-
PacBio-Buong-haba na 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ang plataporma ng Amplicon (16S/18S/ITS) ay binuo na may mga taon ng karanasan sa pagsusuri ng proyekto tungkol sa pagkakaiba-iba ng mikrobyo, na naglalaman ng istandardisadong pangunahing pagsusuri at isinapersonal na pagsusuri: ang pangunahing pagsusuri ay sumasaklaw sa pangunahing nilalaman ng pagsusuri ng kasalukuyang pananaliksik sa mikrobyo, ang nilalaman ng pagsusuri ay mayaman at komprehensibo, at ang mga resulta ng pagsusuri ay inihaharap sa anyo ng mga ulat ng proyekto; Ang nilalaman ng isinapersonal na pagsusuri ay magkakaiba. Maaaring pumili ng mga sample at ang mga parameter ay maaaring itakda nang may kakayahang umangkop ayon sa pangunahing ulat ng pagsusuri at layunin ng pananaliksik, upang maisakatuparan ang mga isinapersonal na kinakailangan. Ang operating system ng Windows ay simple at mabilis.
-
PacBio-Buong-haba na Transcriptome (Hindi Sanggunian)
Gamit ang datos ng Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing bilang input, natutukoy ng App na ito ang mga full-length transcript sequence (nang walang assembly). Sa pamamagitan ng pagmamapa ng mga full-length sequence laban sa reference genome, maaaring i-optimize ang mga transcript gamit ang mga kilalang gene, transcript, coding region, atbp. Sa kasong ito, makakamit ang mas tumpak na pagtukoy sa mga istruktura ng mRNA, tulad ng alternative splicing, atbp. Ang pinagsamang pagsusuri gamit ang datos ng NGS transcriptome sequencing ay nagbibigay-daan sa mas komprehensibong anotasyon at mas tumpak na pagkuwantipika sa ekspresyon sa antas ng transcript, na higit na nakikinabang sa downstream differential expression at functional analysis.
-
Mga Toolkit
Ang BMKCloud ay isang nangungunang bioinformatic platform na nagbibigay ng one-stop solution para sa mga genomic program, na malawakang pinagkakatiwalaan ng mga mananaliksik sa iba't ibang larangan kabilang ang medikal, agrikultura, kapaligiran, atbp. Nakatuon ang BMKCloud na magbigay ng pinagsama, maaasahan, at mahusay na mga serbisyo kabilang ang mga bioinformatic analysis platform at tool, computing resources, pampublikong database, bioinformatic online courses, atbp. Ang BMKCloud ay may iba't ibang madalas gamiting bioinformatic tools kabilang ang gene annotation, evolutionary genetic tools, ncRNA, data quality control, assembly, alignment, data extraction, mutations, statistics, figure generator, sequence analysis, atbp.
-
Maliit na RNA
Ang maliliit na RNA ay uri ng maiikling non-coding RNA na may average na haba na 18-30 nt, kabilang ang miRNA, siRNA at piRNA. Ang maliliit na RNA na ito ay malawakang naiulat na kasangkot sa iba't ibang prosesong biyolohikal tulad ng mRNA degradation, translation inhibition, heterochromatin formation, atbp. Ang smallRNA sequencing analysis ay malawakang inilapat sa mga pag-aaral sa pag-unlad ng hayop/halaman, sakit, virus, atbp. Ang small RNA sequencing analysis platform ay binubuo ng standard analysis at advanced data mining. Batay sa RNA-seq data, ang standard analysis ay maaaring makamit ang miRNA identification at prediction, miRNA target gene prediction, annotation at expression analysis. Ang advanced analysis ay nagbibigay-daan sa customized na miRNA search at extraction, Venn diagram generation, miRNA at target gene network building.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
Ang NGS-WGS ay isang whole genome re-sequencing analysis platform, na binuo batay sa mayamang karanasan sa Biomarker Technologies. Ang madaling gamiting platform na ito ay nagbibigay-daan sa mabilis na pagsusumite ng isang integrated analysis workflow sa pamamagitan lamang ng pagtatakda ng ilang pangunahing parameter, na akma para sa DNA sequencing data na nabuo mula sa parehong Illumina platform at BGI sequencing platform. Ang platform na ito ay naka-deploy sa high performance computing server, na nagbibigay-daan sa lubos na mahusay na data analysis sa napakakaunting oras. Ang personalized data mining ay makukuha batay sa standard analysis, kabilang ang mutated gene query, PCR primer design, atbp.
