sa function at taxonomy gamit ang maraming database. Ang impormasyong ito ay ginagamit upang suriin ang within-sample taxonomic diversity (alpha diversity) at between-sample diversity (beta diversity). Ang differential analysis sa pagitan ng mga grupo ay nakakahanap ng mga OTU at biological function na magkakaiba sa pagitan ng dalawang grupo gamit ang parehong parametric at non-parametric test, habang ang correlation analysis ay nag-uugnay sa mga pagkakaibang ito sa mga environmental factor.