-
mRNA (Sanggunian)
Ang transcriptome ay ang ugnayan sa pagitan ng genomic genetic information at ng proteome ng biological function. Ang transcriptional level regulation ang pinakamahalaga at pinakamalawak na pinag-aaralan na paraan ng regulasyon ng mga organismo. Maaaring i-sequence ng transcriptome sequencing ang transcriptome sa anumang punto ng oras o sa ilalim ng anumang kondisyon, na may resolusyon na tumpak sa isang nucleotide. Maaari nitong pabago-bagong ipakita ang antas ng gene transcription, sabay na tukuyin at bilangin ang mga bihira at normal na transcript, at magbigay ng impormasyon sa istruktura ng mga partikular na sample transcript.
Sa kasalukuyan, ang teknolohiya ng transcriptome sequencing ay malawakang ginagamit sa agronomy, medisina, at iba pang larangan ng pananaliksik, kabilang ang regulasyon sa pag-unlad ng hayop at halaman, adaptasyon sa kapaligiran, interaksyon ng immune system, lokalisasyon ng gene, ebolusyon ng henetiko ng mga species, at pagtuklas ng tumor at sakit na henetiko.
-
Metagenomics (NGS)
Ang plataporma ng pagsusuring ito ay dinisenyo para sa shotgun metagenomic data analysis batay sa mga taon ng karanasan. Binubuo ito ng pinagsamang daloy ng trabaho na naglalaman ng iba't ibang karaniwang kinakailangang pagsusuri ng metagenomics kabilang ang pagproseso ng datos, mga pag-aaral sa antas ng species, mga pag-aaral sa antas ng gene function, metagenome binning, atbp. Bukod pa rito, may mga customized na tool sa pagmimina ng datos na magagamit sa karaniwang daloy ng trabaho sa pagsusuri, kabilang ang query sa gene at species, pagtatakda ng parameter, personalized na pagbuo ng pigura, atbp.
-
LncRNA
Ang mga long non-coding RNA (lncRNA) ay isang uri ng transcript na may haba na higit sa 200 nt, na hindi kayang mag-code ng mga protina. Ipinahihiwatig ng naiipong ebidensya na karamihan sa mga lncRNA ay malamang na gumagana. Ang mga high-throughput sequencing technology at bioinformatic analysing tool ay nagbibigay-daan sa amin upang mas mahusay na maipakita ang mga lncRNA sequence at impormasyon sa pagpoposisyon at humahantong sa amin upang matuklasan ang mga lncRNA na may mahahalagang regulatory function. Ipinagmamalaki ng BMKCloud na magbigay sa aming mga customer ng lncRNA sequencing analysis platform upang makamit ang mabilis, maaasahan at flexible na lncRNA analysis.
-
GWAS
Ang Genome-wide association study (GWAS) ay naglalayong tukuyin ang mga genetic variant (genotype) na nauugnay sa mga partikular na katangian (phenotype). Sinusuri ng mga pag-aaral ng GWA ang mga genetic marker na tumatawid sa buong genome ng malaking bilang ng mga indibidwal at hinuhulaan ang mga kaugnayan ng genotype-phenotype sa pamamagitan ng statistical analysis sa antas ng populasyon. Ang whole-genome resequencing ay maaaring tumuklas ng lahat ng genetic variant. Kasabay ng phenotypic data, maaaring iproseso ang GWAS upang matukoy ang mga phenotype related SNP, QTL at candidate gene, na lubos na sumusuporta sa modernong pagpaparami ng hayop/halaman. Ang SLAF ay isang self-developed na pinasimpleng genome sequencing strategy, na tumutuklas sa mga genome-wide distributed marker, SNP. Ang mga SNP na ito, bilang molecular genetic marker, ay maaaring iproseso para sa mga pag-aaral ng kaugnayan na may mga naka-target na katangian. Ito ay isang cost-effective na estratehiya sa pagtukoy ng mga kumplikadong katangian na nauugnay sa mga genetic variation.
-
Buong-haba na transcriptomics ng Nanopore
Ang mga kumplikado at pabagu-bagong alternatibong isoform sa mga organismo ay mahahalagang mekanismo ng henetiko para sa pag-regulate ng ekspresyon ng gene at pagkakaiba-iba ng protina. Ang tumpak na pagtukoy sa mga istruktura ng transcript ang batayan para sa malalimang pag-aaral ng mga pattern ng regulasyon ng ekspresyon ng gene. Matagumpay na naihatid ng platform ng Nanopore sequencing ang pag-aaral ng transcriptomic sa antas ng isoform. Ang platform ng pagsusuri na ito ay idinisenyo upang suriin ang datos ng RNA-Seq na nabuo sa platform ng Nanopore batay sa reference genome, na nakakamit ng kwalitatibo at kwantitatibong pagsusuri sa parehong antas ng gene at antas ng transcript.
-
sirko-RNA
Ang Circular RNA (circRNA) ay isang uri ng non-coding RNA, na kamakailan lamang ay natuklasang may mahalagang papel sa mga regulatory network na kasangkot sa pagbuo, paglaban sa kapaligiran, atbp. Naiiba sa mga linear RNA molecule, hal. mRNA, lncRNA, ang 3′ at 5′ na dulo ng circRNA ay pinagsasama-sama upang bumuo ng isang pabilog na istraktura, na nagliligtas sa kanila mula sa pagtunaw ng exonuclease at mas matatag kaysa sa karamihan ng linear RNA. Natuklasan na ang CircRNA ay may iba't ibang tungkulin sa pag-regulate ng gene expression. Ang CircRNA ay maaaring gumanap bilang ceRNA, na nagbibigkis sa miRNA nang mapagkumpitensya, na kilala bilang miRNA sponge. Ang CircRNA sequencing analysis platform ay nagbibigay-daan sa circRNA structure at expression analysis, target prediction at joint analysis sa iba pang mga uri ng RNA molecule.
-
BSA
Ang Bulked Segregant Analysis platform ay binubuo ng one-step standard analysis at advanced analysis na may customized parameter setting. Ang BSA ay isang pamamaraan na ginagamit upang mabilis na matukoy ang mga genetic marker na nauugnay sa phenotype. Ang pangunahing daloy ng trabaho ng BSA ay naglalaman ng: 1. pagpili ng dalawang grupo ng mga indibidwal na may labis na magkasalungat na phenotype; 2. pagsasama-sama ng DNA, RNA o SLAF-seq (Binuo ng Biomarker) ng lahat ng mga indibidwal upang bumuo ng dalawang bulk ng DNA; 3. pagtukoy ng mga magkakaibang sequence laban sa reference genome o sa pagitan, 4. paghula ng mga candidate linked region sa pamamagitan ng ED at SNP-index algorithm; 5. Functional analysis at pagpapayaman sa mga gene sa mga candidate region, atbp. Mayroon ding mas advanced na pagmimina sa datos kabilang ang genetic marker screening at primer design.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Ang plataporma ng Amplicon (16S/18S/ITS) ay binuo na may mga taon ng karanasan sa pagsusuri ng proyekto tungkol sa pagkakaiba-iba ng mikrobyo, na naglalaman ng istandardisadong pangunahing pagsusuri at isinapersonal na pagsusuri: ang pangunahing pagsusuri ay sumasaklaw sa pangunahing nilalaman ng pagsusuri ng kasalukuyang pananaliksik sa mikrobyo, ang nilalaman ng pagsusuri ay mayaman at komprehensibo, at ang mga resulta ng pagsusuri ay inihaharap sa anyo ng mga ulat ng proyekto; Ang nilalaman ng isinapersonal na pagsusuri ay magkakaiba. Maaaring pumili ng mga sample at ang mga parameter ay maaaring itakda nang may kakayahang umangkop ayon sa pangunahing ulat ng pagsusuri at layunin ng pananaliksik, upang maisakatuparan ang mga isinapersonal na kinakailangan. Ang operating system ng Windows ay simple at mabilis.
